Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 578,723 | A→G | 8.9% | K231R (AAG→AGG) | fdoH → | formate dehydrogenase‑O subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 578,723 | 0 | A | G | 8.9% | 122.6 / 2.8 | 45 | K231R (AAG→AGG) | fdoH | formate dehydrogenase‑O subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/21); new base G (2/2); total (22/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 |
GGCAGCAAGGACGAGATGAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTGGCGCTGTTGGCCATGGGCGCGGCGGTGCTGGCGGGGTTCTTCCACTATGTGCGGATCGGCCC > NC_002947/578578‑578861 | ggCAGCAAGGACGAGATGAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCt < 1:174405/149‑1 (MQ=255) cagcaAGGACGAGATGAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGt < 2:148659/149‑1 (MQ=255) agcaAGGACGAGATGAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGTCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTg < 2:52729/147‑1 (MQ=255) agcaAGGACGAGATGAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTg > 1:52729/1‑147 (MQ=255) agcaAGGACGAGATGAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTa > 5:214474/1‑149 (MQ=255) ggACGAGATGAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCg < 7:336377/149‑1 (MQ=255) ggACGAGATGAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCg > 6:347365/1‑149 (MQ=255) ggACGAGATGAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGAGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCg > 7:302136/1‑149 (MQ=255) aCGAGATGAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCTGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATTTACGTGCTGCACCATTCCTACACGCCGAAGCTGTATGCCGGc < 6:370134/149‑1 (MQ=255) aCGAGATGAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGc < 5:347365/149‑1 (MQ=255) aTGAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGaa > 4:39342/1‑131 (MQ=255) aTGAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGaa < 3:39342/131‑1 (MQ=255) tGAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCg > 1:126306/1‑149 (MQ=255) gAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCg > 4:159883/1‑148 (MQ=255) cATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAGGCTGTATGCCGGCCTGCCGGAccagc > 6:300436/1‑148 (MQ=255) cATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAGGCTGTATGCCGGCCTGCCGGAccagc > 6:295373/1‑148 (MQ=255) gCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGAt > 4:146658/1‑149 (MQ=255) aGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGc < 6:365408/149‑1 (MQ=255) cATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACCTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGt < 1:273674/149‑1 (MQ=255) aTCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGtt < 6:310828/149‑1 (MQ=255) 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aaGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTtgt < 3:159883/148‑1 (MQ=255) gTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCATGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTg < 8:85184/136‑1 (MQ=255) gTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCATGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTg > 7:85184/1‑136 (MQ=255) gcgGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGTTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAg < 3:315875/148‑1 (MQ=255) cGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTgg > 8:28816/1‑149 (MQ=255) cTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTGGCGCt > 4:280660/1‑149 (MQ=255) tGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAg < 3:163777/137‑1 (MQ=255) tGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAg > 4:163777/1‑137 (MQ=255) tACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTg > 3:357758/1‑141 (MQ=255) tACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTg < 4:357758/141‑1 (MQ=255) gACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTGGCGCTGTTGGCCATggg > 6:9174/1‑149 (MQ=255) cccACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTGGCGCTGTTGGCCATGGGCGCGGCGGTGCTGGc < 2:126306/148‑1 (MQ=255) ccACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTGGCGCTGTTGGCCATGGGCGCGGCGGTGc < 5:283128/143‑1 (MQ=255) ccACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTGGCGCTGTTGGCCATGGGCGCGGCGGTGc > 6:283128/1‑143 (MQ=255) gctgcACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTGGCGCTGTTGGCCATGGGCgcggcg < 7:24980/124‑1 (MQ=255) gctgcACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTGGCGCTGTTGGCCATGGGCgcggcg > 8:24980/1‑124 (MQ=255) gcACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTGGCGCTGTTGGCCATGGGCGCGGCGGTGCTGGCGGGGTTCTTCCACTATGTGc > 7:232264/1‑149 (MQ=255) aTGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTGGCGCTGTTGGCCATGGGCGCGGCGGTGCTGGCGGGGTTCTTCCACTATGTGCGGATc > 6:243691/1‑149 (MQ=255) aTGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTGGCGCTGTTGGCCATGGGCGCGGCGGTGCTGGCGGGGTTCTTCCACTATGTGCGGATc < 5:9174/149‑1 (MQ=255) gACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTGGCGCTGTTGGCCATGGGCGCGGCGGTGCTGGCGGGGTTCTTCCACTATGTGCGGATCGGccc > 4:252343/1‑149 (MQ=255) gCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCTTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTGGCGCTGTTGGCCATGGGCGCGGCGGTGCTGGCGGGGTTCTTCCACTAtgt < 5:28193/132‑1 (MQ=255) gCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTGGCGCTGTTGGCCATGGGCGCGGCGGTGCTGGCGGGGTTCTTCCACTAtgt > 6:28193/1‑132 (MQ=255) | GGCAGCAAGGACGAGATGAAAGTGCATGCGGCCGAGCGCATCGTCGATCTGAAGTCGCGGGGCTACGACAAGGCCGGGCTGTACGACCCGGACGGCGTCGGTGGTACCCACGTGATGTACGTGCTGCACCATGCCGACACGCCGAAGCTGTATGCCGGCCTGCCGGACCAGCCAGTGATCAGCCCGTTGGTAGGGTTGTGGAAGGGCTTCACCAAGCCGCTGGCGCTGTTGGCCATGGGCGCGGCGGTGCTGGCGGGGTTCTTCCACTATGTGCGGATCGGCCC > NC_002947/578578‑578861 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |