Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 960,714 | A→C | 6.7% | C223G (TGC→GGC) | selU ← | tRNA 2‑selenouridine synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 960,714 | 0 | A | C | 6.7% | 188.3 / 4.3 | 60 | C223G (TGC→GGC) | selU | tRNA 2‑selenouridine synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/25); new base C (2/2); total (33/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 |
TTCGCCATGCACGGCCTTGAACTCGGCGCTCAGGTTGACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCC > NC_002947/960571‑960855 | ttcGGCATGCACTGCCTTGAACTCTGCGCTCAGGTGGACCACGTAGTCGCGCATGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGGACCGTGCAGCTGc < 6:141696/149‑1 (MQ=255) ttcGCCATGCACGGCCTTGAACTCGGCGCTCAGGTTGACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCTGCACGGTGCCGCTg > 5:115792/1‑148 (MQ=255) cGCCATGCACGGCCTTGAACTCGGCGCTCAGGTTGACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCTGCACGGTGCCGCTgga < 5:5816/148‑3 (MQ=255) cGCCATGCACGGCCTTGAACTCGGCGCTCAGGTTGACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCTGCACGGTGCCGCTgg < 6:115792/147‑2 (MQ=255) cGCCATGCACGGCCTTGAACTCGGCGCTCAGGTTGACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGc < 7:46316/147‑1 (MQ=255) ccATGCACGGCCTTGAACTCGGCGCTCAGGTTGACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGa > 1:31603/1‑148 (MQ=255) tGCACGGCCTTGAACTCGGCGCTCAGGTTGACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAAt < 3:135292/149‑1 (MQ=255) cTTGAACTCGGCGCTCAGGTTGACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCtt > 1:109305/1‑149 (MQ=255) gAACTCGGCGCTCAGGTTGACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCa < 1:137538/148‑1 (MQ=255) aCTCGGCGCTCAGGTTGACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCt < 8:221432/149‑1 (MQ=255) tCGGCGCTCAGGTTGACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTc > 2:34497/1‑149 (MQ=255) tgcgcTCAGGTTGAGCTCGTTGTCGCGCAGGTTGCGCGCCACGGGGTTGGTGAAGCTGTGTTCAAGCCACACCTGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGGACCGTGCAGCTGCGGACAATGCGGCCTTCATCTTc < 2:360712/146‑1 (MQ=255) ggCGCTCAGGTTGACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTc < 2:31603/147‑1 (MQ=255) gcTCAGGTTGACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAgaa > 7:274985/1‑149 (MQ=255) gTTGACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACt > 4:142806/1‑149 (MQ=255) gACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGcc > 2:218994/1‑149 (MQ=255) gACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGc < 8:107375/148‑1 (MQ=255) gTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATAc > 6:169381/1‑149 (MQ=255) tCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACcgcg < 5:169381/149‑1 (MQ=255) gcgcAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCgg < 1:1910/148‑1 (MQ=255) cgcAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGGGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGgc < 8:274985/149‑1 (MQ=255) gcgcTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGgcgc > 5:291104/1‑143 (MQ=255) gcgcTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGgcgc < 6:291104/143‑1 (MQ=255) aaCGAGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCAACACCAGCGGGTAATGATGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACAGTGCAGCTGCCGACAATGAGGCCTTCATCTTCAAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCATTTTCAGCa > 2:7075/2‑149 (MQ=255) aCGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTc > 8:139708/1‑107 (MQ=255) aCGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTc < 7:139708/107‑1 (MQ=255) gcgGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGt < 2:109305/149‑1 (MQ=255) gTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGa < 1:218994/149‑1 (MQ=255) gTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTga > 8:1334/1‑148 (MQ=255) tGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGc > 5:264088/1‑148 (MQ=255) aaGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGCACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAg > 3:297614/1‑149 (MQ=255) gCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCt > 6:135861/1‑149 (MQ=255) ttCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGCTTGCCAGCTGGttt > 6:284489/1‑148 (MQ=255) ttCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGttt > 1:47269/1‑148 (MQ=255) gCCACACCAGAGGGTAATGCTGCATGCCATGGTACAACTCAAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATAGCCAGCTGGTTTTCa > 2:301566/1‑146 (MQ=255) cAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCt > 7:172274/1‑149 (MQ=255) gggTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTgcgc > 8:141648/1‑149 (MQ=255) gggTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTgcgc < 4:297614/149‑1 (MQ=255) gTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCg > 2:82648/1‑149 (MQ=255) tgcATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTgcgc > 5:133333/1‑149 (MQ=255) gcATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGcc > 7:329084/1‑149 (MQ=255) aTGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGt < 1:34497/149‑1 (MQ=255) tGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTg < 6:133333/149‑1 (MQ=255) cTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGgcg > 1:183116/1‑149 (MQ=255) ttGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGtttt > 3:325312/1‑116 (MQ=255) ttGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGtttt < 4:325312/116‑1 (MQ=255) gTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGC‑TTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGCTTGCGCCGAGGCGCGCtt > 4:289324/1‑149 (MQ=255) cAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCACGgcgcaaccg < 3:142806/148‑6 (MQ=255) aaCTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGcc < 8:172274/149‑1 (MQ=255) aCTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGcc > 8:52686/1‑148 (MQ=255) tCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTg < 4:260792/135‑1 (MQ=255) tCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTg > 3:260792/1‑135 (MQ=255) gcAGCTGCACGGTGCCGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGaaa > 7:120661/2‑149 (MQ=255) cAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCTGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAAc < 8:21156/149‑1 (MQ=255) cAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAAc > 3:25107/1‑149 (MQ=255) cAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAAc > 1:228737/1‑149 (MQ=255) aGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAACt > 4:266340/1‑149 (MQ=255) ggCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGa < 1:82648/149‑1 (MQ=255) ggCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGa < 5:135861/149‑1 (MQ=255) aCCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGcc > 7:8133/1‑149 (MQ=255) | TTCGCCATGCACGGCCTTGAACTCGGCGCTCAGGTTGACCACGTAGTCGCGCAGGATGCGCTCCACGCGGTTGGTGAAGCTGTCTTCAAGCCACACCAGCGGGTAATGCTGCATGCCTTGGTACAACTCCAGCGGCACCGTGCAGCTGCCGACAATGCGGCCTTCATCTTCCAGAACGAACTGCCCGATACCGCGGGCGCGCTTTTTCAGCACGTCGATTGCCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCC > NC_002947/960571‑960855 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |