Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,976,785 | T→G | 8.0% | F150C (TTC→TGC) | PP_1770 → | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,976,785 | 0 | T | G | 8.0% | 148.8 / 4.2 | 50 | F150C (TTC→TGC) | PP_1770 | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/26); new base G (2/2); total (22/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
GCAATCATCACCGACGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGCCACCAGC > NC_002947/1976637‑1976930 | gCAATCATCACCGACGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGtt > 2:116504/1‑149 (MQ=255) aaTCATCACCGACGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTcc > 6:184925/1‑149 (MQ=255) tcatcaCCGACGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGTGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTccgc < 8:5735/149‑1 (MQ=255) tcaCCGACGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCgg > 2:253366/1‑149 (MQ=255) ccGACGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGcac < 4:142955/149‑1 (MQ=255) aCGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAg < 1:253366/149‑1 (MQ=255) aCGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAg < 8:95534/149‑1 (MQ=255) aCGGCGGCAGCGCCACGGGCAACGTCGGGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGGTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGGGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGGCACCTTGTTCCGCCGGCACAAg < 4:252441/149‑1 (MQ=255) tCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTc < 7:84775/149‑1 (MQ=255) tCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGGGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTGCCGGCGGAACAAGGtg < 3:271607/149‑2 (MQ=255) gCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATc < 4:77391/149‑1 (MQ=255) aGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCt < 5:184925/149‑1 (MQ=255) aaCGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGc > 5:124304/1‑149 (MQ=255) gtgcgtgAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAAc < 6:292317/149‑1 (MQ=255) gcgtgAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCCTCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAAAGGCGTCCAATGCCACCATGTTCCGCCGGGACAAGGTCATCCACCCCCCGCTGGCCGAAACCg > 4:151193/1‑149 (MQ=255) gcgtgAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCAcg < 6:108871/133‑1 (MQ=255) gcgtgAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCAcg > 5:108871/1‑133 (MQ=255) cGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGca > 7:196807/1‑102 (MQ=255) cGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGca < 8:196807/102‑1 (MQ=255) cGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTgg < 1:254122/149‑1 (MQ=255) gTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGt > 4:161759/1‑149 (MQ=255) ggTGCCCGCCTGGCGCGCTTCGTCCCGGTCCACCGCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCTCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTTGCCGAAACCGACCCCCGCGCGCTGGTCCTgg < 8:162752/148‑1 (MQ=255) ggTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGt > 8:276233/1‑149 (MQ=255) cccGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACACCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCATGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGAc > 5:278229/1‑149 (MQ=255) ccGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGAcc > 2:286203/1‑149 (MQ=255) ccGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCtg < 3:161759/147‑1 (MQ=255) tCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTg > 6:221441/1‑149 (MQ=255) gggCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTgc < 5:192132/141‑1 (MQ=255) gggCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTgc > 6:192132/1‑141 (MQ=255) cACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGa < 6:124304/149‑1 (MQ=255) ccccATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGAtg > 6:368276/1‑149 (MQ=255) ccGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCTGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGAtgtg < 2:337377/137‑1 (MQ=255) ccGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGAtgtg > 1:337377/1‑137 (MQ=255) gagCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAgc < 1:188218/149‑1 (MQ=255) gagCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGGTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAgc < 5:221441/149‑1 (MQ=255) gagCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCACGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAgc > 5:185600/1‑149 (MQ=255) cGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGCTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAgcgc < 1:256694/149‑1 (MQ=255) tAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCACGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGAc < 6:185600/149‑1 (MQ=255) gcgagGCGTCCAATGCCTCCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCTTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGAc < 6:232109/147‑1 (MQ=255) gTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCAGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTAc > 8:39774/1‑149 (MQ=255) cAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTgg < 7:109472/149‑1 (MQ=255) cAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTgg > 5:370691/1‑149 (MQ=255) aTGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGgcc < 5:368276/149‑1 (MQ=255) gCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGgccgc > 4:118799/1‑149 (MQ=255) atgaCCTTGTGCCGGCGGAACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGaa > 8:192878/4‑138 (MQ=255) atgaCCTTGTGCCGGCGGAACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGaa < 7:192878/135‑1 (MQ=255) gaCCTTGTGCCGGCGGAACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCAGcca > 8:328793/2‑149 (MQ=255) aCCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGcc > 8:166251/1‑127 (MQ=255) aCCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGcc < 7:166251/127‑1 (MQ=255) tGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGCCACCAGc > 7:42741/1‑149 (MQ=255) gTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGCCACCAg < 7:276233/147‑1 (MQ=255) | GCAATCATCACCGACGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTG‑TGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGCCACCAGC > NC_002947/1976637‑1976930 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |