| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,444,198 | A→G | 6.5% | intergenic (‑13/‑179) | PP_1262 ← / → PP_1263 | LysR family transcriptional regulator/fusaric acid resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,444,198 | 0 | A | G | 6.5% | 176.5 / 2.1 | 61 | intergenic (‑13/‑179) | PP_1262/PP_1263 | LysR family transcriptional regulator/fusaric acid resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/34); new base G (2/2); total (25/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
TGCAGATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACAAAGATTCGCAGGAATCTGTGCTTATCGCCAGTGCTGCTGCCCCCTAGAATTGCC > NC_002947/1444052‑1444341 | tGCAGATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCTGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAg < 5:115298/148‑1 (MQ=255)tGCAGATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAg < 2:66585/148‑1 (MQ=255) gccgATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGTCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAgg < 6:43655/145‑1 (MQ=255) gATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑aga < 7:273240/149‑1 (MQ=255) tGGGCTTCCAGGTGGGACACGGCCCGCTACACGTTCGGGGTGGTGTTAGCCTGTTGCGCCGCCGGGGCAGTTATGCTGCGGTGTTGGGATTCGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑agag < 1:281238/148‑1 (MQ=255) ggCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGAc < 6:303307/149‑1 (MQ=255) ttCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACaa > 2:175389/1‑148 (MQ=255) ccAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACaaaa < 8:296432/148‑1 (MQ=255) ccAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAAt > 2:2371/1‑149 (MQ=255) cAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAAtt < 4:110085/149‑1 (MQ=255) ggTTGGAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATtgt < 5:212009/149‑1 (MQ=255) ggTTGGAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATtgt < 3:267127/149‑1 (MQ=255) gTTGGAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGAACTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTAAGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTAGCGAGGT‑AGAGGACAAAATtgtg > 7:299206/1‑149 (MQ=255) ggAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGTATAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATtgtg < 1:284995/148‑1 (MQ=255) ggAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCa > 2:318729/1‑149 (MQ=255) ccgcccgcGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAg < 8:333798/149‑1 (MQ=255) cgcccgcGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGGGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAg > 3:290660/1‑148 (MQ=255) cccgcGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTaa < 3:107941/149‑1 (MQ=255) cccgcGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTaa > 7:177518/1‑149 (MQ=255) gcgACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACtt < 8:214124/149‑1 (MQ=255) gcgACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACtt < 2:106923/149‑1 (MQ=255) cgACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTg > 2:229101/1‑149 (MQ=255) gACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTgg < 1:229101/149‑1 (MQ=255) cgcgGTGTTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAagag < 1:318729/148‑1 (MQ=255) tCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCtt < 1:2371/148‑1 (MQ=255) cgccgcAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCaaa < 8:182389/148‑1 (MQ=255) ctgcAGCGGCAGTTACTCTTCCGAGTTCGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGATGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGTAAAGAGTAAAAGTTGCCTTCTACCATAGGc < 8:299206/147‑1 (MQ=255) cgcAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTTGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCg < 1:148664/149‑1 (MQ=255) gcAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGGGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCg > 7:145783/1‑148 (MQ=255) ggCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTAt > 2:75809/1‑149 (MQ=255) tGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTg > 7:331690/1‑149 (MQ=255) cGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTa > 3:5787/1‑148 (MQ=255) gAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGTAAGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTa > 1:107642/1‑148 (MQ=255) gAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAAc < 1:75809/149‑1 (MQ=255) gggCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAAtt > 2:250434/1‑72 (MQ=255) gggCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAAtt < 1:250434/72‑1 (MQ=255) gggCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACa > 2:205133/1‑145 (MQ=255) aCGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAgg < 7:189125/116‑1 (MQ=255) aCGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAgg > 8:189125/1‑116 (MQ=255) cGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATTGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGTAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACAAAGATTCGCa < 1:175389/149‑1 (MQ=255) a‑aaGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCaaa < 7:77827/105‑1 (MQ=255) a‑aaGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCaaa > 8:77827/1‑105 (MQ=255) aGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGGGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACAAAGATTCGCAGGAATCtgtg < 8:145783/149‑1 (MQ=255) gCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACAAAGATTCGCAGGAATCTGTGc < 2:107642/149‑1 (MQ=255) cATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGtttt < 5:70222/116‑1 (MQ=255) cATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGtttt > 6:70222/1‑116 (MQ=255) ttGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGGGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACAAAGATTCGCAGGAATCTGTGCTTATCGCCAg < 4:290660/148‑1 (MQ=255) ttGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGa < 6:183912/86‑1 (MQ=255) ttGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGa > 5:183912/1‑86 (MQ=255) ggTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGATGACAAAATTGTGTAACTAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTTGTAACAAAGATTCGCAGGAATCTGTGCTTATCGCCAGtgctgct < 4:5787/149‑1 (MQ=255) gtgtCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACAAAGATTCGc > 3:108304/1‑119 (MQ=255) gtgtCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACAAAGATTCGc < 4:108304/119‑1 (MQ=255) gtCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGAc > 4:219958/1‑78 (MQ=255) gtCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGAc < 3:219958/78‑1 (MQ=255) aTGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACAAAGATTCGCAGGAATCTGTGCTTATCGCCAGTGCTGCTGccccc > 2:111976/1‑148 (MQ=255) tGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACAAAGATTCGCAGGAATCTGTGCTTATCGCCa < 3:229604/133‑1 (MQ=255) tGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACAAAGATTCGCAGGAATCTGTGCTTATCGCCa > 4:229604/1‑133 (MQ=255) tctcGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACAAAGATTCGCAGGAATCtgt < 1:81653/114‑1 (MQ=255) tctcGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACAAAGATTCGCAGGAATCtgt > 2:81653/1‑114 (MQ=255) tctcGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACAAAGATTCGCAGGAATCTGTGCTTATCGCCAGTGCTGCTGCCCCCTAGAATTGcc > 2:301534/1‑149 (MQ=255) tctcGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACAAAGATTCGCAGGAATCTGTACTTATCGCCAGTGCTGCTGCCCCCTAGAATTGcc > 7:265282/1‑149 (MQ=255) | TGCAGATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGTTCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTG‑A‑AAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGT‑AGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGAGAAAAAGTTGCCTTCGACCAAAGGCGGATTATCGCTGTTTTGGTAACAAAGATTCGCAGGAATCTGTGCTTATCGCCAGTGCTGCTGCCCCCTAGAATTGCC > NC_002947/1444052‑1444341 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |