| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,594,137 | C→G | 6.9% | intergenic (‑84/+61) | PP_4921 ← / ← thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,594,137 | 0 | C | G | 6.9% | 166.5 / 4.4 | 58 | intergenic (‑84/+61) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/21); new base G (2/2); total (35/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.08e-01 | |||||||||||
CACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATC > NC_002947/5593990‑5594278 | aggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGcc > 8:143988‑M1/103‑149 (MQ=255) cGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATg > 8:92992/1‑149 (MQ=255) aaaaTGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCa > 5:2276/1‑149 (MQ=255) 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4:300408/145‑1 (MQ=21) tcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCAAGCAACGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTACCACAGCGTAAGGTGCTGCGGTTTAGaat > 5:94374/1‑147 (MQ=255) atgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCgg < 6:147250/106‑1 (MQ=255) atgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCgg > 5:147250/1‑106 (MQ=255) tCCGCAGTAGTTTTGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTtgt‑g < 2:216782/149‑1 (MQ=255) cAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACAACGGCAAAG‑CCGGGGCCATGCACCGCAGTGGTTGCTTAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCGGGGGTTTAGACTTTGT‑GGTa > 6:130426/1‑148 (MQ=37) aGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGTACa < 7:92992/149‑1 (MQ=255) 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1:237265‑M1/1‑147 (MQ=255) GGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcaca < 2:196693‑M1/82‑1 (MQ=255) GGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGAAAGCCCGCTCCcaca > 1:196693‑M1/1‑82 (MQ=255) GGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTtgt‑g < 2:282542‑M1/110‑1 (MQ=255) GGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTACCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTtgt‑g > 1:282542‑M1/1‑110 (MQ=255) GGGCTTCCCCGCTAACACCGGCAACG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGCCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCAc > 3:202818‑M1/1‑149 (MQ=255) TTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCAt < 8:119047‑M1/149‑1 (MQ=255) 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CACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATC > NC_002947/5593990‑5594278 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |