Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 563,007 | T→G | 5.2% | P30P (CCT→CCG) ‡ | rpoA → | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 563,007 | 0 | T | G | 5.2% | 249.5 / 2.8 | 77 | P30P (CCT→CCG) ‡ | rpoA | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/37); new base G (2/2); total (38/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
AACGAAAACCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAGGAAGACG > NC_002947/562860‑563149 | aaCGAAAACCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTTCAGGTAGTAAGTCCGACAAGCGCCAAAATTACGCTCGAGCct > 8:343380/1‑148 (MQ=255) aCGAAAACCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCctct > 6:202247/1‑149 (MQ=255) aaaaCCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGa < 6:320936/149‑1 (MQ=255) cTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCGAAACCACGCTCGAGAGGCTCGAGCGt > 4:307661/1‑148 (MQ=255) aTTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAACGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGACTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGAGGCTCGAGCGtaat < 2:125500/148‑4 (MQ=255) tCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCgg < 3:108680/149‑1 (MQ=255) tCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCg < 7:180482/148‑1 (MQ=255) aGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCGAAACCACGCTCGAGAGGCTCGAGCGTAATTTTGGcgc < 3:307661/149‑3 (MQ=37) ctACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCTACCCTCACCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATAcc > 3:77522/1‑149 (MQ=255) cTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTg > 4:66382/1‑149 (MQ=255) tCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTgg > 1:130526/1‑149 (MQ=255) tCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTgg > 5:321717/1‑149 (MQ=255) tCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTgg > 5:155357/1‑149 (MQ=255) cAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTggg > 6:495/1‑148 (MQ=255) cAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTgg < 5:202247/147‑1 (MQ=255) gTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATAcc > 3:202228/1‑140 (MQ=255) gTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATAcc < 4:202228/140‑1 (MQ=255) gCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTg > 7:39514/1‑149 (MQ=255) tAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTgcg > 7:305607/1‑149 (MQ=255) tAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTgcg > 1:94847/1‑149 (MQ=255) aaTAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCa > 2:71907/1‑149 (MQ=255) tAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATc < 5:495/149‑1 (MQ=255) cATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCtgttg < 7:343380/149‑1 (MQ=255) tGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTTTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGtcct < 4:41723/147‑1 (MQ=255) tGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTGTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGtcct > 3:41723/1‑147 (MQ=255) tGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGtcctc > 2:364107/1‑148 (MQ=255) aGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGtcctcc < 2:54006/146‑1 (MQ=255) aGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGtcctcc > 1:54006/1‑146 (MQ=255) tttCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCt < 2:244867/149‑1 (MQ=255) aaTGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGc < 1:71907/149‑1 (MQ=255) aTGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCtgtg > 5:5863/1‑147 (MQ=255) aTGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCa < 5:201703/149‑1 (MQ=255) aTGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCa < 8:39514/149‑1 (MQ=255) ccTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTc > 2:320261/1‑148 (MQ=255) cTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTc > 1:196197/1‑147 (MQ=255) cTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGa < 2:130526/149‑1 (MQ=255) cTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCAGACACGCGCCAAAATTACGCTAGAGCCTCTCGAGCGAGGTTTCGGCCATACCCAGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTCTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGa > 1:227487/1‑149 (MQ=255) tGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCTTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAg > 6:217329/1‑149 (MQ=255) tCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGcc > 4:255519/1‑148 (MQ=255) cccGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGcc > 3:163758/1‑146 (MQ=255) cccGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCgag > 4:240767/1‑149 (MQ=255) ccGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCgaga < 4:163758/149‑1 (MQ=255) cGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGcc > 1:109679/1‑144 (MQ=255) cGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGAt < 3:240767/149‑1 (MQ=255) gCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGcc > 7:184648/1‑143 (MQ=255) cacaTTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGa > 2:351636/1‑149 (MQ=255) acaTTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGAt < 8:184648/149‑1 (MQ=255) caTTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATg < 2:196197/149‑1 (MQ=255) aTTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATgg > 2:251971/1‑149 (MQ=255) ttGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGc < 1:364107/149‑1 (MQ=255) gATGTGCATGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCTAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCg < 2:227487/148‑1 (MQ=255) tgCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTc < 3:66382/149‑1 (MQ=255) aGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCAt < 1:251971/149‑1 (MQ=255) gTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCAt > 6:188045/1‑147 (MQ=255) tAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAg > 2:204567/1‑149 (MQ=255) tcagtcCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGACTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTAc > 6:10624/1‑149 (MQ=255) tcCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCTTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCcg < 5:217329/149‑1 (MQ=255) tcCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCcg > 3:172415/1‑149 (MQ=255) gACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGa > 2:15358/1‑149 (MQ=255) gACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGa < 6:155357/149‑1 (MQ=255) gACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGa < 6:321717/149‑1 (MQ=255) gcgcCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCg > 3:41702/1‑147 (MQ=255) gcgcCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGaa < 3:297849/149‑1 (MQ=255) gcgcCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGaa < 3:91485/149‑1 (MQ=255) gcgcCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGaa < 8:305607/149‑1 (MQ=255) gcgcCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGaa < 6:5863/149‑1 (MQ=255) gcgcCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGCCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGaa < 1:204567/149‑1 (MQ=255) cgcCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAg < 4:41702/149‑1 (MQ=255) ccAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGgt < 1:351636/149‑1 (MQ=255) cAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGAt > 1:57843/1‑115 (MQ=255) cAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGAt < 2:57843/115‑1 (MQ=255) cAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCTTGAGTACTCCGCGATCGAAGgtg < 7:244592/149‑1 (MQ=255) aaTTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTc < 1:320261/149‑1 (MQ=255) tACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGa < 3:105941/123‑1 (MQ=255) tACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGa > 4:105941/1‑123 (MQ=255) cGCTCGAGAGGCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAgg > 7:262644/1‑147 (MQ=255) gCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCAGCGATCGAAGGTGTTCAgg > 4:130398/1‑146 (MQ=255) tCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAGGAAGAc > 1:167498/1‑149 (MQ=255) gAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAGGAAGACg < 5:10624/148‑1 (MQ=255) | AACGAAAACCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAGGAAGACG > NC_002947/562860‑563149 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |