| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,059,542 | T→C | 11.1% | L274P (CTC→CCC) | PP_2671 → | sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,059,542 | 0 | T | C | 11.1% | 91.4 / 3.1 | 36 | L274P (CTC→CCC) | PP_2671 | sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/17); new base C (2/2); total (17/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
GAGCAGGAGCGTACACAGCTGGCGCAGACCCTGCACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCGGCTGCG > NC_002947/3059400‑3059686 | gagcaggagcGTACACAGCTGGCGCAGACCCTGCACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACCCAACTg > 6:285662/1‑149 (MQ=255) tACACAGCTGGCGCAGACCCTGCACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTgc < 7:244775/149‑1 (MQ=255) cAGACCCTGCACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTcg > 7:93480/1‑149 (MQ=255) ccTGCACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCgcgcgc > 5:240564/1‑149 (MQ=255) cACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTg < 6:240564/147‑1 (MQ=255) gatCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACaa > 4:179489/1‑149 (MQ=255) tCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACt > 1:38547/1‑149 (MQ=255) cTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACtt > 2:335607/1‑149 (MQ=255) gggCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTg < 8:93480/147‑1 (MQ=255) gggCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGt < 1:335607/148‑1 (MQ=255) ggCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTAt > 7:129179/1‑149 (MQ=255) gCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACGGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATc > 6:206030/1‑149 (MQ=255) aaTACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACCCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGt > 8:274325/1‑144 (MQ=255) aaTACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACCCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGt < 7:274325/144‑1 (MQ=255) ccTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTgg > 8:318644/1‑149 (MQ=255) ccTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTg < 6:49878/148‑1 (MQ=255) cTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCGGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCACCAAGGTTTTCGCGCGCTGGGGCACACCTGGGATCCGGTGgc > 4:43426/1‑149 (MQ=255) ggcaTGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCa < 7:318644/149‑1 (MQ=255) gcaTGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTc < 3:83263/111‑1 (MQ=255) gcaTGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTc > 4:83263/1‑111 (MQ=255) caTGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACCCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACt < 5:285662/149‑1 (MQ=255) tGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTAc < 8:129179/149‑1 (MQ=255) tGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGc < 2:38547/149‑1 (MQ=255) tGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCGGCACTACATGc < 3:43426/149‑1 (MQ=255) ccTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACGGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAgg < 5:206030/149‑1 (MQ=255) gtggCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGtt > 7:30908/1‑149 (MQ=255) gAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGCTGCCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGCCCTTCGGGCTGTTGCTgcg > 4:92274/1‑147 (MQ=255) gCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTAGATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAgg < 3:179489/149‑1 (MQ=255) gACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGAGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCa > 1:113526/1‑149 (MQ=255) tGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGaa < 2:113526/149‑1 (MQ=255) cAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGAGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATg > 5:103422/1‑149 (MQ=255) aGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGc < 1:35274/149‑1 (MQ=255) gCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCg < 3:92274/149‑1 (MQ=255) cTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCa < 7:282389/74‑1 (MQ=255) cTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCa > 8:282389/1‑74 (MQ=255) aaCTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCGGCTGCg < 8:30908/148‑1 (MQ=255) | GAGCAGGAGCGTACACAGCTGGCGCAGACCCTGCACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCGGCTGCG > NC_002947/3059400‑3059686 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |