Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,092,600 | T→G | 8.7% | D76A (GAC→GCC) ‡ | ptsH ← | phosphocarrier protein HPr |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,092,600 | 0 | T | G | 8.7% | 130.2 / 2.8 | 46 | D76A (GAC→GCC) ‡ | ptsH | phosphocarrier protein HPr |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/20); new base G (2/2); total (24/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 |
TCGTCTGGCCAGCCTTGGGCTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGTACCTGGCAGGGG > NC_002947/1092457‑1092740 | tcGTCTGGCCAGCCTTGGGCTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATg > 5:133506/1‑149 (MQ=255) tCTGGCCAGCCTTGGGCTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCg > 3:60934/1‑149 (MQ=255) gCCTTGGGCTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTc < 7:123534/149‑1 (MQ=255) ttGGGCTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGACGCCATggacgcgc < 8:73214/142‑7 (MQ=255) ttGGGCTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGACGCCATggacgcgc < 8:68193/142‑7 (MQ=255) ttGGGCTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGACGCCATggacgcgc > 7:73214/1‑136 (MQ=255) ttGGGCTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGACGCCATggacgcgc > 7:68193/1‑136 (MQ=255) tctgATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTg < 5:279302/148‑1 (MQ=255) tgatgaTGGTTATGGATAGCGCGATGTCCTGACCTGGTTCAAGCGCAGGTTTGCGTGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGAGCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCAc < 7:210097/149‑1 (MQ=255) atgaagCTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCGTAATCGCCTTCGACAAAGAAATTGTTGATACGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCCCTGACATGCTCGCACTCGGTATGCAGGTGCAc > 8:210097/1‑147 (MQ=255) gatggtgatggATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTgg > 1:26424/1‑149 (MQ=255) tggtgatggATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGt > 5:82774/1‑149 (MQ=255) atggATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCtt > 7:53039/1‑149 (MQ=255) gATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGc > 3:297970/1‑149 (MQ=255) gATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGc < 3:84495/149‑1 (MQ=255) cgcgATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGc < 6:29767/144‑1 (MQ=255) cgcgATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGc > 5:29767/1‑144 (MQ=255) aTGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCa < 2:26424/149‑1 (MQ=255) tGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAg < 7:319478/149‑1 (MQ=255) tCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGca > 5:38854/1‑149 (MQ=255) cTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGcatc < 6:82774/149‑1 (MQ=255) ccTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCAtcatca < 3:41437/149‑1 (MQ=255) cTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGcatc > 5:123372/1‑144 (MQ=255) cTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGcatc < 6:123372/144‑1 (MQ=255) cTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCAc > 3:72287/1‑149 (MQ=255) gTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCg < 2:319157/148‑1 (MQ=255) gCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGc < 1:155765/88‑1 (MQ=255) gCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGc > 2:155765/1‑88 (MQ=255) ttGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGc > 4:161280/1‑149 (MQ=255) cGAGGCCTATTCGCCTTCGTCATAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCAt > 7:229800/1‑149 (MQ=255) aGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATcc < 3:161280/149‑1 (MQ=255) ttCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGc < 8:53039/148‑1 (MQ=255) ttCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGc < 6:38854/148‑1 (MQ=255) cGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCg < 8:229800/147‑1 (MQ=255) gTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCgggg > 1:51463/1‑149 (MQ=255) tCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGgc > 6:281710/1‑149 (MQ=255) aaaGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGgcgc > 1:244114/1‑149 (MQ=255) aaTTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGaccc < 6:133506/149‑1 (MQ=255) aaTTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGacc > 2:107610/1‑148 (MQ=255) aTTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGaccca > 5:284056/1‑149 (MQ=255) ttgttgATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGacccac > 7:109022/1‑149 (MQ=255) cTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCgggg > 5:358898/1‑128 (MQ=255) cTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCgggg < 6:358898/128‑1 (MQ=255) gACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGTACCTGGCAgg < 8:109022/149‑1 (MQ=255) gACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGTACCTGGCAgg < 4:72287/149‑1 (MQ=255) cAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGTACCTGGCAgggg > 2:137284/1‑148 (MQ=255) | TCGTCTGGCCAGCCTTGGGCTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGTACCTGGCAGGGG > NC_002947/1092457‑1092740 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |