Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 956,069 | G→T | 9.3% | V237V (GTG→GTT) | alaC → | aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 956,069 | 0 | G | T | 9.3% | 128.4 / 3.4 | 43 | V237V (GTG→GTT) | alaC | aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/22); new base T (2/2); total (19/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
TGGAGCTGGACTTCTTCGAGCGCGTGGTGGCCCTGGCCAAGCAGTACAACGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCAGCGCCCTGGCACGGATCAAGAGCTACCACGACTACGGCACCTTCACCCCGCTACAGGTTGCAG > NC_002947/955921‑956211 | tGGAGCTGGACTTCTTCGAGCGCGTGGTGGCCCTGGCCAAGCAGTACAACGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCtgtg < 7:290630/149‑1 (MQ=255) tGGAGCTGGACTTCTTCGAGCGCGTGGTGGCCCTGGCCAAGCAGTACAACGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCtgtg < 4:59361/149‑1 (MQ=255) tGGAGCTGGACTTCTTCGAGCGCGTGGTGGCCCTGGCCAAGCAGTACAACGTACTGGTGGTACATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCtgtg < 2:219250/149‑1 (MQ=255) gAGCTGGACTTCTTCGAGCGCGTGGTGGCCCTGGCCAAGCAGTACAACGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGa < 3:356920/149‑1 (MQ=255) aGCTGGACTTCTTCGAGCGCGTGGTGGCCCTGGCCAAGCAGTACAACGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAg < 6:370182/149‑1 (MQ=255) cTGGACTTCTTCGAGCGCGTGGTGGCCCTGGCCAAGCAGTACAACGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGtt > 1:152975/1‑149 (MQ=255) cttcttCGAGCGCGTGGTGGCCCTGGCCAAGCAGTTCAAAGTACTGGTGTTGCATGACCTTGGCTATGCCGATATAGTCTACGTAGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAATGACATTGCTGTGGAGTTCTTCa < 2:237402/149‑1 (MQ=255) cGAGCGCGTGGTGGCCCTGGCCAAGCAGTACAACGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGt > 7:47172/1‑149 (MQ=255) cGAGCGCGTGGTGGCCCTGGCCAAGCAGTACAACGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGt > 3:2514/1‑149 (MQ=255) cGAGCGCGTGGTGGCCCTGGCCAAGCAGTACAACGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTCCTTCACCCTg < 2:168272/148‑1 (MQ=255) gtggCCCTGGCCAAGCAGTACAACGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTa > 7:29751/1‑149 (MQ=255) gtggCCCTGGCCAAGCAGTACAACGTACTGGTGGTGCATGACCTGCCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTa > 1:254387/1‑149 (MQ=255) gCCCTGGCCAAGCAGTACAACGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTacaa < 8:29751/149‑1 (MQ=255) aaGCAGTACAACGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCgg < 2:80481/149‑1 (MQ=255) aGTACAACGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTgg < 4:2514/149‑1 (MQ=255) aaCGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCAt < 5:76975/149‑1 (MQ=255) cGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCg > 1:314625/1‑149 (MQ=255) gTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCgg > 3:69811/1‑149 (MQ=255) gTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCgg < 4:228017/149‑1 (MQ=255) aCTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAg < 3:355493/100‑1 (MQ=255) aCTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAg > 4:355493/1‑100 (MQ=255) cTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCtt < 4:69811/149‑1 (MQ=255) tggtgCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATg < 2:314625/149‑1 (MQ=255) tgCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTc < 2:254387/149‑1 (MQ=255) gACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGc < 3:297323/135‑1 (MQ=255) gACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGc > 4:297323/1‑135 (MQ=255) aTGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGa < 2:164972/145‑1 (MQ=255) aTGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGa > 1:164972/1‑145 (MQ=255) cGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCa < 8:47172/149‑1 (MQ=255) tCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCAGCGCCCTg > 8:332/1‑149 (MQ=255) tCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCAGCGCCCTg < 7:332/149‑1 (MQ=255) gacgGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCAGCGCCCTGGCACg > 5:183035/1‑149 (MQ=255) acgGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCAGCGCCCTGGCACgg < 5:225252/149‑1 (MQ=255) cgGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCAcc < 1:46095/67‑1 (MQ=255) cgGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCAcc > 2:46095/1‑67 (MQ=255) gAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAagag > 7:145346/1‑72 (MQ=255) gAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAagag < 8:145346/72‑1 (MQ=255) ccGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCAGCGCCCTGGCACGGATCAAGAGCTACCa > 5:99770/1‑149 (MQ=255) gTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTTGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCAgc > 5:321978/1‑108 (MQ=255) gTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTTGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCAgc < 6:327543/108‑1 (MQ=255) gTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTTGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCAgc < 6:321978/108‑1 (MQ=255) gTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTTGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCAgc > 5:327543/1‑108 (MQ=255) ggTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCAGCGCCCTGGCACGGATCAAGAGCTACCACGACTACGGCACCTTCAcccc > 6:369448/1‑149 (MQ=255) aGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCAGCGCCCTGGCACGGATCAAGAGCTACCACGACTACGGCACCTTCACCCCGCTACAg < 5:369448/149‑1 (MQ=255) cATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCAGCGCCCTGGCACGGATCAAGAGCTACCACGACTACGGCACCTTCACCCCGCTACAGGTTg > 1:131218/1‑149 (MQ=255) gCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCAGCGCCCTGGCACGGATCAAGAGCTACCACGACTACGGCACCTTCACCCCGCTACAGGTTGCAg < 6:99770/148‑1 (MQ=255) | TGGAGCTGGACTTCTTCGAGCGCGTGGTGGCCCTGGCCAAGCAGTACAACGTACTGGTGGTGCATGACCTGGCCTATGCCGATATCGTCTACGACGGCTGGAAAGCCCCGTCGATCATGCAGGTGCCGGGTGCCAAGGACATTGCTGTGGAGTTCTTCACCCTGTCCAAGAGCTACAACATGGCCGGCTGGCGCATCGGCTTCATGGTCGGCAACCCCGAGTTGGTCAGCGCCCTGGCACGGATCAAGAGCTACCACGACTACGGCACCTTCACCCCGCTACAGGTTGCAG > NC_002947/955921‑956211 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |