Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,057,557 | A→G | 9.3% | I172T (ATA→ACA) | PP_0914 ← | GGDEF domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,057,557 | 0 | A | G | 9.3% | 113.7 / 3.1 | 43 | I172T (ATA→ACA) | PP_0914 | GGDEF domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/20); new base G (2/2); total (21/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 |
GAGCAGCGGTATCTGGTGCTGGCTGGGGCGGTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCA‑GCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCGTGGTGTAGGTGCGCTCCTGGCCGAGGATGAG > NC_002947/1057412‑1057699 | gAGCAGCGGTATCTGGTGCTGGCTGGGGCGGTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCA‑GCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATg > 6:340026/1‑148 (MQ=255) agcGGTATCTGGTGCTGGCTGGGGCGGTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCA‑GCCAGTGGTAGATCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAgat < 1:276975/149‑1 (MQ=255) gcGGTATCTGGTGCTGGCTGGGGCGGTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCA‑GCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAgatg < 5:340026/149‑1 (MQ=255) gggCGGTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCA‑GCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCAACGCGGTGATCatctt < 3:93252/149‑5 (MQ=255) gggTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCA‑GCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGcc > 5:225791/1‑149 (MQ=255) aTCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCA‑GCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATGTGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTag > 4:104717/1‑147 (MQ=255) tcagggTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCA‑GCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGTCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGATGATCAGGAAATCTTTGCCGAaggag > 7:230532/4‑149 (MQ=255) tCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCA‑GCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGTCGTaggag > 2:303998/1‑149 (MQ=255) gggTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGGCCAGTGGTAGCCCAGTTAAACCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCAGGATATGAAGATGAACCCCCCGTTGAACAGGAAATCTTTGCCGTaggag > 1:69110/1‑147 (MQ=255) 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(MQ=255) ccAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCgtg > 7:194266/1‑149 (MQ=255) ccatggccatggCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCGTGGTGTAg < 6:315019/149‑1 (MQ=255) catggccatggcCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCGTGGTGTAgg < 2:6373/149‑1 (MQ=255) gccCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCGTGgtgt > 3:148168/1‑136 (MQ=255) gccCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCGTGgtgt < 4:148168/136‑1 (MQ=255) 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GAGCAGCGGTATCTGGTGCTGGCTGGGGCGGTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCA‑GCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCGTGGTGTAGGTGCGCTCCTGGCCGAGGATGAG > NC_002947/1057412‑1057699 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |