Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 660,895 | T→A | 15.5% | intergenic (+27/‑140) | speA → / → PP_0568 | biosynthetic arginine decarboxylase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 660,895 | 0 | T | A | 15.5% | 135.5 / 15.5 | 57 | intergenic (+27/‑140) | speA/PP_0568 | biosynthetic arginine decarboxylase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/31); new base A (5/4); total (22/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGCATTACCGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATAT > NC_002947/660759‑661036 | cGCATTACCTCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCtttt < 8:83484/149‑1 (MQ=255) gCATTACCGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTtg < 5:23878/149‑1 (MQ=255) gCATTACCGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTtg > 7:296263/1‑149 (MQ=255) cATTACCGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTtgt < 6:236327/149‑1 (MQ=255) aTTACCGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTtgtg > 8:64434/1‑149 (MQ=255) ttACCGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTgg < 4:228317/149‑1 (MQ=255) ccGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTTGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAg < 1:155397/149‑1 (MQ=255) ccGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGa < 1:199230/148‑1 (MQ=255) ccGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGa < 1:233037/148‑1 (MQ=255) cgcgACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGc > 1:99570/1‑149 (MQ=255) cgACAAGGTTGACAGCGCCAAGAGAACTGCGCGTCAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGTTCTTCGTACCTGTAGTCGTAATTGACGGGGACGCTCCCACAAAAGGCAGCACAGGCTTTTGCAGGAGCgg < 7:128844/149‑1 (MQ=25) aaGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGGCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCtt < 4:323190/149‑1 (MQ=255) ggTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCAGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGccaagc > 2:308936/1‑145 (MQ=255) gTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCg > 6:160728/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTcgc < 1:46602/149‑1 (MQ=255) aGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGa < 6:29794/149‑1 (MQ=255) aGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGa < 6:24518/149‑1 (MQ=255) aaGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAg < 8:100681/149‑1 (MQ=255) gATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAggg > 5:98381/1‑149 (MQ=255) cTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAg < 6:294674/149‑1 (MQ=255) gcgTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCt < 7:64434/149‑1 (MQ=255) cgTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTGGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCt > 5:311329/1‑148 (MQ=255) tGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCAc > 4:28493/1‑149 (MQ=255) tCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCg < 8:296263/148‑1 (MQ=255) gATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTaaa > 7:78476/1‑149 (MQ=255) gATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTaa < 1:1452/148‑1 (MQ=255) ccTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAatat < 6:311329/148‑1 (MQ=255) ttGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCg > 3:344143/1‑149 (MQ=255) gcgcCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACGTGTGGTCGTTATTGTCGGGGACGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCgg < 1:308936/148‑1 (MQ=255) gcgcCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCgg < 3:28493/148‑1 (MQ=255) gcCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGccc > 3:267547/1‑149 (MQ=255) ccTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGt > 1:33048/1‑125 (MQ=255) ccTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGt < 2:33048/125‑1 (MQ=255) cTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTg > 5:132812/1‑149 (MQ=255) ggCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTgg < 8:78476/147‑1 (MQ=255) aCCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCg < 6:132812/148‑1 (MQ=255) cccGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCa > 3:270325/1‑149 (MQ=255) gTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCaa < 2:99570/149‑1 (MQ=255) gTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATg < 8:115320/145‑1 (MQ=255) gTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATg > 7:115320/1‑145 (MQ=255) cTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTAcc > 1:238991/1‑149 (MQ=255) gtcgtAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGACGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCCACGCACCAATTCCGCTTccgggg > 7:234412/1‑144 (MQ=255) gtAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATg < 2:238991/149‑1 (MQ=255) ttGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTTGCTTTTGTGGGTGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAAt < 6:98381/149‑1 (MQ=255) acgcaaggCCGCTCCCACAAAAGGCAGCACAGGCTTTTGCAGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAAt < 7:37405/142‑1 (MQ=25) cGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTc < 8:167396/149‑1 (MQ=255) aaggCCGCTCCCACAAAAGGCAGCACAGGCTTTTGCAGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCttt < 3:139687/133‑1 (MQ=25) aaggCCGCTCCCACAAAAGGCAGCACAGGCTTTTGCAGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCttt > 4:139687/3‑135 (MQ=25) ggCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCaaa < 5:160728/149‑1 (MQ=255) gCCGCTCCCACAAAAGGCAGCACAGGCTTTTGCAGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCCCCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAag > 3:305204/1‑149 (MQ=37) gCCGCTCCCACAAAAGGCAGCACAGGCTTTTGCAGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCt > 7:246258/1‑130 (MQ=25) gCCGCTCCCACAAAAGGCAGCACAGGCTTTTGCAGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCt < 8:246258/130‑1 (MQ=25) gCCGCTCCCACAAAAGGCAGCACAGGCTTTTGCAGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAag > 5:244220/1‑149 (MQ=37) ccGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAagg < 4:267547/149‑1 (MQ=255) gCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAaggag > 7:171278/1‑149 (MQ=255) ccaacAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGAc < 1:303464/145‑1 (MQ=255) aaaaGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGatat < 4:344143/149‑1 (MQ=255) | CGCATTACCGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATAT > NC_002947/660759‑661036 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |