| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,511,676 | T→C | 5.3% | T19A (ACG→GCG) ‡ | copA‑I ← | copper resistance protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,511,676 | 0 | T | C | 5.3% | 344.1 / 6.3 | 113 | T19A (ACG→GCG) ‡ | copA‑I | copper resistance protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/51); new base C (3/3); total (59/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AGGCTGTTGTTGACGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACAGTGTTGTCAGCTTGCT > NC_002947/2511528‑2511818 | aGGCTGTTGTTGACGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGt < 8:326523/149‑1 (MQ=255) ggCTGTTGTTGACGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTg < 5:54034/149‑1 (MQ=255) gCTGTTGTTGACGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTAGAAATGCTGGCCCGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGCCATGGACCAGCGGCCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGc > 7:254055/1‑149 (MQ=255) gttgACGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTggcgg > 1:115125/1‑149 (MQ=255) gttgACGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTggcg < 2:301301/148‑1 (MQ=255) ttgACGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTggcgg < 6:144056/148‑1 (MQ=255) ttgACGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCACGCTggcgg < 7:131135/148‑1 (MQ=255) ttgACGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGAGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTggcggc > 1:24099/1‑149 (MQ=255) tgACGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTggcggc < 8:22824/148‑1 (MQ=255) aCGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCAGAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGcc < 8:279147/149‑1 (MQ=255) ggTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGcc > 2:271802/1‑147 (MQ=255) ggTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGcc > 4:227239/1‑147 (MQ=255) gTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAg < 3:6547/149‑1 (MQ=255) 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cTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCgg < 3:299626/149‑1 (MQ=255) cTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGACTCGGCCTTCAGCGGCATGGACAAGCGGGCGCCACAAACC‑CAGGCCCGACAGCGTACTGGCGGCGCCCAGGAGATTGACAAAAGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGagag > 7:53903/1‑138 (MQ=255) tCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGc < 7:175863/139‑1 (MQ=255) gAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGaa > 6:3101/1‑148 (MQ=255) gAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAAt < 7:221948/149‑1 (MQ=255) 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cAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGt > 5:211737/1‑149 (MQ=255) aGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTg < 5:149068/149‑1 (MQ=255) tcgcCACAGACA‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTCCCGCCGCCCACGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGACGGGTTGCGCAACAAGGCCAGGCCTCATTCCGAATACCCACTATCTTCGCTCCCGACTGCTGTCAGGTATCTGAGGTGCACAt > 4:281766/2‑149 (MQ=255) gcCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGCCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTa > 8:178132/1‑149 (MQ=255) cacaGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTa > 1:35969/1‑147 (MQ=255) cacaGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACa < 8:133224/149‑1 (MQ=255) cacaGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACa > 3:314306/1‑149 (MQ=255) cacaGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACa < 3:281766/149‑1 (MQ=255) caGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACAgt < 8:40319/149‑1 (MQ=255) aCC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACAgtg < 7:340990/147‑1 (MQ=255) aCC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACAgtg > 8:340990/1‑147 (MQ=255) cc‑cAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACAGtgtt < 1:76478/148‑1 (MQ=255) c‑cAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTg > 3:17658/1‑38 (MQ=255) c‑cAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTc < 4:228252/103‑1 (MQ=255) c‑cAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTc > 3:228252/1‑103 (MQ=255) c‑cAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACAGtgttgt > 8:238701/1‑149 (MQ=255) gggcgccGCCAGCACGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACAGtgttgt > 2:270917/6‑148 (MQ=255) cAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACAGTGTTGTc < 3:349728/149‑1 (MQ=255) gcgccGCCAGCACGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACAGTGTTGTCAg > 5:255450/4‑149 (MQ=255) ccGCCAGCACGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACa < 6:192489/136‑1 (MQ=255) ccAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACAGTGTTGTCAGCTtgct > 3:148501/1‑149 (MQ=255) ccAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACAGTGTTGTCAGCTtgct < 4:148501/149‑1 (MQ=255) ccAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACAGTGTTGTCAGCTtgct < 5:307579/149‑1 (MQ=255) | AGGCTGTTGTTGACGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACC‑CAGGCCCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACAGTGTTGTCAGCTTGCT > NC_002947/2511528‑2511818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |