Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,835,648 | C→A | 10.2% | intergenic (‑90/+42) | PP_1639 ← / ← yohC | SprT family protein/inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,835,648 | 0 | C | A | 10.2% | 133.2 / 6.9 | 49 | intergenic (‑90/+42) | PP_1639/yohC | SprT family protein/inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/21); new base A (2/3); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.87e-01 |
AAAAGGCTTCGGCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAGCTGGAGAACA > NC_002947/1835501‑1835796 | aaaaGGCTTCGGCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTgc < 7:298477/148‑1 (MQ=255) aaaGGCTTCGGCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCCCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTgcgg > 4:188555/1‑149 (MQ=255) ggCTTCGGCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGcggcgg < 3:151517/149‑1 (MQ=255) ttCGGCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTgcggc < 1:159149/144‑1 (MQ=255) ttCGGCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTgcggc > 2:159149/1‑144 (MQ=255) ttCGGCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGAGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGccc > 5:338998/1‑149 (MQ=255) cGGCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGccc < 4:64294/147‑1 (MQ=255) ggCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCt < 1:230483/148‑1 (MQ=255) ggCTTGCTGGTAACAGGTTGCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCt < 3:145207/148‑1 (MQ=255) gCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTgg < 6:338998/149‑1 (MQ=255) tGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCGCAAGGCGGCCTCTg < 6:172123/142‑1 (MQ=255) tGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCGCAAGGCGGCCTCTg > 5:172123/1‑142 (MQ=255) ggTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGc > 8:3276/1‑149 (MQ=255) gTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGGGGCCGCCGCAAGGCGGCCTCTGGCTgtgcgc < 2:85071/149‑6 (MQ=38) 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6:137021/1‑148 (MQ=255) cgcgTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAgtg > 5:225325/1‑141 (MQ=255) cgcgTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAgtg < 6:225325/141‑1 (MQ=255) gttgttTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTc > 2:206857/1‑149 (MQ=255) gttTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGAt > 5:199232/1‑126 (MQ=255) gttTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGAt < 6:199232/126‑1 (MQ=255) aGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTa < 1:118049/148‑1 (MQ=255) gctCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAACCAGGGGCCGCCGCAAGGCGGCCTCTggct > 4:24941/1‑112 (MQ=37) gctCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAACCAGGGGCCGCCGCAAGGCGGCCTCTggct < 3:24941/114‑3 (MQ=37) ctCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGTCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGgt > 7:279744/1‑149 (MQ=255) gCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTAGGTATGTTCTACTTGGTGTAGa > 6:240998/1‑149 (MQ=255) ccTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGtt < 7:147090/108‑1 (MQ=255) ccTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGtt > 8:147090/1‑108 (MQ=255) cTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTc < 5:240998/148‑1 (MQ=255) gCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATaa > 8:103791/1‑149 (MQ=255) cGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAg > 5:346420/1‑149 (MQ=255) cAAGCGCAGGTGGCTTGCGGAGTCACGTGTCAGCGGACTGCCAGAGGCCGCCTTGCGGGGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTTGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCg < 3:188555/149‑1 (MQ=255) gcgcAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGc > 3:190279/1‑148 (MQ=255) aGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGa > 2:162799/1‑149 (MQ=255) aGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGa < 7:43287/149‑1 (MQ=255) gTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGAtt < 4:190279/149‑1 (MQ=255) cTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGcca > 8:331058/1‑149 (MQ=255) ttGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTc > 6:80040/1‑84 (MQ=255) ttGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTc < 5:80040/84‑1 (MQ=255) gAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGTCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGta < 8:279744/149‑1 (MQ=255) cGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGGGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGTTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGTCCCCACGCCCAGTCCCGAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCaa < 5:137021/149‑1 (MQ=255) tCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACTGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGcc < 7:331058/149‑1 (MQ=255) aGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGccc < 1:206857/148‑1 (MQ=255) aGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCa > 4:231821/1‑149 (MQ=255) aGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAg < 7:154603/149‑1 (MQ=255) aGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAg > 6:190819/1‑149 (MQ=255) ggCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCGTGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAg > 7:205823/1‑149 (MQ=255) cgccTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAGCTg > 5:287585/1‑149 (MQ=255) gccTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAGCTgg < 6:346420/149‑1 (MQ=255) ccTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAGCTGga < 4:94214/149‑1 (MQ=255) cggcggCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAGCTGGAGAACa < 5:190819/149‑1 (MQ=255) | AAAAGGCTTCGGCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGACGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAGCTGGAGAACA > NC_002947/1835501‑1835796 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |