| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,351,988 | A→G | 5.2% | F426S (TTT→TCT) | PP_2067 ← | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,351,988 | 0 | A | G | 5.2% | 410.7 / 8.3 | 134 | F426S (TTT→TCT) | PP_2067 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (67/60); new base G (3/4); total (70/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACGCAACCATGAT > NC_002947/2351840‑2352136 | cATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGaa < 3:97960/149‑1 (MQ=255) aTCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGaaa < 6:3062/149‑1 (MQ=255) tAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGtt > 1:76500/1‑148 (MQ=255) 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tctcGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGt > 5:113098/1‑149 (MQ=255) gtcgAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTc < 3:258680/146‑1 (MQ=255) gtcgAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGc > 2:75866/1‑148 (MQ=255) tcgAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGcca > 3:176931/1‑149 (MQ=255) tcgAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAACGCTTTCACAGTGAGCGCATTCACgag > 4:105438/1‑141 (MQ=255) 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cAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAAc < 7:216821/148‑1 (MQ=255) aaCGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAAccc > 4:118977/1‑149 (MQ=255) ttCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCg > 1:272486/1‑149 (MQ=255) ccAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGtt > 1:152865/1‑114 (MQ=255) ccAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGtt < 2:152865/114‑1 (MQ=255) ccAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTa > 8:222969/1‑149 (MQ=255) 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aCCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCAc > 3:104567/1‑149 (MQ=255) tCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGt > 5:197990/1‑50 (MQ=255) tCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGt < 6:197990/50‑1 (MQ=255) tCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAg > 4:18366/1‑149 (MQ=255) tCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCAAGGTTGCGCAACATCGAGAACCCCGCCGAGGATGACCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAg > 8:261453/1‑149 (MQ=255) ccGTGAACGCTTTCACAGTGAGCGCATTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAg > 6:360927/2‑149 (MQ=255) cGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAg > 7:342727/1‑148 (MQ=255) gTGAACGCTTTCACAGTGAGCGCATTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCa > 4:72527/1‑149 (MQ=255) tGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCAc < 6:113098/149‑1 (MQ=255) tGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCAc < 3:13647/149‑1 (MQ=255) gAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTCCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCAcc > 2:341811/1‑149 (MQ=255) gcTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAAc < 4:156082/149‑1 (MQ=255) tCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTc < 4:81630/110‑1 (MQ=255) tCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACg > 3:9736/1‑148 (MQ=255) tCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACg > 6:366337/1‑148 (MQ=255) aCTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACGCaa < 8:45930/149‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGTCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACGCAAc > 8:156684/1‑148 (MQ=255) gtgAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACGCAACCa > 5:322273/1‑149 (MQ=255) tgAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACGCAAcc < 8:250894/147‑1 (MQ=255) tgAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACGCAACCat < 8:342727/149‑1 (MQ=255) aaaGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACGCAACCatga < 6:306643/149‑1 (MQ=255) aaGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACGCAACCatgat > 8:239001/1‑149 (MQ=255) | CATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCACCGTCTGGTTGATACGCGCCTGCACGCTTGGCTCGA‑ACAGCGTCACCTGCTCGTGAATGCGCTCACTGTGAAAGCGTTCACGGGTCGCCACCAGTTGCGTCAACCCGGCCGTACCGATGGCGCCACCCAGGTTGCGCAACATCGAGAACACCGCCGAGGCTGAGCCGGCTTCACGCTTGTCCAGCCCGGCCACCGCCAGCACCGATAACGCAACCATGAT > NC_002947/2351840‑2352136 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |