| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,954,658 | A→G | 11.6% | intergenic (‑161/‑120) | PP_2586 ← / → PP_2587 | putative amino acid transporter/LuxR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,954,658 | 0 | A | G | 11.6% | 152.4 / 9.3 | 61 | intergenic (‑161/‑120) | PP_2586/PP_2587 | putative amino acid transporter/LuxR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/24); new base G (2/5); total (32/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
AGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATG > NC_002947/2954521‑2954806 | aGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCtt > 8:104632/1‑148 (MQ=255)aGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCtt < 7:104632/148‑1 (MQ=255)aGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTg > 6:349542/1‑149 (MQ=255)aGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTg > 3:153370/1‑149 (MQ=255) ggACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTg < 6:368755/148‑1 (MQ=255) gACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTTGGGTGAG‑CGGGCACAGCCCATGcc > 6:243418/1‑149 (MQ=255) cacCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCg < 5:349542/149‑1 (MQ=255) cgcgGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCt > 4:76398/1‑149 (MQ=255) gCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCa > 2:243402/1‑148 (MQ=255) gAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGGCAAGGGCTGTGTCC‑GCTCACCCCAAAgg < 4:46864/149‑1 (MQ=37) gCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCCGGGCAAGGGCTGTGTCC‑GCTCACCCCAAAGGGt < 7:57266/149‑1 (MQ=18) ccggCTCGCGACCGTCAGGTGTTGGGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGCCACCCGGAATCCCCCTTTGGGGTGAGCCGGGCAAGGGCTGTGTCC‑GCTCACCCCAAAGGGt < 5:363244/147‑1 (MQ=21) gcgACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑g < 8:142766/149‑1 (MQ=255) gcgACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑g < 1:243402/149‑1 (MQ=255) 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tCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTAC‑GGTGCCTg > 8:227616/1‑149 (MQ=255) gtgtTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCCGGGCAAGGGCTGTGTCC‑GCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGGTGCCTGCAgg < 6:289162/149‑2 (MQ=14) tgttgtGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAgg < 8:124691/128‑1 (MQ=255) tgttgtGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAgg > 7:124691/1‑128 (MQ=255) tgttgtGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAgcg > 6:165292/1‑149 (MQ=255) gtgCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGt > 1:195214/1‑149 (MQ=255) tgCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTg < 3:76398/149‑1 (MQ=255) cAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTgg > 3:83188/1‑148 (MQ=255) aaGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTTATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGAcaca < 5:99613/95‑1 (MQ=255) aaGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGAcaca > 6:99613/1‑95 (MQ=255) aaGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGt < 6:80007/145‑1 (MQ=255) aaGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGt > 5:80007/1‑145 (MQ=255) aaaGCTCGCCGCGGTGGGGCGGTTTTATGCCCCCACCCCCGGCCGCCCCCCGTAATCCCCCTTGGGGGTTAG‑CGGACACCGCCCTTGCCGGGCTCACCCCAATGGGTTTTTCG‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAacga < 4:153370/149‑1 (MQ=255) aaaGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAacga > 4:350370/1‑149 (MQ=255) cgcgGGGGCGGGTTCATTCTCCCACACCCTGCAGCCACCCGTAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTCCCCGGCTCACCCCAAAGTTTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGTAGTAACTGCTCAACGACGCACCGCACt < 7:227616/149‑1 (MQ=255) cGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGcggcgg < 4:83188/149‑1 (MQ=255) gTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGCCACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGc > 3:358192/1‑149 (MQ=255) gATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCAc > 4:280682/1‑149 (MQ=255) cTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCCCCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGGGGGAGGATCTGGGGAACGACGCACCGCCCTGGCGGCGGTGCCCCGgag > 2:288712/1‑149 (MQ=38) tCCCCCCCCCTCCAGCCCCCCGCTAGCCCCCTTTGGGGGTTG‑CGGACACCCCCCTTGCCCGCCTCACCCCAATGGTTTTTTCG‑GGTGCGTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTTCTCAACGACGCACTGCACTGGCGGCGGTGCCACTga < 7:55315/147‑1 (MQ=255) tCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCATTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCACACCCCAAAGGGTGATTGC‑GGGGCCGGCAGCGCCGGGGGGGTAGCGGCGCAACGGCGCACCGCCCTGGCGGCGGGGccccggg > 8:55315/1‑142 (MQ=255) ccACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCaa < 3:248576/70‑1 (MQ=255) ccACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCaa > 4:248576/1‑70 (MQ=255) acccccTCCAGGCACCCGTAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACCGCCCTGGCCCGGCTCACCCAAATGGGTTATTCG‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTga < 2:155272/140‑1 (MQ=255) acacCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTga > 1:155272/1‑143 (MQ=255) tGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGGGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCGGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGCCGCACCGGACTGGCGGCGGTGCGACTGAGAAAACGGCAgg > 1:313816/1‑149 (MQ=39) gCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTa > 1:67669/1‑148 (MQ=255) aCCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAg < 5:165292/149‑1 (MQ=255) aCCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAg > 6:311416/1‑149 (MQ=255) ccGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGt > 8:56137/1‑148 (MQ=255) aaTCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGc < 4:346564/118‑1 (MQ=255) aaTCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGc > 3:346564/1‑118 (MQ=255) aTCACCCTTTGGGGTGAGCCGGGCAAGGGCTGTGTCC‑GCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACcaa > 7:276274/1‑149 (MQ=21) cACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCGACTGAGAACACGGCAGGCGTACAGTGCCcaat > 5:55358/1‑148 (MQ=255) cTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAAtt < 5:311416/149‑1 (MQ=255) tttGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCa < 7:144186/126‑1 (MQ=255) tttGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCa > 8:144186/1‑126 (MQ=255) tttGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGt > 3:24981/1‑136 (MQ=255) tttGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGt < 4:24981/136‑1 (MQ=255) gggTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCttt > 7:1827/1‑149 (MQ=255) gggTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCtt > 8:197863/1‑148 (MQ=255) acacAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATg > 3:110062/1‑149 (MQ=255) acacAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATg < 7:197863/149‑1 (MQ=255) | AGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATG > NC_002947/2954521‑2954806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |