| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,594,141 | G→C | 7.3% | intergenic (‑88/+57) | PP_4921 ← / ← thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,594,141 | 0 | G | C | 7.3% | 156.7 / 2.6 | 55 | intergenic (‑88/+57) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/20); new base C (2/2); total (33/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.08e-01 | |||||||||||
CGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATC > NC_002947/5593993‑5594278 | cGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATg > 8:92992/1‑149 (MQ=255) aaaaTGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCa > 5:2276/1‑149 (MQ=255) aaaTGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCAc > 1:216782/1‑149 (MQ=255) tgctgGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCa < 8:64345/145‑1 (MQ=255) tgctgGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCa > 7:64345/1‑145 (MQ=255) tgGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTCGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCCGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGtgcttg > 7:250142/1‑149 (MQ=255) tcctgactaatggcacaatgatttctacgatttggttataactccaatcgcagtgaggaataaatttggggccctaatgccttcctgtgggagcgggcacGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGGCATCCACCGCAGTGGATGCTTc > 4:244416‑M2/101‑149 (MQ=255) gcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTcg < 7:77342‑M1/69‑1 (MQ=255) gggATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTcgc < 7:219755/149‑1 (MQ=255) 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3:39191/1‑105 (MQ=255) ccaccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGACATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGGCTTTGT‑GGTAGAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAAcc > 3:220809/1‑149 (MQ=255) caccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGtgcttgc < 8:8645/66‑1 (MQ=255) caccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGtgcttgc > 7:8645/1‑66 (MQ=255) TGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCTCTCg > 1:237265‑M1/1‑147 (MQ=255) GGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcaca < 2:196693‑M1/82‑1 (MQ=255) GGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGAAAGCCCGCTCCcaca > 1:196693‑M1/1‑82 (MQ=255) GGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTtgt‑g < 2:282542‑M1/110‑1 (MQ=255) 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aaG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTcaca > 4:304820/1‑149 (MQ=255) g‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGGACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATc > 3:127899/1‑149 (MQ=255) | CGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATC > NC_002947/5593993‑5594278 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |