Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 925,901 | C→T | 8.1% | W242* (TGG→TAG) ‡ | PP_0805 ← | outer membrane efflux protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 925,901 | 0 | C | T | 8.1% | 140.3 / 2.6 | 49 | W242* (TGG→TAG) ‡ | PP_0805 | outer membrane efflux protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/25); new base T (2/2); total (22/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
GCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGGCGCCCATGTCGCTGCGCTGGCGGGCCATGCCGGCAATGTCGCCCACGCCGC > NC_002947/925758‑926042 | gcTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAgcgc < 6:355019/149‑1 (MQ=255) gccagggccaTCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTa > 4:72786/1‑149 (MQ=255) gccagggccaTCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCGGGGCCAGCTCGGCGGGGGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGAGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCTGGCGCTCgac < 4:9212/149‑3 (MQ=255) caTCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACt < 3:128782/149‑1 (MQ=255) aTCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTg < 6:19931/149‑1 (MQ=255) gCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTAc > 3:271340/1‑149 (MQ=255) ggCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAg > 3:312252/1‑149 (MQ=255) gCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAgg > 1:226206/1‑149 (MQ=255) gCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGcc < 8:232701/113‑1 (MQ=255) gCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGcc > 7:232701/1‑113 (MQ=255) atcaCCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACggg > 8:247614/1‑149 (MQ=255) aCCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGgcgc < 4:312252/149‑1 (MQ=255) aCCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGgcgc > 5:298217/1‑149 (MQ=255) ccTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCtt < 6:34938/149‑1 (MQ=255) ccTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCtt < 4:285107/149‑1 (MQ=255) gggCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCAcgcg < 5:23764/149‑1 (MQ=255) gcTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGATCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGAc < 7:230014/149‑1 (MQ=255) gCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCg < 6:298217/148‑1 (MQ=255) cAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGc < 2:157325/149‑1 (MQ=255) ccTGGTCCAGCTCGGCGGGGGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGt < 2:339626/149‑1 (MQ=255) 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gCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCTGGAGGGGTAACGCGACACATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCg < 5:10120/149‑1 (MQ=255) gCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTg < 5:269814/139‑1 (MQ=255) gCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGAGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTg > 6:269814/1‑139 (MQ=255) cTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCg > 3:32119/1‑148 (MQ=255) cggGTGAGGCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACgg < 5:333016/149‑1 (MQ=255) cggGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACgg < 4:210094/149‑1 (MQ=255) gCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTgg < 3:72786/149‑1 (MQ=255) ccTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGgcg > 1:20636/1‑149 (MQ=255) ccTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGgcg > 6:177922/1‑149 (MQ=255) cAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGGCGCCCATGt < 2:226206/149‑1 (MQ=255) gCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGt > 6:124207/1‑114 (MQ=255) gCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGt < 5:124207/114‑1 (MQ=255) tAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGGCGCCCATGTCGCTGCGCTGGCgg > 8:203805/1‑149 (MQ=255) tAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGGCGCCCATGTCGCTGCGCTGGCgg < 7:247614/149‑1 (MQ=255) cccATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCGCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGGCGCCCATGTCGCTGCGCTGGCGGGCCATGcc < 4:271340/149‑1 (MQ=255) aTCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGGCGCCCATGTCGCTGCGCTGGCGGGCCATGcc < 5:326970/146‑1 (MQ=255) aTCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGGCGCCCATGTCGCTGCGCTGGCGGGCCATGcc > 6:326970/1‑146 (MQ=255) gcgcCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGGCGCCCATGTCGCTGCGCTGGCGGGCCATGCCGGCAATg > 2:31214/1‑149 (MQ=255) gccgccAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGGCGCCCATGTcgctgcgc < 1:176275/126‑1 (MQ=255) gccgccAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGGCGCCCATGTcgctgcgc > 2:176275/1‑126 (MQ=255) gccAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGGCGCCCATGTCGCTGCGCTGGCGGGCCATGCCGGCAATGTCGcc < 4:32119/149‑1 (MQ=255) aGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGGCGCCCATGTCGCTGCGCTGGCGGGCCATGCCGGCAATGTCGCCCAc > 2:329562/1‑149 (MQ=255) agtacGAGCGCTGGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGGCGCCCATGTCGCTGCGCTGGCGGGCCATGCCGGCAATGTCGCCCAcg > 1:312335/5‑149 (MQ=255) cGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGGCGCCCATGTCGCTGCGCTGGCGGGCCATGCCGGCAATGTCGCCCAcgccgc > 2:77709/1‑149 (MQ=255) | GCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAGCGCTCGTACTGCGACTGGTACTCCTCCAGGGTGGCACGGGCGCTTTCCACGCGGGACTCGGCCTGTACCACGTCGGAACGGGTGCTGGCGCCCATGTCGCTGCGCTGGCGGGCCATGCCGGCAATGTCGCCCACGCCGC > NC_002947/925758‑926042 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |