| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,770,228 | G→A | 6.9% | intergenic (‑94/+15) | PP_2422 ← / ← lpxOA | hypothetical protein/Fe(2+)/alpha‑ketoglutarate‑dependent dioxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,770,228 | 0 | G | A | 6.9% | 171.0 / 2.0 | 58 | intergenic (‑94/+15) | PP_2422/lpxOA | hypothetical protein/Fe(2+)/alpha‑ketoglutarate‑dependent dioxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/31); new base A (2/2); total (25/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.24e-01 | |||||||||||
CGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGTAGATGCGGGTGAA > NC_002947/2770080‑2770365 | cGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTgg > 1:265651/1‑149 (MQ=255) aTTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGc < 5:320304/149‑1 (MQ=255) aTTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGc > 5:76957/1‑149 (MQ=255) aCTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTg < 4:204281/149‑1 (MQ=255) cTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGGAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGa < 1:237707/149‑1 (MQ=255) cTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTTAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGcc < 5:27089/149‑1 (MQ=255) cTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGcc > 6:27089/1‑149 (MQ=255) cTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGc < 8:120473/148‑1 (MQ=255) ttACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGt < 5:200436/142‑1 (MQ=255) ttACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGt > 6:200436/1‑142 (MQ=255) tAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGAt > 8:158118/1‑149 (MQ=255) aGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATg > 1:196645/1‑149 (MQ=255) ggcggcCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGt < 3:242285/149‑1 (MQ=255) ggCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGCCAC‑CGTACGAGTGACCTGCGt > 6:107651/1‑134 (MQ=255) ggCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGCCAC‑CGTACGAGTGACCTGCGt < 5:107651/134‑1 (MQ=255) gCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTa < 5:42749/149‑1 (MQ=255) gCGTCCCAGTACATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGGTGCGAGTGGAGATTTCAGTCTAGTAGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCTTTGAGCCTTCAGATGTa < 5:47950/149‑1 (MQ=255) tCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGAt < 7:158118/149‑1 (MQ=255) ccAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATg > 7:308683/1‑148 (MQ=255) aGTCTATCATGCTCATCGTCTTCATCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAac < 3:333095/149‑1 (MQ=255) tCCTTCATGGTCATCGTCTTCACCTTGGGGGGTGCGAGTGGATCTTTCAGGCTATTCTAAGCGTGTCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAacac < 6:17170/149‑1 (MQ=255) tCCATCTTGCTCCTCGTCTTCTCCTTGGGGGTTGCGCGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAacac < 8:308683/149‑1 (MQ=255) catcatGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAacac > 5:176092/1‑147 (MQ=255) atGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCAc > 7:209214/1‑149 (MQ=255) aTCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAAcgc > 3:130732/1‑149 (MQ=255) tCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAAcgcc > 8:71436/1‑149 (MQ=255) cGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAAcgccg > 3:242703/1‑149 (MQ=255) gggggTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGcc > 6:55028/1‑148 (MQ=255) ggTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCAtt > 2:236807/1‑149 (MQ=255) gTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCAttt > 3:183837/1‑149 (MQ=255) gCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCAttttt < 7:284384/148‑1 (MQ=255) gAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCa < 1:236807/149‑1 (MQ=255) gAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCa < 7:71436/149‑1 (MQ=255) gTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTc > 7:133068/1‑96 (MQ=255) gTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTc < 8:133068/96‑1 (MQ=255) gTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAgg < 2:196645/149‑1 (MQ=255) tGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAgg < 8:209214/148‑1 (MQ=255) aGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGgtagt < 4:242703/149‑1 (MQ=255) gCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGgtag > 5:103908/1‑147 (MQ=255) tCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAgcg > 8:292805/1‑148 (MQ=255) tAGTCGAAGCGTTGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAAAGCAGGACACACCTACG‑GTGGCCTGCGTATAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCAATTTTCCAGGTAGAAGCGCATGCgg > 7:204038/1‑149 (MQ=255) tAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGtagtag < 3:308186/140‑1 (MQ=255) tAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGtagtag > 4:308186/1‑140 (MQ=255) gAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTgc < 5:55028/148‑1 (MQ=255) gCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCAACCGCATGCGcta < 6:76957/149‑2 (MQ=255) gCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTAGTACG‑GGGGCCTGCGTTGAGCCTTAAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGGGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGctt < 8:204038/149‑1 (MQ=255) gTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGcttct < 4:183837/149‑1 (MQ=255) tGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGcttctt < 4:130732/149‑1 (MQ=255) gCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCttcttc < 6:103908/148‑1 (MQ=255) tggtggGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAgc < 4:45934/108‑1 (MQ=255) tggtggGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAgc > 3:45934/1‑108 (MQ=255) gggTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCt > 6:53712/1‑149 (MQ=255) tcaaCGCAGGCCAC‑CGTACGAGTGACCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTACCACGCTCGCGGATCtt > 4:225578/3‑147 (MQ=255) tcaaCGCAGGCCAC‑CGTACGAGTGACCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTACCACGCTCGCGGATCtt < 3:225578/145‑1 (MQ=255) tAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGt < 2:265651/149‑1 (MQ=255) aaCGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGTa < 7:292805/148‑1 (MQ=255) ggTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGTAGATGCgg < 5:306433/149‑1 (MQ=255) gTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGTAGATGCggg > 7:190025/1‑149 (MQ=255) tCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGAGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGAGGATCTTGTAGATGCGGGTGaa > 3:193250/1‑148 (MQ=255) | CGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGTAGATGCGGGTGAA > NC_002947/2770080‑2770365 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |