| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,267,303 | C→A | 16.1% | T76T (ACC→ACA) | cvpA → | colicin V production membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,267,303 | 0 | C | A | 16.1% | 325.0 / 47.0 | 129 | T76T (ACC→ACA) | cvpA | colicin V production membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/51); new base A (12/9); total (68/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
AAGGAGGCCTTGTCCTTGCTCATCTGGATCATTGCCGGTGCGGTTGCCTGGATGTTCGGCGGTTCGCTCTCGGTGTATCTTGAGAGCTATATCCAGACGCCATCGATGCG‑CATCATCGCTGGCTGCGCC‑ATTCTTTTCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGTGGTGGCCATAGGCCTGATCAGCCTGG > NC_002947/2267157‑2267451 | aaGGAGGCCTTGTCCTTGCTCATCTGGATCATTGCCGGTGCGGTTGCCTGGATGTTCGGCGGTTCGCTCTCGGTGTATCTTGAGAGCTATATCCAGACGCCATCGATGCG‑CATCATCGCTGGCTGCGCC‑ATTCTTTTCGTCGCCACCtt < 4:91488/149‑1 (MQ=255) gCCTTGTCCTTGCTCATCTGGATCATTGCCGGTGCGGTTGCCTGGATGTTCGGCGGTTCGCTCTCGGTGTATCTTGAGAGCTATATCCAGACGCCATCGATGCG‑CATCATCGCTGGCTGCGCC‑ATTCTTTTCGTCGCCACCTTGCtggt > 2:132178/1‑149 (MQ=255) gCCTTGTCCTTGCTCATCTGGATCATTGCCGGTGCGGTTGCCTGGATGTTCGGCGGTTCGCTCTCGGTGTATCTTGAGAGCTATATCCAGACGCCATCGATGCG‑CATCATCGCTGGCTGCGCC‑ATTCTTTTCGTCGCCACATTGCtggt > 2:289391/1‑149 (MQ=255) 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ctggctgCGCC‑ATTCTTTTCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTgg > 2:120547/1‑147 (MQ=255) gctgCGCC‑ATTCTTTTCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAgtg > 6:3889/1‑149 (MQ=255) tgCGCC‑ATTCTTTTCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAgtggt > 3:108503/1‑149 (MQ=255) cgcC‑ATTCTTTTCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAAGTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGtggtgg > 5:279662/1‑149 (MQ=255) cgcC‑ATTCTTTTCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAgtggtg < 7:32252/148‑1 (MQ=255) cgcC‑ATTCTTTTCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAgtggtg < 4:75491/148‑1 (MQ=255) cgcC‑ATTCTTTTCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAgtggt < 4:108503/147‑1 (MQ=255) cgcC‑ATTCTTTTCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGtggtgg < 5:3889/149‑1 (MQ=255) gcC‑ATTCTTTTCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGTGGTGGc < 3:424/149‑1 (MQ=255) gcC‑ATTCTTTTCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGTGGTGGc < 4:101896/149‑1 (MQ=255) cc‑ATTCTTTTCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGTGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGTGGTGGcc < 5:203366/149‑1 (MQ=255) aTTCTTTTCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTa < 4:55630/138‑1 (MQ=255) ttCTTTTCGTCGCCACATTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGTGGTGGCCATa < 1:183182/149‑1 (MQ=255) ttttCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGTGGTGGCCCCAGGc > 4:346312/1‑149 (MQ=255) ttCGTTGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGTGGTGGCCATAgg < 3:147019/146‑1 (MQ=255) ttCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGTGGTGGCCATAGGc < 4:236139/147‑1 (MQ=255) cgtcgCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGTGGTGGCCATAgg > 6:107799/1‑144 (MQ=255) cgtcgCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGTGGTGGCCATAgg < 5:107799/144‑1 (MQ=255) cgCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGTGGTGGCCATAGGCCTGAt > 7:224855/1‑147 (MQ=255) ccACATTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGTGGTGGCCATAGGCCTGATCAGc < 8:216147/149‑1 (MQ=255) ccTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGTGGTGGCCATAGGCCTGATCAGCCTg < 6:279662/149‑1 (MQ=255) cTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGTGGTGGCCATAGGCCTGATCAGCCTgg > 7:130398/1‑149 (MQ=255) | AAGGAGGCCTTGTCCTTGCTCATCTGGATCATTGCCGGTGCGGTTGCCTGGATGTTCGGCGGTTCGCTCTCGGTGTATCTTGAGAGCTATATCCAGACGCCATCGATGCG‑CATCATCGCTGGCTGCGCC‑ATTCTTTTCGTCGCCACCTTGCTGGTGGGGGCCATGGTCAACTTCCTTGTCGGTGAGCTGATCCGCGTGACCGGGCTGTCCGGCACCGATCGTTTCCTGGGCATGGCCTTTGGCGCTGCGCGCGGGGCCTTGCTGGTAGTGGTGGCCATAGGCCTGATCAGCCTGG > NC_002947/2267157‑2267451 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |