| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,226,710 | T→A | 8.0% | intergenic (‑220/‑111) | gltI ← / → PP_1072 | glutamate/aspartate ABC transporter substrate‑binding protein/leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,226,710 | 0 | T | A | 8.0% | 182.9 / 5.4 | 62 | intergenic (‑220/‑111) | gltI/PP_1072 | glutamate/aspartate ABC transporter substrate‑binding protein/leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/29); new base A (2/3); total (30/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
ATTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTCCATCGA > NC_002947/1226570‑1226855 | aTTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAAc > 1:251703/1‑148 (MQ=255)aTTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAACga < 8:338435/149‑2 (MQ=255)aTTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAACga < 2:251703/149‑2 (MQ=255) ggCTACCTAGGGTAGAGCCTGAGTCGTGCCAAGCCGT‑GCTGTCGACCTTCAACCACTCGTATTGCTCGTGCTTGACACTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATgg < 4:38774/149‑1 (MQ=255) tACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCt > 8:5055/1‑149 (MQ=255) ccAAGTGTATAGCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGc < 6:300389/149‑1 (MQ=255) cAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GTTGTCGACCTTAAACAACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGc > 3:146758/1‑148 (MQ=255) cAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGTGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATgg < 6:206290/143‑1 (MQ=255) cAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATgg > 5:206290/1‑143 (MQ=255) cAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGc > 4:228159/1‑148 (MQ=255) tgtAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAACga > 8:218074/1‑134 (MQ=255) tgtAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAACga < 7:218074/135‑2 (MQ=255) tAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAAc < 1:130704/146‑1 (MQ=255) tAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAAc > 2:130704/1‑146 (MQ=255) tAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCt < 3:41235/148‑1 (MQ=255) agagCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GTTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTa < 4:146758/148‑1 (MQ=255) gACTCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACTCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTa > 2:117094/1‑149 (MQ=255) tCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCg > 8:80564/1‑149 (MQ=255) gTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATg > 4:186914/1‑123 (MQ=255) gTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATg < 3:186914/123‑1 (MQ=255) 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aCCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGc > 3:278623/1‑147 (MQ=255) gTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGTTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCt < 1:117094/147‑1 (MQ=255) gTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATggg < 6:339209/92‑1 (MQ=255) gTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATggg > 5:339209/1‑92 (MQ=255) gTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCt < 6:147757/147‑1 (MQ=255) tGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGa < 3:228159/149‑1 (MQ=255) cTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAg < 3:308939/148‑1 (MQ=255) cTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAg < 7:80564/148‑1 (MQ=255) aCAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATcc > 5:34389/1‑65 (MQ=255) aCAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATcc < 6:34389/65‑1 (MQ=255) aCAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCttt < 7:5055/148‑1 (MQ=255) aCAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCttt < 4:278623/148‑1 (MQ=255) cAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTTGTGAGCTTTg < 2:73289/148‑1 (MQ=255) cAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCttt < 4:129706/147‑1 (MQ=255) cAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCAGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCttt > 3:129706/1‑147 (MQ=255) gACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTgt < 6:95474/149‑2 (MQ=255) ctctctCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTg > 4:311562/1‑149 (MQ=255) tctcCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTg > 7:302056/1‑146 (MQ=255) tcCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGATTTGATCTTTGAATGGagag > 8:156316/1‑149 (MQ=255) ggggTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTc < 3:311562/149‑1 (MQ=255) gtCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGATCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCcaca < 8:293845/148‑1 (MQ=255) gCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGAt < 8:302056/149‑1 (MQ=255) ccAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGga > 2:244698/1‑135 (MQ=255) ccAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGga < 1:244698/135‑1 (MQ=255) aCAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCATCCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCATTGAGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACATATGTcacagcacagt > 5:255517/1‑145 (MQ=255) aCAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGga < 8:187280/122‑1 (MQ=255) aCAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGga > 7:187280/1‑122 (MQ=255) aCAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTca > 8:271967/1‑139 (MQ=255) aCAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTca < 7:271967/139‑1 (MQ=255) aCAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGc > 1:311125/1‑149 (MQ=255) cAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGcgcg < 4:303376/81‑1 (MQ=255) cAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGcgcg > 3:303376/1‑81 (MQ=255) aGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCttt < 6:281652/113‑1 (MQ=255) aGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCttt > 5:281652/1‑113 (MQ=255) gTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTc > 8:41519/1‑149 (MQ=255) ttCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTcc < 7:41519/149‑1 (MQ=255) aTCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTCCATCGa > 3:93047/1‑147 (MQ=255) | ATTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCT‑GCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTCCATCGA > NC_002947/1226570‑1226855 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |