| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,351,983 | T→A | 5.7% | S428C (AGT→TGT) | PP_2067 ← | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 2,351,983 | 0 | T | A | 5.7% | 446.9 / 11.2 | 139 | S428C (AGT→TGT) | PP_2067 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (67/64); new base A (3/5); total (70/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
GGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACGCAAC > NC_002947/2351837‑2352130 | ggCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACtgt > 8:317013/1‑149 (MQ=255) aTCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGaaa < 4:105250/149‑1 (MQ=255) aGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAACGCTTTCACAGTGagcgca < 2:12272/149‑6 (MQ=255) 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tctcGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGt > 2:26015/1‑149 (MQ=255) ctcGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTc > 3:352218/1‑149 (MQ=255) gtcgAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTc < 3:258680/146‑1 (MQ=255) tcgAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGcca > 3:176931/1‑149 (MQ=255) tcgAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAACGCTTTCACAGTGAGCGCATTCACgag > 4:105438/1‑141 (MQ=255) 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cTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGt > 2:309448/1‑149 (MQ=255) gA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTcc < 7:77565/148‑1 (MQ=255) a‑aCAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTc > 6:48759/1‑146 (MQ=255) a‑aCAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCa < 5:48759/148‑1 (MQ=255) aCCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCAc > 3:104567/1‑149 (MQ=255) cTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGc < 5:146509/130‑1 (MQ=255) cTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGc > 6:146509/1‑130 (MQ=255) tCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGt > 5:197990/1‑50 (MQ=255) tCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGt < 6:197990/50‑1 (MQ=255) tCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCAAGGTTGCGCAACATCGAGAACCCCGCCGAGGATGACCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAg > 8:261453/1‑149 (MQ=255) ccGTGAACGCTTTCACAGTGAGCGCATTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAg > 6:360927/2‑149 (MQ=255) gTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCa < 4:85938/149‑1 (MQ=255) gTGAACGCTTTCACAGTGAGCGCATTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCa > 4:72527/1‑149 (MQ=255) tGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCAc < 3:13647/149‑1 (MQ=255) tGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGc > 4:227019/1‑119 (MQ=255) tGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGc < 3:227019/119‑1 (MQ=255) gcgcTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCTCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCCCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCCCCGAt > 7:235414/1‑148 (MQ=255) tCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTc > 3:81630/1‑110 (MQ=255) tCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACg > 2:251024/1‑148 (MQ=255) tCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACg > 3:9736/1‑148 (MQ=255) tCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACg > 6:366337/1‑148 (MQ=255) aCTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACGCaa < 8:45930/149‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACGCAAc > 6:301138/1‑148 (MQ=255) | GGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACGCAAC > NC_002947/2351837‑2352130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |