Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,786,757 | T→A | 8.0% | L57Q (CTG→CAG) | trxC → | thioredoxin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,786,757 | 0 | T | A | 8.0% | 170.2 / 3.4 | 58 | L57Q (CTG→CAG) | trxC | thioredoxin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/27); new base A (3/2); total (29/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCCTGCCCCCACTGCAACGGCCTCAACCGCCTGCCCGCCGAGCGCCTGGGCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTCGACAGCGAAGCCAACCGTAACCTCGCAGGGCAA > NC_002947/5786609‑5786902 | cccTGCCCCCACTGCAACGGCCTCAACCGCCTGCCCGCCGAGCGCCTGGGCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCt > 4:268772/1‑149 (MQ=255) aCTGCAACGGCCTCAACCGCCTGCCCGCCGAGCGCCTGGGCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGctgctg < 3:268772/149‑1 (MQ=255) aCGGCCTCAACCGCCTGCCCGCCGAGCGCCTGGGCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGa > 4:119369/1‑148 (MQ=255) tCAACCGCCTGCCCGCCGAGCGCCTGGGCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTGCGACCTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGCTCAATGGCGCCCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTgg > 4:42459/1‑149 (MQ=255) aaCCGCCTGCCCGCCGAGCGCCTGGGCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGCGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTgg < 1:321420/147‑1 (MQ=255) aaCCGCCTGCCCGCCGAGCGCCTGGGCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTgg < 3:119369/147‑1 (MQ=255) aCCGCCTGCCCGCCGAGCGCCTGGGCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGcc > 6:228760/1‑149 (MQ=255) aCCGCCTGCCCGCCGAGCGCCTGGGCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGcc > 6:119806/1‑149 (MQ=255) gCCTGCCCGCCGAGCGCCTGGGCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGAc < 8:227659/149‑1 (MQ=255) cccGCCGAGCGCCTGGGCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTg < 3:26166/149‑1 (MQ=255) cgccgAGCGCCTGGGCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCg < 4:110049/149‑1 (MQ=255) ggCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTg > 1:158633/1‑134 (MQ=255) ggCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTg < 2:158633/134‑1 (MQ=255) ggCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAg < 1:133905/147‑1 (MQ=255) gcCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCa < 7:117572/142‑1 (MQ=255) gcCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCa < 7:122710/142‑1 (MQ=255) gcCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCa > 8:117572/1‑142 (MQ=255) gcCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCa > 8:122710/1‑142 (MQ=255) gcCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGccc > 7:119287/1‑149 (MQ=255) ccGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGcccc > 7:22665/1‑149 (MQ=255) gAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTc > 8:96000/1‑103 (MQ=255) gAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTc < 7:96000/103‑1 (MQ=255) aaaTGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCa > 7:101120/1‑148 (MQ=255) gTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCg > 3:153763/1‑147 (MQ=255) aaaaaGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGTTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGaa < 6:183373/141‑1 (MQ=255) aaaaaGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGTTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGaa > 5:183373/1‑141 (MQ=255) tgtgCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGc < 5:228760/149‑1 (MQ=255) ttgCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGGCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCt < 5:169561/148‑1 (MQ=255) gCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCt > 6:169561/1‑147 (MQ=255) ttGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCt < 5:119806/147‑1 (MQ=255) aGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCg > 7:309540/1‑149 (MQ=255) ccccTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGaa < 1:66348/118‑1 (MQ=255) ccccTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGaa > 2:66348/1‑118 (MQ=255) gAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTgg < 8:309540/148‑1 (MQ=255) ttACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAg > 5:86752/1‑149 (MQ=255) aCCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGc < 8:279056/129‑1 (MQ=255) aCCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGc > 7:279056/1‑129 (MQ=255) ccGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTc < 8:960/149‑1 (MQ=255) gAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTCGa < 8:101120/149‑1 (MQ=255) aaGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTg > 1:174337/1‑120 (MQ=255) aaGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTg > 1:168828/1‑120 (MQ=255) aaGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTg < 2:174337/120‑1 (MQ=255) aaGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTg < 2:168828/120‑1 (MQ=255) aaGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTCGa > 6:285938/1‑148 (MQ=255) ccAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTCGACAGc < 8:22665/149‑1 (MQ=255) ccagccagATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTCGACAGCGAAGCCAAc < 8:119287/149‑1 (MQ=255) ccagATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTCGACAGCGAAGCCAACCGt > 6:189802/1‑148 (MQ=255) agATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTCGACAGCGAAGCCAACCGTAAc > 2:354869/1‑149 (MQ=255) aTCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTCGACAGCGaa > 6:151596/1‑135 (MQ=255) cAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGGCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTCGACAGCGAAGCCAACCGTAACCTCg > 1:352940/1‑149 (MQ=255) aaaGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTCGACAGCGAAGCCAACCGTAACCTCg > 3:59994/1‑148 (MQ=255) tgtcGACCAGCAGCGGCAGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTCGACAGCGAAGCCAACCGTAACCTCGCAg > 4:55395/4‑149 (MQ=255) aGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTCGACAGCGAAGCCAACCGTAACCTCGCAg < 6:86752/149‑1 (MQ=255) gtcGACCAGCAGCGGCAGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGc > 1:14015/3‑113 (MQ=255) gtcGACCAGCAGCGGCAGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGc < 2:14015/111‑1 (MQ=255) tcGACCAGCAGCGGCAGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTg < 6:15846/109‑1 (MQ=255) tcGACCAGCAGCGGCAGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTg > 5:15846/2‑110 (MQ=255) gCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTCGACAGCGAAGCCAACCGTAACCTCGCAggg < 3:355230/149‑1 (MQ=255) aCCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTCGACAGCGAAGCCAACCGTAACCTCGCAGGGCaa < 4:153763/149‑1 (MQ=255) | CCCTGCCCCCACTGCAACGGCCTCAACCGCCTGCCCGCCGAGCGCCTGGGCGATGCGCCGAAATGCGGTCGCTGCAAAAAGGATGTGCTGTTGAGCACCCCCTTCGAACTTACCGAAGCCAGCTACGCCAGCCAGATCAAAGGCGACCTGCCGCTGCTGGTCGACATCTGGGCCGACTGGTGCGGCCCGTGCAAGTCATTCGCCCCCACCTTCGAAGAGGCCGCCCGGAAGCTTGCTGGCCGCTGCCGCCTGGCCAAGCTCGACAGCGAAGCCAACCGTAACCTCGCAGGGCAA > NC_002947/5786609‑5786902 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |