Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,954,923 | T→C | 10.4% | Q27R (CAG→CGG) | PP_5219 ← | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,954,923 | 0 | T | C | 10.4% | 126.7 / 5.2 | 48 | Q27R (CAG→CGG) | PP_5219 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/21); new base C (2/3); total (24/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
CCTGCGCCGGCAATTGCAGCAGCGCCAGGTGCTCGAAGGCCAGAGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGGCGCGACCTCAGGCGTTATCCACCAAGATTAGGCCGCACCCACAGGAATCCCTATGGCGACATCTG > NC_002947/5954777‑5955070 | cctgcGCCGGCAATTGCAGCAGCGCCAGGTGCTCGAAGGCCAGAGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCt < 5:63453/147‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCCAGGTGCTCGAAGGCCAGCGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCg > 2:344841/1‑149 (MQ=255) gcagcaGCGCCAGGTGCTCGAAGGCCAGAGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCg > 4:304393/1‑149 (MQ=255) agcagcGCCAGGTGCTCGAAGGCCAGAGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCCGACCGCGTGCGCggccagc < 5:260530/149‑6 (MQ=255) agcagcGCCAGGTGCTCGAAGGCCAGAGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCCGACCGCGTGCGCggccag > 5:158933/1‑144 (MQ=255) agcagcGCCAGGTGCTCGAAGGCCAGAGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCCGACCGCGTGCGCggccag < 6:158933/148‑5 (MQ=255) cagcGCCAGGTGCTCGAAGGCCAGAGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGa > 6:93648/1‑149 (MQ=255) cgcCAGGTGCTCGAAGGCCAGAGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCa < 5:93648/149‑1 (MQ=255) cAGGTGCTCGAAGGCCAGAGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGct > 6:353666/1‑149 (MQ=255) cTCGAAGGCCAGAGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACgg < 8:106232/149‑1 (MQ=255) tCGAAGGCCAGAGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGc > 5:202584/1‑149 (MQ=255) tCGAAGGCCAGAGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCACACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGc > 1:299718/1‑149 (MQ=255) gAAGGCCAGAGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTa > 7:63874/1‑149 (MQ=255) ccAGAGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCTGc < 6:202584/149‑1 (MQ=255) gagCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCCGACCGCGTGCGCGGCCAGCgca > 2:245205/1‑125 (MQ=255) gagCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCCGACCGCGTGCGCGGCCAGCgca < 1:245205/127‑3 (MQ=255) tAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACaaaaaa < 1:157011/149‑1 (MQ=255) aGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTAc > 4:124633/1‑130 (MQ=255) aGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTAc < 3:124633/130‑1 (MQ=255) aGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACaaaa > 8:34768/1‑146 (MQ=255) aGGTGACCAGCACTACGCCTTTGGTCAGCAGTACGTTACTGTACGACAGTACGAAGGTAATCAGGCTGTAGAACTAGTCGGCAAGGGAGAAATTGAGCTGGCCGCGCACGAGGTCGGCGAGCAGCTCTACGGCTATCAGCACaaaa > 4:222792/1‑146 (MQ=255) gTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAATAAGaa < 3:304393/149‑1 (MQ=255) gTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGaa < 1:344841/149‑1 (MQ=255) gTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCACACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGaa < 2:299718/149‑1 (MQ=255) tGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAAt < 3:204150/149‑1 (MQ=255) gCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCcagca < 5:353666/149‑1 (MQ=255) gTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGGAGCGACCt > 1:360976/1‑148 (MQ=255) gACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGGCGCGACCTCAgg > 3:47333/1‑149 (MQ=255) aCAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATgg < 2:157246/135‑1 (MQ=255) aCAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATgg > 1:157246/1‑135 (MQ=255) aCAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGGCGCGACCTCAGGc < 7:34768/149‑1 (MQ=255) gTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGGCGCGACCTCAGGCGtt < 4:47333/149‑1 (MQ=255) gcCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGGCGCGACCTCAGGCGt > 8:249297/1‑144 (MQ=255) gcCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGGCGCGACCTCAGGCGt < 7:249297/144‑1 (MQ=255) gCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGGCGCGACCTCAGGCGTTATCCACCAAGATTAgg < 8:63874/149‑1 (MQ=255) ttGATCGAGTCGTCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCTCACTCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGGCGCGACCTCAGGCGTTATCCACCAAGATTAGGCCg < 3:222792/148‑1 (MQ=255) 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aGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGGCGCGACCTCAGGc < 5:13272/119‑1 (MQ=255) gCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGGCGCGACCTCAGGCGTTATCCACCAAGATTAGGCCGCACCCACAGGAAt > 6:316618/1‑149 (MQ=255) ggTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGGCGCGACCTCAGGCGGTATCCCCCAAGATTAGGCCGCACCCACAGGAATCCCTa > 1:102420/1‑149 (MQ=255) gTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGGCGCGACCTCAGGCGTTATCCACCAAGATTAGGCCGCACCCACAGGAATCCCTAt < 2:119933/149‑1 (MQ=255) gAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGGCGCGACCTCAGGCGTTATCCACCAAGATTAGGCCGCACCCACAGGAATCCCTATgg > 6:319897/1‑149 (MQ=255) cTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGTCGCGACCTCAGGCGTTATCCACCAAGATTAGGCCGCACCCACAGTAATCCCTATGGCGACATCTg < 7:161030/149‑1 (MQ=255) | CCTGCGCCGGCAATTGCAGCAGCGCCAGGTGCTCGAAGGCCAGAGCATAGGTGACCAGCCCTACGCCTTTGGTCAGCAGGCCGGTACTGGTCGACAGTGCGCCGGTACTCAGGCTGTTGATCGAGTCGGCCAGGGTGAAATTGCGCTGGCCGCGCACGCGGTCGGCGACCAGCTCTACGGCTATCAGCACAAAAAAGAATGGTACGGCCAGCAGTATCAGGTCCATGGGCGCGACCTCAGGCGTTATCCACCAAGATTAGGCCGCACCCACAGGAATCCCTATGGCGACATCTG > NC_002947/5954777‑5955070 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |