Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,594,152 | C→G | 10.8% | intergenic (‑99/+46) | PP_4921 ← / ← thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,594,152 | 0 | C | G | 10.8% | 131.8 / 3.8 | 52 | intergenic (‑99/+46) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/19); new base G (3/3); total (30/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCG > NC_002947/5594007‑5594300 | tgGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTCGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCCGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGtgcttg > 7:250142/1‑149 (MQ=255) tcctgactaatggcacaatgatttctacgatttggttataactccaatcgcagtgaggaataaatttggggccctaatgccttcctgtgggagcgggcacGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGGCATCCACCGCAGTGGATGCTTc > 4:244416‑M2/101‑149 (MQ=255) gcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTcg < 7:77342‑M1/69‑1 (MQ=255) 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6:199412/1‑146 (MQ=255) aTGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCTAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGAGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCg < 6:2276/149‑1 (MQ=255) aTGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTTCTTGCTTAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGtgctggg > 4:202818/1‑147 (MQ=255) gtgatggtctggTCGGCTGGAGTGATGTTTCGTGGCATACACCACCCGGTGGGAGCGGGGTGGCCCGCTAACACGGGCAACG‑CGGGTGCCATGCACCGCAGTGGTTGGTGCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCgg < 4:300408/145‑1 (MQ=21) tcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCAAGCAACGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTACCACAGCGTAAGGTGCTGCGGTTTAGaat > 5:94374/1‑147 (MQ=255) atgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCgg < 6:147250/106‑1 (MQ=255) atgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCgg > 5:147250/1‑106 (MQ=255) 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3:39191/1‑105 (MQ=255) ccaccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGACATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGGCTTTGT‑GGTAGAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAAcc > 3:220809/1‑149 (MQ=255) caccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGtgcttgc < 8:8645/66‑1 (MQ=255) caccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGtgcttgc > 7:8645/1‑66 (MQ=255) TGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCTCTCg > 1:237265‑M1/1‑147 (MQ=255) GGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcaca < 2:196693‑M1/82‑1 (MQ=255) GGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGAAAGCCCGCTCCcaca > 1:196693‑M1/1‑82 (MQ=255) GGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTtgt‑g < 2:282542‑M1/110‑1 (MQ=255) 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cttgcttCGCGTGAATGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCg < 6:94374/149‑1 (MQ=255) | TGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCG > NC_002947/5594007‑5594300 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |