| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,019,739 | G→A | 6.9% | R304C (CGT→TGT) | dadA‑II ← | D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,019,739 | 0 | G | A | 6.9% | 168.1 / 2.1 | 58 | R304C (CGT→TGT) | dadA‑II | D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/29); new base A (2/2); total (27/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
GTCCAGAAGCTGGCCTGGCTCAGGTCACCGCCGCGAGGATAAAGGTCGTTGACGATCATCTCCAGCGTTTCGCGCCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGCGAATAGCCTTTCAGCGGATACACCGGAGCCTTGATGCCCAGCGGCTTGAGCATCTGTGGC > NC_002947/6019591‑6019878 | gTCCAGAAGCTGGCCTGGCTCAGGTCACCGCCGCGAGGATAAAGGTCGTTGACGATCATCTCCAGCGTTTCGCGCCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACg > 8:183796/1‑149 (MQ=255) cAGAAGCTGGCCTGGCTCAGGTCACCGCCGCGAGGATAAAGGTCGTTGACGATCATCTCCAGGGTTTCGCGCCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAAGGGGt < 6:98966/149‑1 (MQ=255) cAGAAGCTGGCCTGGCTCAGGTCACCGCCGCGAGGATAAAGGTCGTTGACGATCATCTCCAGCGTTTCGCGCTGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATGCCCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACgg < 1:199560/148‑1 (MQ=255) gAAGCTGGCCTGGCTCAGGTCACCGCCGCGAGGATAAAGGTCGTTGACGATCATCTCCAGCGTTTCGCGCCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGa > 5:257443/1‑149 (MQ=255) ctggcctggcTCAGGTCACCGCCGCGAGGATAAAGGTCGTTGACGATCATCTCCAGCGTTTCGCGCCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACCCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATgg > 5:308258/1‑148 (MQ=255) gcTCAGGTCACCGCCGCGAGGATAAAGGTCGTTGACGATCATCTCCAGCGTTTCGCGCCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGt < 7:183796/149‑1 (MQ=255) gcTCAGGTCACCGCCGCGAGGATAAAGGTCGTTGACGATCATCTCCAGCGTTTCGCGCCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGt < 2:53566/149‑1 (MQ=255) cTCAGGTCACCGCCGCGAGGATAAAGGTCGTTGACGATCATCTCCAGCGTTTCGCGCCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTa < 5:9363/149‑1 (MQ=255) aGGTCACCGCCGCGAGGATAAAGGTCGTTGACGATCATCTCCAGCGTTTCGCGCCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAg < 1:158849/147‑1 (MQ=255) gTCACCGCCGCGAGGATAAAGGTCGTTGACGATCATCTCCAGCGTTTCGCGCCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGtct > 4:212703/1‑149 (MQ=255) ccgcGAGGATAAAGGTCGTTGACGATCATCTCCAGCGTTTCGCGCCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTTATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCgag < 3:335961/149‑1 (MQ=255) ggTCGTTGACGATCATCTCCAGCGTATCGCGCCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTc < 8:345046/149‑1 (MQ=255) gTCGTTGACGATCATCTCCAGCGTTTCGCGCCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCg > 7:164308/1‑149 (MQ=255) gTCGTTGACGATCATCTCCAGCGTTTCGCGCCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCg > 5:92369/1‑149 (MQ=255) 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gcgcCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCgg > 8:322811/1‑147 (MQ=255) gcgcCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCgg < 7:322811/147‑1 (MQ=255) aCGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGt > 4:232710/1‑147 (MQ=255) cgGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGc > 3:46986/1‑148 (MQ=255) gggTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTg < 2:235948/129‑1 (MQ=255) gggTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTg > 1:235948/1‑129 (MQ=255) ggTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGCGaa > 4:50358/1‑149 (MQ=255) gTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGCGAATAGCCTTTCAGCg < 6:257443/149‑1 (MQ=255) gTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGCGAATAGCCTTTCAGCg < 3:50358/149‑1 (MQ=255) cAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCg > 7:166740/1‑120 (MQ=255) cAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCg < 8:166740/120‑1 (MQ=255) aaaCCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACACGGATGAGGTTGTCGAAACGGGTGATGACAACCTTCTACGTCTCGTCTAGAAAAGTCGAAGTCGGGGACATCTCGGTGTAGGTGATCGGAACCGTCAGCTAATACCCAATCACCGGAt > 8:303751/1‑148 (MQ=255) cAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGc > 8:206852/1‑125 (MQ=255) cAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGc < 7:206852/125‑1 (MQ=255) aGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGCGAATAGc < 6:249226/131‑1 (MQ=255) aGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGCGAATAGc > 5:249226/1‑131 (MQ=255) aGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGCGAATAGCCTTTCAGCGGATACACCg > 7:3640/1‑149 (MQ=255) gCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGCGAATAGCCTTTCAGCGGATACACCg > 1:160126/1‑148 (MQ=255) 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gCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGCGAATAGCCTTTCAGCGGATACACCGGAGCCTTGAt < 3:154521/149‑1 (MQ=255) ccccAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCTCGGTCAGCGAATAGCCTTTCAGCGGATACACCGGAGCCTTGATGCCCAGc > 8:346050/1‑149 (MQ=255) cccAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGCGAATAGCCTTTCAGCGGATACACCGGAGCCTTGATGCCCAGCg > 5:288881/1‑149 (MQ=255) aggcgGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGCGAATAGCCTTTCAGCGGATACACCGGAGCCTTGATGCCCAGCGGCtt < 4:46986/147‑1 (MQ=255) gCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGCGAATAGCCTTTCAGCGGATACACCGGAGCCTTGATGCCCAGCGGCTTGAGCATc < 7:303751/148‑1 (MQ=255) 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gggTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGCGAATAGCCTTTCAGCGGATACACCGGAGCCTTGATGCCCAGCGGCTTGAGCATCtgtg > 6:324956/1‑138 (MQ=255) gggTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGCGAATAGCCTTTCAGCGGATACACCGGAGCCTTGATGCCCAGCGGCTTGAGCATCtgtg < 5:324956/138‑1 (MQ=255) | GTCCAGAAGCTGGCCTGGCTCAGGTCACCGCCGCGAGGATAAAGGTCGTTGACGATCATCTCCAGCGTTTCGCGCCGACGCGGGTTCAGCGACAGGTCAAAACCAGCGATTTCAGCCATG‑CCCCCAACGCGGATGCGGTTGTCGAAACGGGTGATGGCAACCTTGTAGGTCTCGTCGAGAATGGTCGAAGTCGGGGCCATGTCGCTGTTGGTGATCGGCACGGTCAGCGAATAGCCTTTCAGCGGATACACCGGAGCCTTGATGCCCAGCGGCTTGAGCATCTGTGGC > NC_002947/6019591‑6019878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |