Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,590,529 | G→C | 10.2% | S65R (AGC→AGG) ‡ | pde ← | 3',5'‑cyclic‑nucleotide phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,590,529 | 0 | G | C | 10.2% | 144.2 / 7.1 | 49 | S65R (AGC→AGG) ‡ | pde | 3',5'‑cyclic‑nucleotide phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/25); new base C (2/3); total (21/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.32e-01 |
GCCACGCGCCGATATCAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGGCGCAGGCTGTCTCGGGTCTTGAGGCCCAGCATGCTGCCAGCCGGGTCGGCGAACAGGTGGGCAT > NC_002947/5590384‑5590674 | gCCACGCGCCGATATCAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTg < 2:201021/149‑1 (MQ=255) aCGCGCCGATATCAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCa > 4:179245/1‑149 (MQ=255) gcgcCGATATCAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATc > 8:140433/1‑149 (MQ=255) gcgcCGATATCAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCACAGGATGCCAGCGTGGCATc < 4:216457/149‑1 (MQ=255) gcgcCGATATCAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCACAGGATGCCAGCGTGGCATc > 3:216457/1‑149 (MQ=255) ccGATATCAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTg < 2:156118/149‑1 (MQ=255) gATATCAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTggg < 2:29034/149‑1 (MQ=255) gATATCAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTggg < 8:138551/149‑1 (MQ=255) gATATCAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTgg > 5:19438/1‑148 (MQ=255) atatCAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGa < 8:191709/149‑1 (MQ=255) tatCAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTACTTGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCAGCGTGGCATCCtatga < 1:103628/149‑5 (MQ=255) tatCAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCAGCGTGGCATCCtatga > 8:305213/1‑144 (MQ=255) tatCAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCAGCGTGGCATCCtatga < 7:305213/148‑5 (MQ=255) cAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGAc > 6:224910/1‑146 (MQ=255) cAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGAc < 5:224910/146‑1 (MQ=255) gcgcCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTACCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCg < 4:136197/149‑1 (MQ=255) cgcCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCAcagca < 2:325812/140‑1 (MQ=255) cgcCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCAcagaa > 1:325812/1‑138 (MQ=255) gcCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTTC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGa > 5:250769/1‑148 (MQ=255) ccATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGgctgc < 6:154997/149‑1 (MQ=255) gCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCAc < 1:159821/149‑1 (MQ=255) cTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAgg < 4:37338/100‑1 (MQ=255) cTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAgg > 3:37338/1‑100 (MQ=255) cGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTgg < 7:345516/149‑1 (MQ=255) gTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTggg > 3:329346/1‑149 (MQ=255) tcctcgTTGCACGGCAGCCCGCCAGGGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATACGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCTCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGc < 6:250769/144‑1 (MQ=255) cATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GTCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCgcgc < 6:368105/137‑1 (MQ=255) cATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCgcgc > 5:368105/1‑137 (MQ=255) cATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGc > 7:269160/1‑148 (MQ=255) aTGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGcc < 6:19438/148‑1 (MQ=255) tGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑AGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACg > 2:30257/1‑149 (MQ=255) cccGGCAGCGAGGGAGTGGGTAC‑GGCATACGGTGCGGTCAGCTGCCGAAACGCTTGATAGGATGCCAGGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCACGTGCACAGCAGCAAGTAGACATGCGGCTGCTCGCGCGGGACCTGGGCCAACACGt < 8:269160/148‑1 (MQ=255) cccGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGt < 3:90142/148‑1 (MQ=255) cGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGgc > 3:2617/1‑149 (MQ=255) tAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGGCACAGGCTGTCTCGGGTCt > 8:338765/1‑149 (MQ=255) cAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGGCGCAGGCTGTCTCGGGTCTTGAgg < 7:43088/149‑1 (MQ=255) ggTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGgctgct > 6:346423/1‑94 (MQ=255) ggTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGgctgct < 5:346423/94‑1 (MQ=255) tGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGAAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGGCGCAGGCTGTCTCGGGTCTTGAGGCCCAGCa > 5:207879/1‑149 (MQ=255) cccGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGGCGCAGGCt < 2:294856/115‑1 (MQ=255) cccGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGGCGCAGGCt > 1:294856/1‑115 (MQ=255) ccGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGGCGCAGGCTGTCTCGGGTCTTGAGGCCCAGCATGCTGCCAGCCg > 5:40662/1‑149 (MQ=255) cGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGGCGCAGGCTGTCTCGGGTCTTGAGGCCCAGCATGCTGCCAGCCgg < 4:2617/149‑1 (MQ=255) aTAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGGCGCAGGCTGTCTCGGGTCTTGAGCCCCAGCATGCTGCCAGCCGGGTCGGCGAAc < 1:30257/148‑1 (MQ=255) aTAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGGCACAGGCTGTCTCGGGTCTTGAGGCCCAGCATGCTGCCAGCCGGGTCGGCGAAc < 7:338765/148‑1 (MQ=255) ggATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGGCGCAGGCTGTCTCGGGTCTTGAGGCCCAGCATGCTGCCAGCCGGGTCGGc > 6:174838/1‑141 (MQ=255) ggATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGGCGCAGGCTGTCTCGGGTCTTGAGGCCCAGCATGCTGCCAGCCGGGTCGGc < 5:174838/141‑1 (MQ=255) ggATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGGCGCAGGCTGTCTCGGGTCTTGAGGCCCAGCATGCTGCCAGCCGGGTCGGCGAACAgg < 6:40662/148‑1 (MQ=255) cACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGGCGCAGGCTGTCTCGGGTCTTGAGGCCCAGCATGCTGCCAGCCGGGTCGGCGAACAGGTGGGCAt > 4:265146/1‑149 (MQ=255) | GCCACGCGCCGATATCAGTCACCGCCTGCACCAGTTCAGGCGCCACCTGCGCCATCACCTGAGCCTCGTCATGGTTGCCCGGCAGCCAGCGAGTGGGTAC‑GGCAAACGGTGCGGTCAGCTCCCGAAACGCTTCATAGGATGCCACGCTGGCATCCTGGGACAGGTCGCCCGTGCACAGCAGCAAGTCGACAAGCGGCTGCTCGCGCCGCACCTGGGCCAACACGTGGCGCAGGCTGTCTCGGGTCTTGAGGCCCAGCATGCTGCCAGCCGGGTCGGCGAACAGGTGGGCAT > NC_002947/5590384‑5590674 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |