| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,094,517 | C→A | 6.3% | G252C (GGC→TGC) | pycB ← | pyruvate carboxylase subunit B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,094,517 | 0 | C | A | 6.3% | 196.3 / 2.7 | 63 | G252C (GGC→TGC) | pycB | pyruvate carboxylase subunit B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/26); new base A (2/2); total (35/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01 | |||||||||||
TGCCGCCCGGTACCTGGTTGACCTGCACCCGGGTGTCTACCGCGGTGAACTCGCTTTCGAACTGGTGGTACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATGGCTGCCAGGCCGGCGGTATCGTGGGAGTGAATG > NC_002947/6094370‑6094665 | tGCCGCCCGGTACCTGGTTGACCTGCACCGGGGTGTCTACCGCGGTGAACTCGCTTTCGAACTGGTGGTACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGccc < 3:205343/149‑1 (MQ=255)tGCCGCCCGGTACCTGGTTGACCTGCACCCGGGTGTCTACCGCGGTGAACTCGCTTTCGAACTGGTGGTACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGccc < 8:13224/149‑1 (MQ=255) gccgccCGGTACCTGGTTGACCTGCACCCGGGTGTCTACCGCGGTGAACTCGCTTTCGAACTGGTGGTACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCt > 5:294911/1‑149 (MQ=255) ccGGTACCTGGTTGACCTGCACCCGGGTGTCTACCGCGGTGAACTCGCTTTCGAACTGGTGGTACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGt < 7:20705/149‑1 (MQ=255) tGGTTGACCTGCACCCGGGTGTCTACCGCGGTGAACTCGCTTTCGAACTGGTGGTACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAAc > 2:294510/1‑149 (MQ=255) gTTGACCTGCACCCGGGTGTCTACCGCGGTGAACTCGCTTTCGAACTGGTGGTACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCACTCAAGGgcagcgagtt < 2:328782/149‑6 (MQ=255) cACCCGGGTGTCTACCGCGGTGAACTCGCTTTCGAACTGGTGGTACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCg < 8:75983/148‑1 (MQ=255) ccGGGTGTCTACCGCGGTGAACTCGCTTTCGAACTGGTGGTACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTAc > 7:222266/1‑149 (MQ=255) tCTACCGCGGTGAACTCGCTTTCGAACTGGGGGTACTTCTTGCGGACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCATAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATg < 7:241651/149‑1 (MQ=255) tACCGCGGTGAACTCGCTTTCGAACTGGTGGTACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGc > 7:197789/1‑149 (MQ=255) aCCGCGGTGAACTCGCTTTCGAACTGGTGGTACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCt > 6:364279/1‑149 (MQ=255) ccGCGGTGAACTCGCTTTCGAACTGGTGGTACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCgg < 1:256467/142‑1 (MQ=255) ccGCGGTGAACTCGCTTTCGAACTGGTGGTACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCgg > 2:256467/1‑142 (MQ=255) 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tggtggTACTTCTTGCGCACAGCGTAGAGAGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTg > 1:20952/1‑145 (MQ=255) gtggtACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATc > 6:309829/1‑103 (MQ=255) gtggtACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATc < 5:309829/103‑1 (MQ=255) gtggtACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATgg < 7:118609/149‑1 (MQ=255) tACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCa < 7:191812/128‑1 (MQ=255) tACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCa > 8:191812/1‑128 (MQ=255) ttGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCCGTGTCGAt > 3:231962/1‑149 (MQ=255) gcgcACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTTTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGa < 6:294911/146‑1 (MQ=255) gcgcACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGAtg < 2:20952/148‑1 (MQ=255) gcACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTgg > 4:150363/1‑149 (MQ=255) tAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCgcgc > 5:221731/1‑148 (MQ=255) 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aaGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTCAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGGCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCAc < 7:232303/149‑1 (MQ=255) gCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGCGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGAGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACgg > 8:11321/1‑149 (MQ=255) ccGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGc < 5:249026/149‑1 (MQ=255) aTCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGACCTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCtt > 5:219351/1‑149 (MQ=255) ctcCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCtt > 7:36599/1‑147 (MQ=255) cTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTgg < 2:1902/101‑1 (MQ=255) cTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTgg > 1:1902/1‑101 (MQ=255) tGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTg > 4:138323/1‑149 (MQ=255) ctgAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTgg > 4:26925/3‑148 (MQ=255) gAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGca > 2:86765/1‑148 (MQ=255) caggtccaggCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATGGCTg > 6:302480/1‑149 (MQ=255) ccaggCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATGGCTGCCAgg > 5:13421/1‑149 (MQ=255) caggCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGGCTTGGCTGGTGCCCCAGTTGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATGGCTGCCAg < 1:294510/148‑1 (MQ=255) gAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTGAGCTTGCACATGGCTGCCAGGCCGGCGGTATCGt < 2:137622/149‑1 (MQ=255) gAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATGGCTGCCAGGCCGGCGGTATCGt < 8:36599/149‑1 (MQ=255) gAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGACAGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGAAGGCGGTGTCCATGTGGTACGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATGGCATCCAGGCCTGCGGTTTCGt > 1:84971/1‑149 (MQ=255) aaCTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATGGCTGCCAGGCCGGCGGTATCGTg > 4:357558/1‑149 (MQ=255) aaCTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATGGCTGCCAGGCCGGCGGTATCGTg < 8:322143/149‑1 (MQ=255) aCTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATGGCTGCCAGGCCGGCGGTATCGTgg < 5:150885/149‑1 (MQ=255) cTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATGGCTGCCAGGCAGGCGGTATCGTgg > 1:52965/1‑148 (MQ=255) ttgCTGCACTCAAGGGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGAt < 8:14806/81‑1 (MQ=255) ttgCTGCACTCAAGGGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGAt > 7:14806/3‑83 (MQ=255) gCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATg < 1:330768/121‑1 (MQ=255) gCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATg > 2:330768/1‑121 (MQ=255) tGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATGGCTGCCAGGCCGGCGGTATCGTGGGAGtg > 5:130150/1‑148 (MQ=255) cccTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATGGCTGCCAGGCCGGCGGTATCGTGGGAGtgaat < 3:357558/149‑1 (MQ=255) ccTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATGGCTGCCAGGCCGGCGGTATCGTGGGAGtgaatg < 1:86765/149‑1 (MQ=255) | TGCCGCCCGGTACCTGGTTGACCTGCACCCGGGTGTCTACCGCGGTGAACTCGCTTTCGAACTGGTGGTACTTCTTGCGCACAGCGTAGA‑AGTACAAGCCGATCTCCTGCAGAAGCTCCAGGTCCAGGCCGGTGTCGAACTCGCTGCCCTTGAGTGCAGCAACCATCGACTCGGTACCCGG‑ATGGCTGGTGCCCCAGGCGAAGCTGGAGATGGCGGTGTCGATGTGGTCCGCGCCATTTTCCACGGCCTTCAGCTGGCACATGGCTGCCAGGCCGGCGGTATCGTGGGAGTGAATG > NC_002947/6094370‑6094665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |