Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,071,211 | T→A | 8.6% | C22S (TGC→AGC) | yiaY → | Fe‑containing alcohol dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,071,211 | 0 | T | A | 8.6% | 165.7 / 5.6 | 58 | C22S (TGC→AGC) | yiaY | Fe‑containing alcohol dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/28); new base A (2/3); total (27/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 |
CCGCTTTGGTCTGGTTGCTTTCGTGGTGGGATGCTTTACGCTGGCGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGACTA > NC_002947/3071068‑3071344 | ccGCTTTGGTCTGGTTGCTTTCGTGGTGGGATGCTTTACGCTGGCGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGtgccggctgccgg > 7:83270/1‑149 (MQ=255) ccGCTTTGGTCTGGTTGCTTTCGTGGTGGGATGCTTTACGCTGGCGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGtgccggctgccgg > 1:68523/1‑149 (MQ=255) ggTCTGGTTGCTTTCGTGGTGGGATGCTTTACGCTGGCGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑At < 2:159561/148‑1 (MQ=255) ggTCTGGTTGCTTTCGTGGTGGGATGCTTTACGCTGGCGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCAGCCGGcaccaa < 3:28479/148‑4 (MQ=255) gTTGCTTTCGTGGTGGGATGCTTTACGCTGGCGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGcc > 7:211368/1‑148 (MQ=255) tttCGTGGTGGGATGCTTTACGCTGGCGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCGTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTAc > 4:129076/1‑149 (MQ=255) gtggGATGCTTTACGCTGGCGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCACCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCaaaa > 4:212542/1‑149 (MQ=255) tggGATGCTTTACGCTGGCGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAAc < 4:51393/149‑1 (MQ=255) gCGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAg < 3:90304/148‑1 (MQ=255) ggTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTa > 6:58503/1‑149 (MQ=255) aTCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACtgg > 1:250324/1‑149 (MQ=255) aTCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACtgg > 6:123595/1‑149 (MQ=255) aTCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACtg < 6:100150/148‑1 (MQ=255) aTCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACtg < 3:162522/148‑1 (MQ=255) cTTACAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCg < 1:342060/129‑1 (MQ=255) cTTACAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCg > 2:342060/1‑129 (MQ=255) tCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCaa < 6:28521/137‑1 (MQ=255) tCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCaa > 5:28521/1‑137 (MQ=255) ccAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTggtggt > 4:249319/1‑148 (MQ=255) aGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAg > 5:367650/1‑149 (MQ=255) gAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGc < 8:83270/149‑1 (MQ=255) gAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGc < 5:58503/149‑1 (MQ=255) aaCAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTc > 8:113931/1‑112 (MQ=255) aaCAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTc < 7:113931/112‑1 (MQ=255) gCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATc > 3:267400/1‑149 (MQ=255) aTGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCgg > 4:285167/1‑149 (MQ=255) gCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGTCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTgg > 4:84534/1‑149 (MQ=255) gCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTgg < 3:249319/149‑1 (MQ=255) ccAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTggg < 5:123595/149‑1 (MQ=255) cAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGt > 3:136937/1‑149 (MQ=255) agagTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGt < 4:69276/106‑1 (MQ=255) gagTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTgg < 3:265208/149‑1 (MQ=255) gagTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTgg > 4:265208/1‑149 (MQ=255) ttCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGa > 1:155750/1‑149 (MQ=255) aGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGTCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGAtg < 3:84534/148‑1 (MQ=255) aGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGAtgt < 2:155750/149‑1 (MQ=255) ccccTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGa < 3:129076/149‑1 (MQ=255) 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gCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCAGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGAGCAAGGTACTGGTGGTAAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTTGGTGGCGGATGTGGAGGACAGCCTGCAGGCCCAgg > 1:22374/1‑149 (MQ=255) ccTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACAGATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGAtgt > 1:231413/1‑126 (MQ=255) ccTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGAtgt < 2:231413/125‑1 (MQ=255) gAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATc > 4:285948/1‑99 (MQ=255) gAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATc < 3:285948/99‑1 (MQ=255) aaaTCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAg > 3:29035/1‑125 (MQ=255) aaaTCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAg < 4:29035/125‑1 (MQ=255) aaaTCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTAt < 2:314870/148‑1 (MQ=255) aaTCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATc < 3:212542/148‑1 (MQ=255) tcatcTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGac < 2:68523/149‑1 (MQ=255) atcTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGacta < 6:367650/149‑1 (MQ=255) cacattgTGCCGGCAGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGacta > 1:330178/7‑148 (MQ=255) cacattgTGCCGGCAGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGacta < 2:330178/142‑1 (MQ=255) ttgTGCCGGCAGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGac > 6:114921/3‑142 (MQ=255) ttgTGCCGGCAGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGac < 5:114921/140‑1 (MQ=255) gTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAg > 7:148835/1‑131 (MQ=255) gTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAg < 8:148835/131‑1 (MQ=255) | CCGCTTTGGTCTGGTTGCTTTCGTGGTGGGATGCTTTACGCTGGCGGTTATCTTCCAGAACAATAAGAACAGGCTTACCGATGAGCCAGAGTTTCAGCCCCCTTCGCAAGTTCGTATCGCCTGAAATCATCTTTGGTGCCGGCTGCCGGCACA‑ATGTGGCCAATTACGCCAAAACCTTCGGTGCGCGCAAGGTACTGGTGGTCAGCGACCCTGGCGTGATCGCCGCCGGCTGGGTGGCGGATGTGGAGGCCAGCCTGCAGGCCCAGGGTATCGACTA > NC_002947/3071068‑3071344 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |