Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,082,074 | G→A | 8.1% | A577T (GCC→ACC) | PP_0938 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,082,074 | 0 | G | A | 8.1% | 133.2 / 2.6 | 49 | A577T (GCC→ACC) | PP_0938 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/24); new base A (2/2); total (23/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.42e-01 |
GCTCAGCCCGGCCCTCGACGAGTGGCTGCGCAGCGCTATCGTCAAAGGCGCTGTGGATGAAGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAGCGATGTGAATGTCGATATCCCGCATGT > NC_002947/1081929‑1082222 | gCTCAGCCCGGCCCTCGCCGAGTGGCTGCGCAGCGCTATCGTCAAAGGCGCTGTGGATGAAGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGAcgccg > 3:290258/1‑149 (MQ=255) gCTCAGCCCGGCCCTCGACGAGTGGCTGCGCAGCGCTATCGTCAAAGGCGCTGTGGATGAAGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGAcgccg > 8:23167/1‑149 (MQ=255) ccGGCCCTCGACGAGTGGCTGCGCAGCGCTATCGTCAAAGGCGCTGTGGATGAAGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGa < 8:108427/149‑1 (MQ=255) cTCGACGAGTGGCTGCGCAGCGCTATCGTCAAAGGCGCTGTGGATGAAGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGGTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGCCTTc > 8:157714/1‑147 (MQ=255) cTCGACGAGTGGCTGCGCAGCGCTATCGTCAAAGGCGCTGTGGATGAAGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCACGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTATTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTc > 5:264506/1‑147 (MQ=255) tCGACGAGTGGCTGCGCAGCGCTATCGTCAAAGGCGCTGTGGATGAAGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAg > 2:194027/1‑149 (MQ=255) gCTGCGCAGCGCTATCGTCAAAGGCGCTGTGGATGAAGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGc > 8:202582/1‑149 (MQ=255) tGCGCAGCGCTATCGTCAAAGGCGCTGTGGATGAAGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCca < 7:54900/149‑1 (MQ=255) cgcAGCGCTATCGTCAAAGGCGCTGTGGATGAAGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCca < 2:101051/147‑1 (MQ=255) gcAGCGCTATCGTCAAAGGCGCTGTGGATGAAGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAg < 4:341461/149‑1 (MQ=255) cgcTATCGTCAAAGGCGCTGTGGATGAAGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTg > 7:120960/1‑148 (MQ=255) tATCGTCAAAGGCGCTGTGGATGATGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTTAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCTAGGTGCATGAGGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCGACAGGTg < 7:157714/145‑1 (MQ=255) tgGATGAAGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGAtg < 8:120960/147‑1 (MQ=255) gATGAAGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATgtgt < 4:216498/148‑1 (MQ=255) aaGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATc < 3:109947/149‑1 (MQ=255) tCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGt > 7:184457/1‑149 (MQ=255) aGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTgcg > 8:196804/1‑148 (MQ=255) gggCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCa > 8:206626/1‑149 (MQ=255) cTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCa < 1:194027/149‑1 (MQ=255) tCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATc > 4:320850/1‑147 (MQ=255) gCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAgg > 6:231204/1‑149 (MQ=255) gCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAg < 7:196804/148‑1 (MQ=255) aCCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTTGACTTCCAGCCCGGTTg < 5:68779/82‑1 (MQ=255) aCCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTg > 6:68779/1‑82 (MQ=255) gcgcATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGc > 8:225171/1‑149 (MQ=255) aTCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGtgc < 3:320850/149‑1 (MQ=255) gcaTCTGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCTCCCTTGACTTCCAGCCCGTTTGGACACAGTTGCAGCTCGGATATGGCGATGTGTTCATCTAGGAGAGTGGCGTGCGCATCAAGTCTCAGCGAGGCGTGATGCTCGACACCAACGTc < 4:290258/149‑1 (MQ=255) aTCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAg < 7:202582/149‑1 (MQ=255) tCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAg < 4:334555/92‑1 (MQ=255) tCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAg > 3:334555/1‑92 (MQ=255) aGCCTGTTCTTCAAGGTGAATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTTTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAGCg < 7:23167/148‑1 (MQ=255) gCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTAATCGAGGGCAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGCTCAGCGAt > 5:209464/1‑149 (MQ=255) ccTGTTCTTCAAGGTGCATGACACCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAGCGAtg > 3:169603/1‑149 (MQ=255) tGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAgg > 8:229973/1‑138 (MQ=255) tGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAgg < 7:229973/138‑1 (MQ=255) tGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAGCGAtgt > 8:211191/1‑148 (MQ=255) tGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAGCGAagt > 6:170178/1‑148 (MQ=255) cttcAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAGCGATGTGAAt < 7:211191/148‑1 (MQ=255) ttcAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACa < 5:223346/85‑1 (MQ=255) ttcAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACa > 6:223346/1‑85 (MQ=255) ttcAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACATCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTAATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAGCGATGTGGATGt > 3:224447/1‑149 (MQ=255) tcAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGt > 4:184539/1‑133 (MQ=255) tcAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGt < 3:184539/133‑1 (MQ=255) cAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAGCGATGTGAATg < 7:225171/146‑1 (MQ=255) cAAGGTGCATGACACCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAGCGATGTGAATGt < 4:169603/147‑1 (MQ=255) aaGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAGCGATGTGAATGTCGa < 5:231204/149‑1 (MQ=255) ttcATGACGACGCCCTGGACTTCCAGCCCGTTTGGCCACAGGTTCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAGCGATGTTAATGTCGATATc < 6:264506/147‑1 (MQ=255) tGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAATGTCAGCGATGTGAATGTCGATATc < 5:170178/149‑1 (MQ=255) gCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAGCGATGTGAATGTCGATATcc > 1:16074/1‑149 (MQ=255) gCATGACACCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCa < 7:262769/128‑1 (MQ=255) gCATGACACCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCa > 8:262769/1‑128 (MQ=255) gccgccCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAGCGATGTGAATGTCGATATCCCGCATGt > 8:17996/1‑149 (MQ=255) gccgccCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAGCGATGTGAATGTCGATATCCCGCATGt > 6:309203/1‑149 (MQ=255) | GCTCAGCCCGGCCCTCGACGAGTGGCTGCGCAGCGCTATCGTCAAAGGCGCTGTGGATGAAGGCTACTTCCAGTATCAGGGCTCGCTGAACCATGGCGCATCCCCGCAAGCGCGCAGCATCAGCCTGTTCTTCAAGGTGCATGACGCCGCCCTGGACTTCCAGCCCGGTTGGCCACAGGTGCAGCACGTCGATGGCGATGTGTTCATCGAGGACAGTGGCGTGCGCATCAAGGCTCAGCGAGGCGTGCTGCTCGACACCAAGGTCAGCGATGTGAATGTCGATATCCCGCATGT > NC_002947/1081929‑1082222 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |