Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 926,423 | A→G | 8.9% | L68P (CTG→CCG) | PP_0805 ← | outer membrane efflux protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 926,423 | 0 | A | G | 8.9% | 118.5 / 2.9 | 47 | L68P (CTG→CCG) | PP_0805 | outer membrane efflux protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/11); new base G (2/2); total (32/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 |
ATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGTTCAGG > NC_002947/926275‑926569 | aTAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCa < 4:240193/149‑1 (MQ=255) tAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAg > 8:202107/1‑149 (MQ=255) ccgGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCGGCCGTTCGGCACTGGCGAc > 2:279984/1‑149 (MQ=255) ccgGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCGGCCGTTCGGCACTGGCGAc > 2:275335/1‑149 (MQ=255) ccgGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCgcc > 3:44298/1‑147 (MQ=255) cgGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGAcc < 5:221098/149‑1 (MQ=255) cgGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCCGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGAcc < 6:310347/149‑1 (MQ=255) gAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCgg > 3:100145/1‑149 (MQ=255) gAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCgg > 1:361906/1‑149 (MQ=255) aaTCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCgggg < 2:361906/149‑1 (MQ=255) aaTCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCgggg > 1:138379/1‑149 (MQ=255) cTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCa > 3:135322/1‑149 (MQ=255) aTACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑gg < 2:268864/149‑1 (MQ=255) aTACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑gg < 1:189008/149‑1 (MQ=255) tACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑ggg > 4:299949/1‑149 (MQ=255) ccccGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCGGCCGTTCGGCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑ggggg < 1:275335/149‑1 (MQ=255) ccccGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCGGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑ggggg < 1:279984/149‑1 (MQ=255) cccGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCAc < 6:173274/121‑1 (MQ=255) cccGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCAc > 5:173274/1‑121 (MQ=255) cccGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑gggggg > 5:32322/1‑149 (MQ=255) cccGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑ggggag > 7:61250/1‑147 (MQ=255) gCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGgggcg < 1:253777/149‑1 (MQ=255) cACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGgggcgg < 2:138379/149‑1 (MQ=255) aCGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGAGGCGGGCGGGCAc < 8:61250/149‑1 (MQ=255) ttGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCGTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCg > 5:115757/1‑135 (MQ=255) gTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCCGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTag > 8:226241/1‑147 (MQ=255) tAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGTGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGgggcgggcg < 5:2281/121‑1 (MQ=255) tAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGTGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGATGGGGGgggcgggcg > 6:2281/1‑121 (MQ=255) tAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGgggcgggcg > 4:314795/1‑120 (MQ=255) tAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGgggcgggcg < 3:314795/120‑1 (MQ=255) aaaGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGTT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTagcagc > 3:31024/1‑149 (MQ=255) aGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGa > 5:292384/1‑149 (MQ=255) gCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGGACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGcc > 1:254726/1‑149 (MQ=255) gATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGa > 7:330385/1‑149 (MQ=255) cTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGgc > 3:280573/1‑149 (MQ=255) tCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCgg 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< 6:271894/146‑1 (MQ=255) ggTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTgg > 7:343206/1‑148 (MQ=255) ggTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTgg > 3:195133/1‑148 (MQ=255) gTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAccc > 3:55842/1‑141 (MQ=255) gTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTgg > 3:306099/1‑147 (MQ=255) gCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGtt > 2:114329/1‑147 (MQ=255) tCAGCCCTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACTGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGTTCAgg > 8:163654/1‑149 (MQ=255) | ATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGCCTGCAGCACCGCGTCGGTAAGGCTCAGCCGTTCGCCACTGGCGACCGGGGCCATGCCGAT‑GGGGGGGCGGGCGGGCACCGCTTCGGGCGCATCGCGTAGCAGCGACGGCCCGATCTGGCGCAGGTGGGGGTCTATATCATCGGCTGCCTGGGCAACCGGGTGGAAGTTCAGG > NC_002947/926275‑926569 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |