Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,614,706 | G→T | 9.4% | A272A (GCC→GCA) | hldE ← | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,614,706 | 0 | G | T | 9.4% | 185.8 / 5.9 | 61 | A272A (GCC→GCA) | hldE | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/24); new base T (3/3); total (34/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAGGCGCCCA > NC_002947/5614566‑5614851 | cgTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑CATTGCCGCggg < 3:27300/149‑2 (MQ=255) ggAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑CATTGCCGCgg > 4:233344/1‑143 (MQ=255) ggAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑CATTGCCGCgg < 3:233344/143‑1 (MQ=255) ccTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTgg > 7:407/1‑148 (MQ=255) ccTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGaaa < 8:407/147‑1 (MQ=255) cTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGa < 4:28504/149‑1 (MQ=255) cTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTAt < 4:316289/149‑1 (MQ=255) gCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGCCCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCgg > 7:49525/1‑148 (MQ=255) gcAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTc < 2:38356/149‑1 (MQ=255) aGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTca > 7:78595/1‑148 (MQ=255) aGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCg > 3:169811/1‑148 (MQ=255) aGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCg > 4:123308/1‑148 (MQ=255) ggggCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGaa < 7:342796/149‑1 (MQ=255) cTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTc > 2:263621/1‑149 (MQ=255) tGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTcg > 3:189842/1‑149 (MQ=255) tGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGt < 8:21640/149‑1 (MQ=255) ccGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAaca > 3:28007/1‑135 (MQ=255) ccGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAaca < 4:28007/135‑1 (MQ=255) ccGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCcgc > 7:73646/1‑149 (MQ=255) gTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCgcgc < 2:204883/149‑1 (MQ=255) aCCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCgcag > 8:86820/1‑149 (MQ=255) cccAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCgcagg < 8:78595/149‑1 (MQ=255) ccAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AAGGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCgcaggc < 7:337327/149‑1 (MQ=255) cTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGt < 4:169811/149‑1 (MQ=255) ccGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCaa > 4:352279/1‑149 (MQ=255) cacaATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGACCACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCg > 1:100470/1‑149 (MQ=255) cacaATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCg > 6:2902/1‑149 (MQ=255) cacaAAGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCg > 5:95669/1‑149 (MQ=255) acaATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCgg < 7:86820/149‑1 (MQ=255) caATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGc < 3:352279/149‑1 (MQ=255) ccAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACg > 3:331563/1‑148 (MQ=255) ccAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACg > 1:341306/1‑148 (MQ=255) ccAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACg > 8:48427/1‑148 (MQ=255) ccAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACg > 7:328777/1‑148 (MQ=255) ggTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAAc < 8:328777/149‑1 (MQ=255) ttAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAg < 1:263621/149‑1 (MQ=255) aGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAgg < 4:189842/148‑1 (MQ=255) aGCCACGGCCACCGGATTGGGGATGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGGAATGGTGGAAATGACACTATCCCCCGCAACGGTCACATCGAACAAATCGCGTGCCCGCGCATGCAGGTGGAACGCCGGCTTACCAACACGCAACacg < 6:752/148‑3 (MQ=255) ccAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCGAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGt > 1:63427/1‑149 (MQ=255) ccAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGt > 5:311512/1‑148 (MQ=255) ccAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCCCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGt > 4:220091/1‑148 (MQ=255) aGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTcat < 5:2902/149‑1 (MQ=255) aGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTcat > 1:92883/1‑149 (MQ=255) cACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTcatgccat < 6:311512/149‑1 (MQ=255) cACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTcatgccat > 4:152704/1‑149 (MQ=255) gCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCgg > 7:186847/1‑149 (MQ=255) tCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGAc > 1:86216/1‑149 (MQ=255) ccTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAac < 4:221293/68‑1 (MQ=255) ccTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAac > 3:221293/1‑68 (MQ=255) ttgccGCGGC‑CATTGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAg > 5:222399/4‑148 (MQ=255) ccGCGGC‑CATTGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACTGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAaca < 7:99645/107‑1 (MQ=255) ccGCGGC‑CATTGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACTGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAaca > 8:99645/1‑107 (MQ=255) ccGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAg < 2:86216/149‑1 (MQ=255) ccGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAg > 8:77703/1‑149 (MQ=255) cgcgGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACGGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAgg > 1:153453/1‑149 (MQ=255) cgGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAGgcg > 3:249337/1‑149 (MQ=255) aaTGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCgg < 2:114176/130‑1 (MQ=255) aaTGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCgg > 1:114176/1‑130 (MQ=255) aaTGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAg < 2:345921/142‑1 (MQ=255) aaTGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAg > 1:345921/1‑142 (MQ=255) aaTGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAGGCGCcca < 4:331563/149‑1 (MQ=255) | CGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGC‑AATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAGGCGCCCA > NC_002947/5614566‑5614851 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |