Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,835,656 | C→T | 10.0% | intergenic (‑98/+34) | PP_1639 ← / ← yohC | SprT family protein/inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,835,656 | 0 | C | T | 10.0% | 128.6 / 6.0 | 50 | intergenic (‑98/+34) | PP_1639/yohC | SprT family protein/inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/23); new base T (2/3); total (24/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.18e-01 |
TTCGGCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAGCTGGAGAACAGGAAGC > NC_002947/1835508‑1835802 | ttCGGCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGAGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGccc > 5:338998/1‑149 (MQ=255) cGGCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGccc < 4:64294/147‑1 (MQ=255) ggCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCt < 1:230483/148‑1 (MQ=255) ggCTTGCTGGTAACAGGTTGCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCt < 3:145207/148‑1 (MQ=255) gCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTgg < 6:338998/149‑1 (MQ=255) tGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCGCAAGGCGGCCTCTg > 5:172123/1‑142 (MQ=255) tGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCGCAAGGCGGCCTCTg < 6:172123/142‑1 (MQ=255) ggTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGc > 8:3276/1‑149 (MQ=255) gTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGGGGCCGCCGCAAGGCGGCCTCTGGCTgtgcgc < 2:85071/149‑6 (MQ=38) gTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGcc > 2:118049/1‑149 (MQ=255) aCAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCa < 7:3276/149‑1 (MQ=255) aGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAgt > 8:154603/1‑149 (MQ=255) gTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTgg > 3:113039/1‑134 (MQ=255) gTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTgg < 4:113039/134‑1 (MQ=255) gTTTCGACGAGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGAAGCCCCAgtga > 6:137021/1‑148 (MQ=255) cgcgTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAgtg < 6:225325/141‑1 (MQ=255) cgcgTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAgtg > 5:225325/1‑141 (MQ=255) gttgttTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTc > 2:206857/1‑149 (MQ=255) gttTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGAt < 6:199232/126‑1 (MQ=255) gttTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGAt > 5:199232/1‑126 (MQ=255) aGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTa < 1:118049/148‑1 (MQ=255) gctCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAACCAGGGGCCGCCGCAAGGCGGCCTCTggct > 4:24941/1‑112 (MQ=37) gctCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAACCAGGGGCCGCCGCAAGGCGGCCTCTggct < 3:24941/114‑3 (MQ=37) ctCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGTCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGgt > 7:279744/1‑149 (MQ=255) gCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTAGGTATGTTCTACTTGGTGTAGa > 6:240998/1‑149 (MQ=255) ccTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGtt > 8:147090/1‑108 (MQ=255) ccTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGtt < 7:147090/108‑1 (MQ=255) cTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTc < 5:240998/148‑1 (MQ=255) gCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATaa > 8:103791/1‑149 (MQ=255) cGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAg > 5:346420/1‑149 (MQ=255) cAAGCGCAGGTGGCTTGCGGAGTCACGTGTCAGCGGACTGCCAGAGGCCGCCTTGCGGGGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTTGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCg < 3:188555/149‑1 (MQ=255) gcgcAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGc > 3:190279/1‑148 (MQ=255) aGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGa < 7:43287/149‑1 (MQ=255) aGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGa > 2:162799/1‑149 (MQ=255) gTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGAtt < 4:190279/149‑1 (MQ=255) cTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGcca > 8:331058/1‑149 (MQ=255) ttGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTc > 6:80040/1‑84 (MQ=255) ttGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTc < 5:80040/84‑1 (MQ=255) gAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGTCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGta < 8:279744/149‑1 (MQ=255) cGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGGGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGTTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGTCCCCACGCCCAGTCCCGAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCaa < 5:137021/149‑1 (MQ=255) tCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACTGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGcc < 7:331058/149‑1 (MQ=255) aGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGccc < 1:206857/148‑1 (MQ=255) aGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCa > 4:231821/1‑149 (MQ=255) aGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAg > 6:190819/1‑149 (MQ=255) aGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAg < 7:154603/149‑1 (MQ=255) ggCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCGTGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAg > 7:205823/1‑149 (MQ=255) cgccTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAGCTg > 5:287585/1‑149 (MQ=255) gccTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAGCTgg < 6:346420/149‑1 (MQ=255) ccTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAGCTGga < 4:94214/149‑1 (MQ=255) cggcggCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAGCTGGAGAACa < 5:190819/149‑1 (MQ=255) gcggcCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTACCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCCCCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAGCTGGAGAACAg > 6:336784/1‑148 (MQ=255) ggcCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAGCTGGAGAACAGGaa < 7:103791/149‑1 (MQ=255) cccTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGAGCGGGCCCCCCGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCACCCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCCCCGAGCTGGAGAACAGGAAGc > 1:84190/1‑149 (MQ=255) | TTCGGCTTGCTGGTAACAGGTTTCGACGCGTTGTTTGAGCTGCTCGGGCATGGCGGGGCGGTTCTCCTGACCAGGCATTATGCCGCAAGCGCAGGTGGCTTGCCGAGTCACCGGTCAGCGCACAGCCAGAGGCCGCCTTGCGGCGGCCCCTGGTTGATGCCCCAGTGTTGGTTCGGTCTGTTCTAGTTGGTGTAGA‑CGGGCCCCACGCCCAGTCCCCAGATAATCACGGTAGCGGCCATGATTGCCACCAGTACTACCAAGCCCACTGCCAGCACCGAGCTGGAGAACAGGAAGC > NC_002947/1835508‑1835802 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |