Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 648,289 | A→T | 7.9% | intergenic (+58/+33) | acoR → / ← accC | acetoin catabolism regulatory protein/acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 648,289 | 0 | A | T | 7.9% | 126.2 / 3.1 | 51 | intergenic (+58/+33) | acoR/accC | acetoin catabolism regulatory protein/acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/25); new base T (2/2); total (24/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.81e-01 |
ATGCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCG > NC_002947/648143‑648436 | aTGCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGGCCCCCCCCGGCCCCCAAATCTAGCAGACCAAAAAAAAAACCCGCCAAAg > 6:204685/1‑149 (MQ=255) gCTTTGGGGATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGTGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCt < 2:315039/149‑1 (MQ=255) cTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTg < 1:49289/149‑1 (MQ=255) tGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTgg < 3:144073/147‑1 (MQ=255) ggCTTTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCCCTGTG‑CCGGGGttttttatt < 3:355003/148‑8 (MQ=255) ggCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGCCCCGGCCCCACATTATGGGAG‑GCAATAAAAAAACCCCGCCAAGGG‑GCGGGGGTGTGGTTCa > 6:318407/1‑149 (MQ=255) gCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGGCCCAGAGTGTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑GCGGGGTTCTGGTACa > 2:227646/1‑148 (MQ=255) cATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGACCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATc < 5:223039/149‑1 (MQ=255) aTTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAACCCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATca < 1:227646/149‑1 (MQ=255) gCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGGCGCGACCCGGCCCCCCATTTTGGGCG‑GGAAAAAAAAAACCCCGCACACGG‑CCGGGGGTGTGGTAAAAAACACAAAACGaaaa > 2:57582/1‑145 (MQ=255) gCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCAc < 1:61130/149‑1 (MQ=255) cGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGCCGCGGCCCCAGATTGTGGGAG‑GGAAAAAAAAAACCCGGCCCAGGG‑GCGGGGTTCTGGTACATCACACTAAACCATCAcac > 6:277409/1‑139 (MQ=255) cGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTg < 1:251775/149‑1 (MQ=255) cGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTc < 5:277409/141‑1 (MQ=255) gaaCCTCATCGACATGCCGCGGATTAAGGGGTAGAGCCCTGTGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGc < 5:204685/147‑1 (MQ=255) ccGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCCCGACGCCGCCCCAAATTAATGCAA‑GCAATAAAAAAACCCCGCACACGG‑CCGGGGGTATGGTAAAACACAAAACACCAAAACACATGCTTGGACACTTTGTGGTc > 4:282750/1‑148 (MQ=255) ccGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGt < 5:318407/149‑1 (MQ=255) ggATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTTGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGTTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGAc < 3:51286/149‑1 (MQ=255) ggTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCttt < 1:57582/149‑1 (MQ=255) gTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTa < 5:337421/127‑1 (MQ=255) gCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATGATGGCAG‑TCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGaa < 3:282750/149‑1 (MQ=255) ggggCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCtt > 5:143708/1‑149 (MQ=255) cgcgACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGAcgcc > 7:103196/1‑127 (MQ=255) cgcgACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGAcgcc < 8:103196/127‑1 (MQ=255) cgACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACg < 1:336387/149‑1 (MQ=255) gcgGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCAc > 8:36448/1‑148 (MQ=255) ggCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCt > 5:282291/1‑79 (MQ=255) ggCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCt < 6:282291/79‑1 (MQ=255) cccAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCttt > 1:42697/1‑122 (MQ=255) cccAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCttt < 2:42697/122‑1 (MQ=255) cAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTcgc > 3:294118/1‑149 (MQ=255) aGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTcgcg < 7:275961/149‑1 (MQ=255) aTTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGt < 7:36448/149‑1 (MQ=255) ttCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTcgc < 1:224445/145‑1 (MQ=255) ttCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTcgc > 2:224445/1‑145 (MQ=255) tGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAg > 4:175685/1‑149 (MQ=255) tGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAg > 5:323163/1‑149 (MQ=255) gtaccagaaCCCCGGCCCTGTG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGt > 7:111754/8‑149 (MQ=255) aaTAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGGGCAGCGGGATGt > 7:247454/1‑149 (MQ=255) tAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTg < 3:175685/149‑1 (MQ=255) tAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTg < 7:42806/149‑1 (MQ=255) aaacaaCCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGc < 8:234346/121‑1 (MQ=255) aaaaaaCCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGc > 7:234346/1‑121 (MQ=255) aaaaaaCCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTgg > 8:296355/1‑149 (MQ=255) aaaaaCCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGt > 3:44089/1‑149 (MQ=255) aaaCCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCt > 8:126134/1‑149 (MQ=255) aaCCCCGGCACAGGG‑CAGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCTGGGGTCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCt > 1:119961/1‑149 (MQ=255) aCCCCGGCCCTGTG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGt > 7:160133/1‑84 (MQ=39) aCCCCGGCCCTGTG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGt < 8:160133/84‑1 (MQ=39) cccGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCtt > 7:182074/1‑106 (MQ=255) cccGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCtt < 8:182074/106‑1 (MQ=255) caGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTcg < 7:126134/149‑1 (MQ=255) aGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGt > 3:35834/1‑135 (MQ=255) aGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGt < 4:35834/135‑1 (MQ=255) | ATGCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAG‑GCAATAAAAAACCCCGGCACAGGG‑CCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAG‑CCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCG > NC_002947/648143‑648436 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |