Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,819,791 | T→A | 7.3% | intergenic (+28/‑447) | rpoS → / → PP_1624 | RNA polymerase sigma S factor/group II intron‑encoding maturase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,819,791 | 0 | T | A | 7.3% | 155.5 / 3.2 | 55 | intergenic (+28/‑447) | rpoS/PP_1624 | RNA polymerase sigma S factor/group II intron‑encoding maturase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/26); new base A (2/2); total (27/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.63e-01 |
GTTGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGG > NC_002947/1819644‑1819928 | gTTGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGGAAGGGCTCAAGCGATTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCAAGCGAGTCATTGTTCAAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGt > 1:94267/1‑149 (MQ=255) gTTGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCAGTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGt > 4:240558/1‑148 (MQ=255) gagaTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑Cg < 1:78178/146‑1 (MQ=255) gagaTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑Cg > 2:78178/1‑146 (MQ=255) aTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGt > 5:219770/1‑149 (MQ=255) cGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGttt > 2:132848/1‑149 (MQ=255) gCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGttttt < 6:219770/149‑1 (MQ=255) ccgcaCCCGTTCACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGTGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGtt > 4:165475/5‑145 (MQ=255) ccgcaCCCGTTCACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGTGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGtt < 3:165475/141‑1 (MQ=255) cTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTtgt < 2:94267/149‑1 (MQ=255) aCCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTtgtgtg > 5:31295/1‑149 (MQ=255) cccGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑Cggg < 5:43336/135‑1 (MQ=255) cccGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑Cggg > 6:43336/1‑135 (MQ=255) cccGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGttttt < 4:47165/143‑1 (MQ=255) cccGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGttttt > 3:47165/1‑143 (MQ=255) gAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAg > 4:353904/1‑149 (MQ=255) gTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTgc > 6:116653/1‑138 (MQ=255) gTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTgc < 5:116653/138‑1 (MQ=255) tGCGTCAAATCCAGGT‑GTAAGGGCTCATGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGATTGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGgc < 2:308578/149‑1 (MQ=255) tCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTgcgc < 1:132848/149‑1 (MQ=255) tCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTgcgc > 7:97187/1‑149 (MQ=255) ggT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTAt < 6:31295/149‑1 (MQ=255) t‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATgc < 6:347655/149‑1 (MQ=255) aGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTg < 4:14727/149‑1 (MQ=255) gagaTCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGc > 4:77622/1‑149 (MQ=255) ccTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCtt < 7:165565/132‑1 (MQ=255) ccTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCtt > 8:165565/1‑132 (MQ=255) cTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTg < 3:226320/149‑1 (MQ=255) cTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCC‑GAGATCAC‑CGGGGCGtttttt < 1:351124/88‑2 (MQ=25) cTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCC‑GAGATCAC‑CGGGGCGtttttt > 2:351124/1‑87 (MQ=25) ttGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTgg > 8:336196/1‑149 (MQ=255) tGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTggg > 3:342036/1‑149 (MQ=255) gAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTgg < 7:336196/147‑1 (MQ=255) aaaGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGa < 8:97187/149‑1 (MQ=255) gTCTGTCCAGCGAGTCATTATTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAATTGGGTGACTTGGAg < 3:31412/148‑1 (MQ=255) tCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTtg < 8:35236/118‑1 (MQ=255) tCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGaaa < 3:353904/149‑1 (MQ=255) gAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCctc < 7:25246/149‑1 (MQ=255) aTTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTaca > 3:279247/1‑148 (MQ=255) aGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGc > 7:111206/1‑148 (MQ=255) gTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCaa < 4:279247/149‑1 (MQ=255) gctagcGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAgg < 3:77622/148‑1 (MQ=255) gcgcTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACATGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAACGGGAAg > 2:279762/1‑149 (MQ=255) gcTGTAACAAAAGACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCTGGCAAGGGGAAgtg > 5:247355/1‑149 (MQ=255) tGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGtt > 5:38008/1‑149 (MQ=255) aCAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGcc > 5:284143/1‑149 (MQ=255) cAAAAGACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCTGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCg < 6:247355/149‑1 (MQ=255) aaaaaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCtt > 2:52868/1‑76 (MQ=255) aaaaaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGt < 4:344676/97‑1 (MQ=255) aaaaaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGt > 3:344676/1‑97 (MQ=255) aaaaaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCgg > 7:306719/1‑149 (MQ=255) aaaaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCCCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCATGGGGGTGACTTGTCGGTCAATGGCTTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGa < 1:230243/149‑1 (MQ=17) aaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGGGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAgg > 1:180829/1‑149 (MQ=255) aaaCGCCCC‑GAGATC‑ACCGGGGCGTTTTTTTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGTTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTg < 3:8052/100‑1 (MQ=11) aaaCGCCCC‑GAGATC‑ACCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAgg > 2:962/1‑149 (MQ=11) aaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAg > 6:128210/1‑141 (MQ=255) aaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAg < 5:128210/141‑1 (MQ=255) | GTTGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGG > NC_002947/1819644‑1819928 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |