Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,527,212 | C→T | 9.3% | A146V (GCA→GTA) | ftsQ → | cell division protein FtsQ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,527,212 | 0 | C | T | 9.3% | 120.0 / 2.1 | 43 | A146V (GCA→GTA) | ftsQ | cell division protein FtsQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/20); new base T (2/2); total (21/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 |
CGTGGCGGCGAGCTTCTTCAGCGTCGACCTGCCGGCGATGCGCGCCGAGCTCGAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCTCAGCAACAAGTCATGCAGCAGTATCAGGTATTGAGCCAGAT > NC_002947/1527072‑1527359 | cGTGGCGGCGAGCTTCTTCAGCGTCGACCTGCCGGCGATGCGCGCCGAGCTCGAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTg < 1:273606/147‑1 (MQ=255) tGGCGGCGAGCTTCTTCAGCGTCGACCTGCCGGCGATGCGCGCCGAGCTCGAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTggggg > 4:165549/1‑149 (MQ=255) cggcgAGCTTCTTCAGCGTCGACCTGCCGGCGATGCGCGCCGAGCTCGAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGAc < 4:325700/149‑1 (MQ=255) cgAGCTTCTTCAGCGTCGACCTGCCGGCGATGCGCGCCGAGCTCGAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCa > 6:198137/1‑134 (MQ=255) cgAGCTTCTTCAGCGTCGACCTGCCGGCGATGCGCGCCGAGCTCGAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCa < 5:198137/134‑1 (MQ=255) gACCTGCCGGCGATGCGCGCCGAGCTCGAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCa < 6:20671/149‑1 (MQ=255) aCCTGCCGGCGATGCGCGCCGAGCTCGAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAg > 5:154001/1‑149 (MQ=255) ccGGCGATGCGCGCCGAGCTCGAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGt < 3:317183/147‑1 (MQ=255) gcgcgcCGAGCTCGAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGCCAGGCTTTCa > 8:224859/1‑149 (MQ=255) gcCGAGCTCGAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCAcccc > 8:296162/1‑149 (MQ=255) gAGCTCGAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCcgcg < 5:164818/149‑1 (MQ=255) tCGAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGCGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCcgcgc < 1:279028/146‑1 (MQ=255) tCGAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGAGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCcgcgc > 2:279028/1‑146 (MQ=255) gAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAg > 5:7532/1‑129 (MQ=255) gAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAg < 6:7532/129‑1 (MQ=255) gAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCt > 4:244852/1‑149 (MQ=255) gAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCt > 8:12813/1‑149 (MQ=255) gAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCt < 3:244852/149‑1 (MQ=255) gAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCt > 2:252884/1‑149 (MQ=255) aGCAGATGCCGTGGAGCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTg < 5:193915/149‑1 (MQ=255) gCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGTACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTgg > 2:108574/1‑149 (MQ=255) gCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGTACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTgg > 6:187195/1‑149 (MQ=255) gCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAAc > 7:207093/1‑148 (MQ=255) ccGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACt < 8:207093/148‑1 (MQ=255) gTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCttt > 5:208823/1‑123 (MQ=255) gTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCttt < 6:208823/123‑1 (MQ=255) gATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAg < 1:252884/148‑1 (MQ=255) gTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTggc < 3:165549/149‑1 (MQ=255) ccGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCt > 3:336842/1‑149 (MQ=255) gacgaGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCTCa < 7:296162/149‑1 (MQ=255) ggtggtGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCGTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCTCAGcaa > 7:231062/1‑148 (MQ=255) tgATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCTCAGCAACAAGt > 5:211768/1‑148 (MQ=255) tgATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCTCAGCAACAAGTc < 6:154001/149‑1 (MQ=255) gATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGTACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCTCAGCAACAAGTCa < 5:187195/149‑1 (MQ=255) aTCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGTACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCTCAGCAACAAGTCa < 1:108574/148‑1 (MQ=255) cGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCTCAGcaac > 5:311472/1‑139 (MQ=255) cGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCTCAGcaac < 6:311472/139‑1 (MQ=255) cGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCTCAGCAACAAGTCATgc < 6:211768/148‑1 (MQ=255) cTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGCCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCTCAGCAACAAGTCATgcagca < 7:224859/149‑1 (MQ=255) gCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTGTCACCCGGCGCGAGCTGGCCACCTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCTCAGCAACGAGTCATGGAGCAGTATCAGGTATTGa > 6:255129/1‑149 (MQ=255) ggTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCt < 4:8393/112‑1 (MQ=255) ggTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCt > 3:8393/1‑112 (MQ=255) gCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCTCAGCAACAAGTCATGCAGCAGTATCAGGTATTGATCCatat > 8:274167/1‑149 (MQ=255) | CGTGGCGGCGAGCTTCTTCAGCGTCGACCTGCCGGCGATGCGCGCCGAGCTCGAGCAGATGCCGTGGATCGCCCACGCCGAAGTGCGCCGGGTGTGGCCCGACGAGGTGGTGATCCGCCTTGAAGAGCAGCTGCCGGTGGCACGCTGGGGGGACGCAGCCCTGCTCAACAACCAGGGTCAGGCTTTCACCCCGCGCGAGCTGGCCAACTATGAGCACCTGCCGCAGCTGGCCGGGCCGCAGCGTGCTCAGCAACAAGTCATGCAGCAGTATCAGGTATTGAGCCAGAT > NC_002947/1527072‑1527359 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |