| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,863,829 | T→G | 10.8% | S297A (TCG→GCG) | gllR → | HTH‑type transcriptional regulator GalR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,863,829 | 0 | T | G | 10.8% | 109.6 / 2.3 | 52 | S297A (TCG→GCG) | gllR | HTH‑type transcriptional regulator GalR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/27); new base G (4/2); total (23/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
CCTCACGACTATGCCAGCGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTGGCGGCGGTGTCTGCGCACCAG > NC_002947/2863682‑2863972 | ccTCACGACTATGCCAGCGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTc < 6:130469/149‑1 (MQ=255) tCACGACTATGCCAGCGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGc > 4:228650/1‑149 (MQ=255) cTATGCCAGCGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCGAGCCGGccc < 3:342372/149‑1 (MQ=255) tATGCCAGCGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCg > 2:227887/1‑149 (MQ=255) ccAGCGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCGAGCCGGCCCgcg < 8:101715/147‑3 (MQ=255) ccAGCGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCGAGCCGGCCCgcg > 7:101715/1‑145 (MQ=255) cAGCGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAgc < 2:18473/149‑1 (MQ=255) cGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAgctg‑c < 7:268778/149‑1 (MQ=255) cTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGa < 2:21459/149‑1 (MQ=255) gtggGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGAc < 4:74313/147‑1 (MQ=255) aGCCGCTCATCACCGAGGAAAGGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGCCGCTCAAGGGCGGGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTc < 2:304285/149‑1 (MQ=255) catcaACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTcgccgccg > 7:283725/1‑149 (MQ=255) catcaACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCACGCCGCCCCGGCAGCGG‑CGCGCCCACAGCGGcgccgccc > 7:337498/1‑148 (MQ=255) cGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGcc < 1:227887/149‑1 (MQ=255) gAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCt < 6:253789/149‑1 (MQ=255) aaTGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGGCGGCGCGCCGGCCCGGCAGCTG‑GGGGCCAACGGCTTGGCCGCCGCGGGCCGGGCAg > 5:192685/1‑149 (MQ=255) gCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGc > 4:74007/1‑149 (MQ=255) ccGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CGGGGTGTTGCCGCGGGCGGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCggtgg < 6:56764/149‑1 (MQ=255) ccGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CGGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCggtgg < 3:228650/149‑1 (MQ=255) gggggCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGa < 7:253320/148‑1 (MQ=255) ggggCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGGCCGCTG‑CGCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGa > 8:223795/1‑147 (MQ=255) gggCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCGCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGCCAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAg > 5:366399/1‑149 (MQ=255) gggCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCGCGCCGGCCCGTCAGCGG‑CTAGACAACTGCTTAGCCCCCGCGGGCCTGACACCCCCCTGGCCGGTGGTGGAAAg > 6:304020/1‑149 (MQ=255) ggCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAgc > 5:193899/1‑149 (MQ=255) gCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCGGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAgcg < 5:249192/149‑1 (MQ=255) cACCCGCGGTTGCACACTCCCCGGAGGCTCAAGGGCGTGCACCCGGCGCG‑CGGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAgcgc < 8:337498/149‑1 (MQ=255) ccGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGa < 4:237854/149‑1 (MQ=255) ttGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGc < 5:304020/149‑1 (MQ=255) cTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTGGCCGCCCCGGCCGCTC‑GGCGACCACATCTTGGCCGCCGCCGGCCTGAACGCGCCGTGGGCCGGGGTGGCAAACGCAGATCGGGAGGTGATc > 1:8694/1‑149 (MQ=255) tCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGGGTCGCCGCCGCGGGCCGGCCAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGGGGATGTGGCGGTTATcc > 3:226894/1‑149 (MQ=255) aCCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGt < 6:193899/149‑1 (MQ=255) cTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGGCGGCTCGCCCGCCCGTCAGCGG‑CTCGACAACAGCTTCGCCCCCGCGGGCCTGACAGCGCCGGGGGCGGTGGTGGAAAGAGCGGATGTGGCGGGTATCGGTgg > 6:215480/1‑149 (MQ=255) cTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGaaa < 3:32189/124‑1 (MQ=255) cTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTgg < 8:283725/149‑1 (MQ=255) gCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTAc < 5:114297/149‑1 (MQ=255) cACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGa < 3:74007/149‑1 (MQ=255) aCCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTa < 4:298669/123‑1 (MQ=255) aCCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTa > 3:298669/1‑123 (MQ=255) aCCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACGGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGGGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATACGTGGCCTACTGGTGGGTTCgggc > 5:255077/1‑147 (MQ=255) ccagcgcgcCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGcc < 2:138703/84‑1 (MQ=255) ccagcgcgcCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCCGCCCGGCACCTG‑CTCGACAACTGCTTAGCCGCCGCGGGCCTGCCAGCGcc > 1:138703/4‑87 (MQ=255) cAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGTCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACa > 1:83911/1‑149 (MQ=255) gcg‑cTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTgg < 5:295661/149‑1 (MQ=255) gcg‑cTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCCGCAGCTG‑ATCGACAACTGCATCGCCGCCGCGGGCCAGACAACCCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGAAATGGCGGTTATACGTGGCCTACTGGTGCGTTAGGACATGCTgg > 6:295661/1‑149 (MQ=255) ggTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACATCTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTGgcggcg < 6:192685/148‑1 (MQ=255) ggTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTGgcggcg < 2:83911/148‑1 (MQ=255) ccGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTgg > 1:330408/1‑97 (MQ=255) ccGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTgg < 2:330408/97‑1 (MQ=255) ggCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTGGCGGCGGTGTCTGCGCAc > 3:239026/1‑148 (MQ=255) ccGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGaaa < 1:245157/78‑1 (MQ=255) ccGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGaaa > 2:245157/1‑78 (MQ=255) ccGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTGGCGGCGGTGTCTGCGCACCAg > 3:191269/1‑149 (MQ=255) | CCTCACGACTATGCCAGCGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCG‑CTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTG‑CTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTGGCGGCGGTGTCTGCGCACCAG > NC_002947/2863682‑2863972 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |