| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 487,831 | G→C | 10.1% | G157G (GGC→GGG) ‡ | pdxA ← | 4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 487,831 | 0 | G | C | 10.1% | 178.9 / 8.8 | 59 | G157G (GGC→GGG) ‡ | pdxA | 4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/26); new base C (2/4); total (29/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
CACACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTTGTCGCGCATGTCGGCATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATCCCGGCGAAGTGCCCGTCCAGGC > NC_002947/487685‑487979 | cacaCGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTTGTCGCGCATGTCGGCATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGcc > 3:261334/1‑149 (MQ=255) acGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTTGTCGCGCATGTCGGCATGCAGGATATGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCcg‑cg > 3:257021/1‑149 (MQ=255) acGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTTGTCGCGCATGTCGGCATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCcg‑cg > 3:238741/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) tGATAGCGTCGGCAACATAACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCg > 4:308956/1‑149 (MQ=255) atatCGTCGGCAACATCAAGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCTCGCGCAGGGCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAATAG‑GCGATACCGCTTTCGtt < 4:280966/149‑1 (MQ=255) gCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGAt < 8:126718/149‑1 (MQ=255) gCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGAGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGa > 2:261462/1‑148 (MQ=255) gTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑Gc > 5:131300/1‑129 (MQ=255) gTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑Gc < 6:131300/129‑1 (MQ=255) ggCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGTGCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGATCacac < 5:252662/149‑1 (MQ=255) cAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGATCACAccc < 1:164229/149‑1 (MQ=255) aaCATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTAGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCt > 2:256190/1‑149 (MQ=255) aCATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCtt < 3:225718/149‑1 (MQ=255) aTCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTtgt < 4:257021/149‑1 (MQ=255) tCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCCCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCAATACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAAATCCGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTtgtc > 6:67165/1‑148 (MQ=255) tGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCT‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGTGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGat < 3:308956/149‑1 (MQ=255) tGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGCGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGa < 1:261462/149‑1 (MQ=255) gTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGCGATCATccc > 8:44839/1‑149 (MQ=255) cAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑Gc < 4:213654/93‑1 (MQ=255) cAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑Gc > 3:213654/1‑93 (MQ=255) ggCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCAGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATCCCGGCGAAGt > 5:113153/1‑149 (MQ=255) ggCCACGCGCAGGCCG‑CGGGGGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGGGCGGGTGAGTTGGGCAAGGATTTCGGTATGGCCGGAAAAG‑GCGTTACCGCTTTCGTTGATCAGACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATCCCGGCGAAGt < 5:67165/149‑1 (MQ=255) ggCCACCCGCGGCCTG‑CGCGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCggg > 2:241250/1‑127 (MQ=255) ggCCACCCGCGGCCTG‑CGCGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCggg < 1:241250/127‑1 (MQ=255) ccACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGCGATCATCCCGGCGAAGTGc < 7:44839/149‑1 (MQ=255) gcgcAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCg < 7:273622/67‑1 (MQ=255) gcgcAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCg > 8:273622/1‑67 (MQ=255) gCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCTGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATCCCGGCGAAGTGCCCGTCCAGGc < 6:113153/149‑1 (MQ=255) | CACACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTTGTCGCGCATGTCGGCATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCG‑CGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAG‑GCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATCCCGGCGAAGTGCCCGTCCAGGC > NC_002947/487685‑487979 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |