Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,299,546 | C→T | 7.7% | G211D (GGC→GAC) | PP_1134 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,299,546 | 0 | C | T | 7.7% | 148.8 / 2.3 | 52 | G211D (GGC→GAC) | PP_1134 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/24); new base T (2/2); total (26/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.54e-01 |
CACATGGCGCGAGTGCAACTGCTCGCCGCTTTCAAGCACTACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGG > NC_002947/1299401‑1299690 | cacaTGGCGCGAGTGCAACTGCTCGCCGCTTTCAAGCACTACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCgg > 1:239621/1‑149 (MQ=255) cacaTGGCGCGAGTGCAACTGCTCGCCGCTTTCAAAAACTACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACATGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGTGCGATAATGTCATTGAGCATATGTTCGA‑CAATGCCgc > 6:114690/1‑148 (MQ=255) acaTGGCGCGAGTGCAACTGCTCGCCGCTTTCAAGCACTACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGt < 2:262165/149‑1 (MQ=255) aTGGCGCGAGTGCAACTGCTCGCCGCTTTCAAGCACTACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCATCAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCTCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGa < 5:114690/149‑1 (MQ=255) aTGGCGCGAGTGCAACTGCTCGCCGCTTTCAAGCACTACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGa < 6:27283/149‑1 (MQ=255) tGGCGCGAGTGCAACTGCTCGCCGCTTTCAAGCACTACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAg < 6:41597/149‑1 (MQ=255) cgAGTGCAACTGCTCGCCGCTTTCAAGCACTACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGa < 7:224547/149‑1 (MQ=255) gccgcTTTCAAGCACTACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGAtgtg < 1:132522/147‑1 (MQ=255) gccgcTTTCAAGCACTACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCg > 5:296038/1‑149 (MQ=255) cgcTTTCAAGCACTACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGc < 2:239621/149‑1 (MQ=255) aaGCACTACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCttgttg < 6:296290/148‑1 (MQ=255) aGCACTACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGAt < 5:247310/149‑1 (MQ=255) aCTACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTa > 1:51785/1‑149 (MQ=255) tACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTa > 6:178142/1‑147 (MQ=255) tACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTa > 3:34533/1‑147 (MQ=255) gTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGAGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTc > 1:84251/1‑149 (MQ=255) ggCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGgc > 2:218808/1‑149 (MQ=255) cGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGTCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGAt < 6:60594/121‑1 (MQ=255) cGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGTCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGAt > 5:60594/1‑121 (MQ=255) cGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGTCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGAt > 5:60590/1‑121 (MQ=255) cGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGTCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGAt < 6:60590/121‑1 (MQ=255) gATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGcc < 2:103540/148‑1 (MQ=255) aaCAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGAc < 1:218808/149‑1 (MQ=255) aCAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGAc > 6:41647/1‑148 (MQ=255) aGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGaa > 2:241088/1‑149 (MQ=255) aCCTTCTGCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCa < 6:296038/148‑1 (MQ=255) cTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCa > 4:259105/1‑149 (MQ=255) ctcCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACtt > 5:234248/1‑149 (MQ=255) gAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCg < 5:41647/147‑1 (MQ=255) cgcACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCgtg < 5:178142/149‑1 (MQ=255) gcACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCgtgg > 5:270254/1‑149 (MQ=255) cACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGAGGCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCgtgg > 1:257050/1‑149 (MQ=255) aCTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAAttcttc < 5:59487/128‑1 (MQ=255) aCTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAAttcttc > 6:59487/1‑128 (MQ=255) aCTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCgtggtg < 4:34533/149‑1 (MQ=255) gCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCGTGGTGTTGCgg < 2:84251/149‑1 (MQ=255) cccAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCGTGGTGTTGCGGGTc > 1:222995/1‑149 (MQ=255) gCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGAt < 1:241088/149‑1 (MQ=255) aTCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAg > 2:7088/1‑74 (MQ=255) aTCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAg < 1:7088/74‑1 (MQ=255) tCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGATCTgg < 2:51785/149‑1 (MQ=255) aTGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCgtg > 1:37520/1‑125 (MQ=255) aTGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCgtg < 2:37520/125‑1 (MQ=255) cTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACa < 2:257050/149‑1 (MQ=255) ggCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGc > 1:286995/1‑149 (MQ=255) gcATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGaa > 1:19698/1‑91 (MQ=255) gcATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGaa < 2:19698/91‑1 (MQ=255) cATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGc > 5:348674/1‑149 (MQ=255) tGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTc > 8:59206/1‑149 (MQ=255) gA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCgaga < 6:234248/149‑1 (MQ=255) ccATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAg > 1:352332/1‑149 (MQ=255) cATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGT‑CAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCGTGGTGTTGAGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCGGAGAAgg > 5:63025/1‑148 (MQ=255) | CACATGGCGCGAGTGCAACTGCTCGCCGCTTTCAAGCACTACACCGGTCAGTTGGCCATCTTCGATCAACAGGTCGGTGACCTTCTCCTGGAAGCGCACTTCGGCCCCCAGGGCGATCATGTCCTGGCGCATCTGTTCGA‑CCATGCCGGTGAGGCGGAAGGTGCCGATGTGCGGCTTGTTGATGTACAGGATTTCGTCTGGCGCACCGGCCTTGACGAATTCTTCCAGCACTTTGCGGCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGG > NC_002947/1299401‑1299690 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |