Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 480,987 | A→G | 8.3% | Y36H (TAC→CAC) | ycgB ← | type IV piliation protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 480,987 | 0 | A | G | 8.3% | 131.6 / 2.8 | 48 | Y36H (TAC→CAC) | ycgB | type IV piliation protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/24); new base G (2/2); total (22/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
CGCGGCTGTAGGACTTTTCCGTACTGAGGAACTGCTTGCCGTAGGACCAGTGGTGGTAGCCCAGCGGCATGCCGACCGAGGCGTAGGCGTCCATCATCTGTTCGGCAGTGATGACCTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTCCAGGGCGTAACGCTCGGCCAAGCGGCTGATTTCCCGGTCGTAGGTCTGGATCAGCTCGAACGTCCACTCGGACCCAGTGGAAATGGGTTGGCGTCTCTGTGCTCTGGCGGTCATGTGGCTAACCTGCGCTGGAAGAGTTCACGGAAGACCGGGTA > NC_002947/480840‑481133 | cgcgGCTGTAGGACTTTTCCGTACTGAGGAACTGCTTGCCGTAGGACCAGTGGTGGTAGCCCAGCGGCATGCCGACCGAGGCGTAGGCGTCCATCATCTGTTCGGCAGTGATGACCTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTCCAGGGCGTaa < 8:68976/149‑1 (MQ=255) cgGCTGTAGGACTTTTGCGTACTGAGTTACTGCTTGCCGTAGGACCAGTGGTGGTAGCCCAGCGGCATGCCGACCGAGGCGTAGGCGTCCATCATCTGTTCGGCAGTGATGACCTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTCGAGGGCGTAACg < 4:59627/149‑1 (MQ=255) gCTGTAGGACTTTTCCGTACTGAGGAACTGCTTGCCGTAGGACCAGTGGTGGTAGCCCAGCGGCATGCCGACCGAGGCGTAGGCGTCCATCATCTGTTCGGCAGTGATGACCTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTCCAGGGCGTAACGCt < 1:10150/149‑1 (MQ=255) gTAGGACTTTTCCGTACTGAGGAACTGCTTGCCGTAGGACCAGTGGTGGTAGCCCAGCGGCATGCCGACCGAGGCGTAGGCGTCCATCATCTGTTCGGCAGTGATGACCTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTCCAGGGCGTAACGCTCgg > 6:28630/1‑149 (MQ=255) tAGGACTTTTCCGTACTGAGGAACTGCTTGCCGTAGGACCAGTGGTGGTAGCCCAGCGGCATGCCGACCGAGGCGTAGGCGTCCATCATCTGTTCGGCAGTGATGACGTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTACAGGGCGTAACGCTCGGc > 1:135846/1‑149 (MQ=255) tAGGACTTTTCCGTACTGAGGAACTGCTTGCCGTAGGACCAGTGGTGGTAGCCCAGCGGCATGCCGACCGAGGCGTAGGCGTCCATCATCTGTTCGGCAGTGATGACCTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTCCAGGGCGTAACGCTCGGc > 1:130470/1‑149 (MQ=255) ttttCCGTACTGAGGAACTGCTTGCCGTAGGACCAGTGGTGGTAGCCCAGCGGCATGCCGACCGAGGCGTAGGCGTCCATCATCTGTTCGGCAGTGATGACCTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTCCAGGGCGTAACGCTCGGCCAAg > 1:183546/1‑147 (MQ=255) ttttCCGTACTGAGGAACTGCTTGCCGTAGGACCAGTGGTGGTAGCCCAGCGGCATGCCGACCGAGGCGTAGGCGTCCATCATCTGTTCGGCAGTGATGACCTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTCCAGGGCGTAACGCTCGGCCAAg < 2:183546/147‑1 (MQ=255) tCCGTACTGAGGAACTGCTTGCCGTAGGACCAGTGGTGGTAGCCCAGCGGCATGCCGACCGAGGCGTAGGCGTCCATCATCTGTTCGGCAGTGATGACCTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTCCAGGGCGTAACGCTCGGCCAAGCGGc < 6:11321/148‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) atcatcTGTTCGGCAGTGATGACCTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTCCAGGGCGTAACGCTCGGCCAAGCGGCTGATTTCCCGGTCGTAGGTCTGGATCAGCTCGAACGTCCACTCGGACCCAGTGGAAATGGGTTGGCGTCTCTGTGc > 3:29218/1‑149 (MQ=255) atcTGTTCGGCAGTGATGACCTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTCCAGGGCGTAACGCTCGGCCAAGCGGCTGATTTCCCGGTCGTAGGTCTGGATCAGCTCGAACGTCCACTCGGACCCAGTGGAAATGTGTTGGCGTCTCTGTGctct < 4:29218/149‑1 (MQ=255) tcTGTTCGGCAGTGATGACCTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTCCAGGGCGTAACGCTCGGCCAAGCGGCTGATTTCCCGGTCg < 8:172726/83‑1 (MQ=255) tcTGTTCGGCAGTGATGACCTCGATCTGCTTGGGGTAGGTGTCCAGGGCGTAACGCTCGGACAAGCGGCTGATTTCCCGGTCg > 7:172726/1‑83 (MQ=255) gaCCTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTCCAGGGCGTAACGCTCGGCCAAGCGGCTGATTTCCCGGTCGTAGGTCTGGATCAGCTCGAACGTCCACTCGGACCCAGTGGAAATGGGTTGGCGTCTCTGTGCTCTGGCGGTCATGTGGCTaa > 8:302228/1‑149 (MQ=255) cTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTCCAGGGCGTAACGCTCGGCCAAGCGGCTGATTTCCCGGTCGTAGGTCTGGATCAGCTCGAACGTCCACTCGGACCCAGTGGAAATGGGTTGGCGTCTCTGTGCTCTGGCGGTCATGTGGCTAACCt > 5:270260/1‑149 (MQ=255) 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aaCGCTCGGCCAAGCGGCTGATTTCCCGGTCGTAGGTCTGGATCAGCTCGAACGTCCACTCGGACCCAGTGGAAATGGGTTGGCGTCTCTGTGCTCTGGCGGTCATGTGGCTAACCTGCGCTGGAAGAGtt < 7:252616/131‑1 (MQ=255) aaCGCTCGGCCAAGCGGCTGATTTCCCGGTCGTAGGTCTGGATCAGCTCGAACGTCCACTCGGACCCAGTGGAAATGGGTTGGCGTCTCTGTGCTCTGGCGGTCATGTGGCTAACCTGCGCTGGAAGAGtt > 8:252616/1‑131 (MQ=255) | CGCGGCTGTAGGACTTTTCCGTACTGAGGAACTGCTTGCCGTAGGACCAGTGGTGGTAGCCCAGCGGCATGCCGACCGAGGCGTAGGCGTCCATCATCTGTTCGGCAGTGATGACCTCGATCTGGTTGGGGTAGGTGTCCAGGGCGTAACGCTCGGCCAAGCGGCTGATTTCCCGGTCGTAGGTCTGGATCAGCTCGAACGTCCACTCGGACCCAGTGGAAATGGGTTGGCGTCTCTGTGCTCTGGCGGTCATGTGGCTAACCTGCGCTGGAAGAGTTCACGGAAGACCGGGTA > NC_002947/480840‑481133 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |