| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,421,958 | G→A | 5.1% | P82P (CCG→CCA) | moeA → | molybdenum::molybdopterin ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,421,958 | 0 | G | A | 5.1% | 482.0 / 9.1 | 155 | P82P (CCG→CCA) | moeA | molybdenum::molybdopterin ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (83/64); new base A (6/2); total (89/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
GCGAGACCGAAAACCTGCCGCTGGCCGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAGTACTCGAAGATGGCCGG > NC_002947/2421810‑2422102 | gaCCGAAAACCTGCCGCTGGCCGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTca < 3:221339/149‑1 (MQ=255) cccGAAAACCTGCCGCGGGCCGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTcag < 5:20605/148‑1 (MQ=255) cGAAAACCTGCCGCTGGCCGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTcagc > 1:268722/1‑148 (MQ=255) gAAAACCTGCCGCTGGCCGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTcagc > 8:328916/1‑147 (MQ=255) gAAAACCTGCCGCTGGCCGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTcagc > 4:71660/1‑147 (MQ=255) gAAAACCTGCCGCTGGCCGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTcagc > 2:224768/1‑147 (MQ=255) aaaCCTGCCGCTGGCCGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTcagccagc < 3:312550/149‑1 (MQ=255) cGCTGGCCGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTc < 1:144714/149‑1 (MQ=255) cGCTGGCCGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTc < 2:268722/149‑1 (MQ=255) gCTGGCCGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCg < 8:249535/149‑1 (MQ=255) gCTGGCCGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCg > 1:39253/1‑149 (MQ=255) cTGGCCGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCGGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGc < 6:159826/149‑1 (MQ=255) gCCGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCg < 4:124213/148‑1 (MQ=255) ccGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGc < 2:174087/149‑1 (MQ=255) cGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGc > 8:250056/1‑148 (MQ=255) gAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCa > 7:236470/1‑149 (MQ=255) gAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCa > 5:82343/1‑149 (MQ=255) gCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATgc < 2:138573/149‑1 (MQ=255) gCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATgc > 6:3034/1‑149 (MQ=255) ccGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATgcg > 5:151198/1‑149 (MQ=255) ccGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATgcg > 5:145687/1‑149 (MQ=255) ccGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATgcg > 4:249401/1‑149 (MQ=255) aGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGc‑cc > 3:3544/1‑149 (MQ=255) ggCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGc‑cc > 5:288812/1‑147 (MQ=255) 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gCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGcgcgcg > 6:212340/1‑149 (MQ=255) gCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGcgcgcg > 8:234048/1‑149 (MQ=255) ctcgctcgACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGa > 2:332796/1‑149 (MQ=255) ctcgctcgACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGa > 7:271629/1‑149 (MQ=255) gctcgACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATc < 1:332796/148‑1 (MQ=255) 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tGACCGGCAGCGGCTGGCCCTGCCAGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGCGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGAGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACAcc > 1:302511/1‑148 (MQ=255) aCTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCg < 5:219580/147‑1 (MQ=255) aCTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGaa < 1:92451/149‑1 (MQ=255) aCTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGaa < 2:295861/149‑1 (MQ=255) cTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAg < 5:3034/149‑1 (MQ=255) tGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAacac > 1:343755/1‑143 (MQ=255) tGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAacac < 2:343755/143‑1 (MQ=255) tGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAg > 3:87451/1‑148 (MQ=255) gCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAGTa < 7:188867/148‑1 (MQ=255) cAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAGTACt < 6:201654/149‑1 (MQ=255) aGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGCGCCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAGTACt > 1:267309/1‑149 (MQ=255) aGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAGTACTc < 4:216974/149‑1 (MQ=255) aGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAGTACTc < 2:6645/149‑1 (MQ=255) gggCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAg < 7:77743/130‑1 (MQ=255) ggCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCAc > 2:316478/1‑86 (MQ=255) gCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAGTACTCGaa < 6:99957/149‑1 (MQ=255) ccAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTc > 8:204816/1‑118 (MQ=255) ccAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAGTACTCg > 7:336767/1‑146 (MQ=255) ccAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCGTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAGTACTCGAAg < 6:125600/149‑1 (MQ=255) cAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAGTACTCg > 8:144343/1‑145 (MQ=255) tggcccTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAGTACTCGAAGAt > 6:254651/6‑149 (MQ=255) aGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAGTACTCGAAGAt > 2:86418/1‑149 (MQ=255) ccGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAGTACTCGAAGATgg > 3:56464/1‑149 (MQ=255) ccGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAGTACTCGAAGATGGCCgg < 1:147557/147‑1 (MQ=255) | GCGAGACCGAAAACCTGCCGCTGGCCGAAGCCGAGGGCCGCGTGCTGGCCACCGACCTGGTGGCCTCGCTCGACCTGCCGCCCTGGCCGAACAGCGCCATGGACGGTTATGCCTTGCGCCTGGCTGACTGGCAGGGCCAGCCGCTGCCGGTCAGCCAGCGTATTTTCGCCGGCCATGCGC‑CCCAGCCGCTGCAACCGGGTACCTGCGCGCGGATCTTCACCGGCGCGCCTGTGCCGGAGGGGGCCGACTGCGTCGAGATGCAGGAAAACACCGAAGTACTCGAAGATGGCCGG > NC_002947/2421810‑2422102 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |