Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,974,448 | G→T | 9.8% | M127I (ATG→ATT) | PP_2601 → | IclR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,974,448 | 0 | G | T | 9.8% | 150.6 / 6.5 | 51 | M127I (ATG→ATT) | PP_2601 | IclR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/21); new base T (3/2); total (28/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 |
GCGGTGCCGACATCATCCAGCCGATTCTTGACCGCCTGGCCCAGGACAGCGGTGAACTGGTGCGCCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAG > NC_002947/2974300‑2974595 | gcGGTGCCGACATCATCCAGCCGATTCTTGACCGCCTGGCCCAGGACAGCGGTGAACTGGTGCGCCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATg < 5:367878/149‑1 (MQ=255) gACATCATCCAGCCGATTCTTGACCGCCTGGCCCAGGACAGCGGTGAACTGGTGCGCCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGa > 3:298046/1‑149 (MQ=255) tcatcCAGCCGATTCTTGACCGCCTGGCCCAGGACAGCGGTGAACTGGTGCGCCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGgcgc > 5:210485/1‑143 (MQ=255) tcatcCAGCCGATTCTTGACCGCCTGGCCCAGGACAGCGGTGAACTGGTGCGCCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGgcgc < 6:210485/143‑1 (MQ=255) catcCAGCCGATTCTTGACCGCCTGGCCCAGGACAGCGGTGAACTGGTGCGCCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGCGGCGCGACgcgc > 4:6234/1‑149 (MQ=255) atcCAGCCGATTCTTGACCGCCTGGCCCAGGACAGCGGTGAACTGGTGCGCCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGcgcc > 8:2162/1‑149 (MQ=255) aGCCGATTCTTGACCGCCTGGCCCAGGACAGCGGTGAACTGGTGCGCCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATTGGGCGCGACGCGCCGCTg > 7:146561/1‑149 (MQ=255) aGCCGATTCTTGACCGCCTGGCCCAGGACAGCGGTGAACTGGTGCGCCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATTGGGCGCGACGCGCCGCTg > 5:333964/1‑149 (MQ=255) ccGATTCTTGACCGCCTGGCCCAGGACAGCGGTGAACTGGTGCGCCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGtt < 7:2162/149‑1 (MQ=255) 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6:299841/1‑148 (MQ=255) tGGTGCGCCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTg > 6:239800/1‑149 (MQ=255) gTGCGCCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGa > 4:85807/1‑149 (MQ=255) gTGCGCCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGa > 5:206760/1‑149 (MQ=255) gTGCGCCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGa > 4:90803/1‑149 (MQ=255) cgcCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATTGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGa < 6:333964/149‑1 (MQ=255) cgcCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATTGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGa < 8:146561/149‑1 (MQ=255) cTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGa < 3:90803/149‑1 (MQ=255) cTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGa < 3:85807/149‑1 (MQ=255) tCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTg > 3:38272/1‑149 (MQ=255) aCGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGCCGCGCCGCGGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTg > 7:309106/1‑146 (MQ=255) cGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGa < 4:38272/149‑1 (MQ=255) gTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATg < 3:6234/149‑1 (MQ=255) tGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATgg > 6:61349/1‑149 (MQ=255) gCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGgt > 6:10293/1‑149 (MQ=255) gCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGgt > 5:271205/1‑149 (MQ=255) 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cccGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCa > 6:191312/1‑149 (MQ=255) ccGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCAc < 5:10293/149‑1 (MQ=255) tGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAg < 1:128596/149‑1 (MQ=255) | GCGGTGCCGACATCATCCAGCCGATTCTTGACCGCCTGGCCCAGGACAGCGGTGAACTGGTGCGCCTTGGGGTAATCGACGGTGCCCGGCAAACCTGGATCGCCAAGTCTCAGGGGGCCCGCTCCGGGCTGCGCTACGACCCGGATATGGGGCGCGACGCGCCGCTGTTCTATACCGCCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAG > NC_002947/2974300‑2974595 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |