Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,089,376 | C→G | 8.0% | V279V (GTG→GTC) | metE ← | 5‑methyltetrahydropteroyltriglutamate‑ homocysteine methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,089,376 | 0 | C | G | 8.0% | 181.8 / 5.3 | 61 | V279V (GTG→GTC) | metE | 5‑methyltetrahydropteroyltriglutamate‑ homocysteine methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/29); new base G (2/3); total (29/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
TTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGACTGCTGCAGTTTGGGGAAGGCCTGTTCATATTGCCGCCATTCT > NC_002947/3089233‑3089523 | ttGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATc > 4:306608/1‑149 (MQ=255) gAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGa > 4:78727/1‑149 (MQ=255) aGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGa < 8:26300/148‑1 (MQ=255) cTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATg < 4:44512/148‑1 (MQ=255) ttGCCGCTGGCTACCAGGAGGTGCAGGGGCGCCATGCCGAAGTTGCTGAAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAAATGCAGTGCCTAGCGCACGGTGGCGGCGACCTGTACGGAAGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCCATGgc > 4:258750/1‑149 (MQ=255) gCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGgc < 3:203737/147‑1 (MQ=255) ccGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGcc > 8:68381/1‑149 (MQ=255) tACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGGTTGTCGGCATCGAGGAATTGCGGTGCCTGGGGCAGGGTGGCGGCGAGCGGGGCGGGGGTGGCGATGAGAGGGGTGGGGAGATCGATGGCGCCGAcctggg > 4:75322/1‑145 (MQ=255) ccTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAAGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACt < 6:41210/149‑1 (MQ=255) cTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGTGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGTCGGCGCCATCGATGTGGCCACCCATgtcat < 8:262355/149‑5 (MQ=38) ggCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGTCGGCGCCATCGATGTGGCCACCCATgtcat < 7:233710/147‑5 (MQ=38) ggCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGTCGGCGCCATCGATGTGGCCACCCATgtcat > 8:233710/1‑143 (MQ=38) gCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGTCGGCGCCATCGATGTGGCCACCCATgtcatt < 2:105744/147‑6 (MQ=38) gCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACttt < 2:105313/147‑1 (MQ=255) cGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCtt < 8:104298/149‑1 (MQ=255) cAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCcgc < 4:116520/149‑1 (MQ=255) gggCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGaa < 2:261080/149‑1 (MQ=255) ccATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAg > 7:215198/1‑148 (MQ=255) gTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCAt < 3:75322/149‑1 (MQ=255) tGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATc > 5:339479/1‑149 (MQ=255) cAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCgg < 2:331041/149‑1 (MQ=255) aaGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCgg > 7:330838/1‑148 (MQ=255) aaGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGa < 6:339479/149‑1 (MQ=255) gggTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAAc < 3:180567/149‑1 (MQ=255) gTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACAt < 3:78727/149‑1 (MQ=255) gagCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGc < 3:306608/148‑1 (MQ=255) gCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAg > 5:347221/1‑149 (MQ=255) gCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGAGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAg > 5:126510/1‑149 (MQ=255) tCGGCATCGACGTATTGCAGTGGCTTGCTCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCATTTACATGGGTGGCCACATCGATGTCGCCGACCTTGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCTAGTTATg < 3:258750/149‑1 (MQ=255) gCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCATGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCa > 1:322084/1‑149 (MQ=255) agcgacgaATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCAtt < 8:330838/147‑1 (MQ=255) aTCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCg < 5:93443/128‑1 (MQ=255) aTCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCg > 6:93443/1‑128 (MQ=255) gacgaATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGTGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTc > 5:27110/1‑147 (MQ=255) gacgaATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGTGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACAATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTc > 5:21865/1‑147 (MQ=255) gacgaATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTc > 4:142501/1‑147 (MQ=255) acgaATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAg < 7:68381/149‑1 (MQ=255) gTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGata > 1:325259/1‑149 (MQ=255) ccTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCCTCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATc > 1:179953/1‑148 (MQ=255) ccTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCg > 5:273411/1‑149 (MQ=255) cTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGa > 1:253208/1‑149 (MQ=255) ttGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGAt > 2:312721/1‑149 (MQ=255) aGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGTCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGa < 8:215198/149‑1 (MQ=255) aGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGa < 5:72681/149‑1 (MQ=255) gcggcgACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGActgctg < 1:312721/149‑1 (MQ=255) ccTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGACTGCTGCAGTTTg < 2:325259/149‑1 (MQ=255) tGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGACTGCTGCAGTTTggg > 6:318104/1‑149 (MQ=255) cGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGACTGCTGCAGTTTGGGGaa < 5:318104/148‑1 (MQ=255) ggTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGACTGCTGCAGTTTGGGGAAGGc < 3:142501/149‑1 (MQ=255) ggTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGACTGCTGCAGTTTGGGGAAGGc < 6:126510/149‑1 (MQ=255) tgtCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGACTGCTGCAGTTTGGGGAAGGCCt < 2:253208/149‑1 (MQ=255) gtCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGACTGCTGCAGTTTGGGGAAGGCCTg > 1:164633/1‑149 (MQ=255) tctcAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGaa < 2:180162/81‑1 (MQ=255) tctcAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGaa > 1:180162/1‑81 (MQ=255) tcAATGACATGGGTGGCCACATCGGTGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGACTGCTGCAGTTTGGGGAAGGCCTGtt > 8:56317/1‑148 (MQ=255) tcAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGACTGCTGCAGTTTGGGGAAGGCCTGtt > 8:92925/1‑148 (MQ=255) aaTGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGACTGCTGCAGTTTGGGGAAGGCCTGTTc < 6:273411/147‑1 (MQ=255) aaTGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGACTGCTGCAGTTTGGGGAAGGCCTGTTCa > 1:140869/1‑148 (MQ=255) gggTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGGTGGACTGCTGCAGTTTGGGGAAGGCCTGTTCATATTgccgc > 6:59006/1‑149 (MQ=255) tGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAgg < 6:313090/56‑1 (MQ=255) tGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAgg > 5:313090/1‑56 (MQ=255) ccACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGACTGCTGCAGTTTGGGGAGGGCCTGTTCATATTGCCGCCATTCt > 7:264563/1‑149 (MQ=255) | TTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCAGCTCGAGCAGGTCCATCGGAACATGCGAGTTATGGCATTCCAGCGAAATGATATCGATGCTGGACTGCTGCAGTTTGGGGAAGGCCTGTTCATATTGCCGCCATTCT > NC_002947/3089233‑3089523 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |