| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,753,885 | A→G | 7.8% | T71A (ACC→GCC) ‡ | czcA‑II → | cation efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,753,885 | 0 | A | G | 7.8% | 174.7 / 4.5 | 64 | T71A (ACC→GCC) ‡ | czcA‑II | cation efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/24); new base G (3/2); total (38/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
CTGATGGCCGCGGTGGGTATCCACAGCTACCAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTGGCCCGCGAGC > NC_002947/2753738‑2754032 | cTGATGGCCGCGGTGGGTATCCACAGCTACCAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGAc > 4:209492/1‑149 (MQ=255)cTGATGGCCGCGGTGGGTATCCACAGCTACCAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGAc > 2:343324/1‑149 (MQ=255) gATGGCCGCGGTGGGTATCCACAGCTACCAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACcg > 8:201291/1‑149 (MQ=255) 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ccGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCggg > 2:71234/1‑149 (MQ=255) cGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGc < 7:201291/149‑1 (MQ=255) cATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGt < 8:329285/149‑1 (MQ=255) cTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCG‑CCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAg > 7:318083/1‑149 (MQ=255) cTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCG‑CCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAg > 7:313215/1‑149 (MQ=255) tAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCcgctc < 8:189295/123‑1 (MQ=255) tAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCcgctc > 7:189295/1‑123 (MQ=255) tAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATAGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAg > 7:235715/1‑149 (MQ=255) cAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCAtttt > 7:212963/1‑149 (MQ=255) cAGATCAACACCGCCG‑CCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTc < 8:318083/149‑1 (MQ=255) cAGATCAACACCGCCG‑CCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCAGCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTc < 8:313215/149‑1 (MQ=255) aTCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCga > 1:356904/1‑149 (MQ=255) aaCACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCgatga > 3:176013/1‑149 (MQ=255) aaCACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTC‑GGCCTGTCGCAAGTCACGGTCAtttt < 6:40165/142‑1 (MQ=255) aaCACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTC‑GGCCTGTCGCAAGTCACGGTCAtttt > 5:40165/1‑142 (MQ=255) acacCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCgatgat < 1:343324/149‑1 (MQ=255) acacCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCgatgat > 7:263934/1‑149 (MQ=255) acacCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCgatga > 6:332179/1‑148 (MQ=255) acacCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCgatga < 5:332179/148‑1 (MQ=255) cacCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGatgatg < 1:71234/149‑1 (MQ=255) acCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGc > 1:182682/1‑117 (MQ=255) acCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGc < 2:182682/117‑1 (MQ=255) cgccgcCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCa < 2:161953/149‑1 (MQ=255) cccGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGatat > 5:208119/1‑149 (MQ=255) gCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGAGCATCACCTTTGCCATCGAGACAGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACGCGGTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATAtcttc < 1:70687/149‑1 (MQ=255) tATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTAGATGATGTCACCGATAActtctt > 6:252790/1‑149 (MQ=255) tCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTcgc > 2:271810/1‑149 (MQ=255) cgccgcTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTcgcc > 6:368736/1‑149 (MQ=255) gccgcTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTcgccc > 5:1561/1‑149 (MQ=255) gccgcTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTcgccc > 3:327078/1‑149 (MQ=255) ccgcTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTcgcccg > 7:71346/1‑149 (MQ=255) tGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCAGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCaa > 1:294521/1‑149 (MQ=255) gagaCCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCaa < 8:263934/147‑1 (MQ=255) gagaCCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACt > 4:88957/1‑149 (MQ=255) ctccagcggcGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGt < 8:141364/145‑1 (MQ=255) cGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGatgatg < 4:30158/116‑1 (MQ=255) cGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGatgatg > 3:30158/1‑116 (MQ=255) gcgcATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAgc < 5:222855/149‑1 (MQ=255) cATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAgcgc > 2:59160/1‑148 (MQ=255) cATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAgcgc < 1:59160/148‑1 (MQ=255) cACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATAtc < 1:277850/115‑1 (MQ=255) cACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATAtc > 2:277850/1‑115 (MQ=255) ccagCCATCGCGGTCTCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGt > 5:57470/4‑149 (MQ=255) cagCCATCGCGGTCTCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTg < 6:58330/147‑1 (MQ=255) cagCCATCGCGGTCTCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTg > 5:58330/3‑149 (MQ=255) gCCATCGCGGTCTCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTgg > 2:356667/1‑148 (MQ=255) gCCATCGCGGTCTCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTgg < 1:356667/148‑1 (MQ=255) gCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTgg < 5:305726/148‑1 (MQ=255) cATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCATGCAGGTGGccc > 8:327628/1‑149 (MQ=255) aTCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTGGCCcg > 5:359733/1‑149 (MQ=255) cGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTGGCCcgc > 6:209804/1‑148 (MQ=255) gagaCCGTGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTGGCCcgc > 6:267423/1‑147 (MQ=255) aCCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTGGCCCGCGAGc > 6:192324/1‑148 (MQ=255) | CTGATGGCCGCGGTGGGTATCCACAGCTACCAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTGGCCCGCGAGC > NC_002947/2753738‑2754032 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |