Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,173,788 | G→C | 11.3% | intergenic (+9/‑42) | PP_2785 → / → PP_2786 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,173,788 | 0 | G | C | 11.3% | 140.1 / 10.4 | 53 | intergenic (+9/‑42) | PP_2785/PP_2786 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/24); new base C (2/4); total (25/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.84e-01 |
AGGGGATCTTCACCTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGCCGACGACATCATTCGCCAGG > NC_002947/3173640‑3173932 | aGGGGATCTTCACCTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACcgg > 5:55604/1‑149 (MQ=255) gATCTTCACCTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACcggtgcg > 8:241763/1‑149 (MQ=255) tCTTCACCTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTAGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACcggtgcggt > 2:95371/1‑149 (MQ=255) ttCACCTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGgtgt > 1:148619/1‑149 (MQ=255) cACCTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACcggtgcggt < 6:247824/145‑1 (MQ=255) cACCTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGgtgt < 4:322173/147‑1 (MQ=255) aCCTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCAATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGc > 5:6830/1‑148 (MQ=255) ccTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCg > 4:170866/1‑148 (MQ=255) cTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGaa > 3:120936/1‑149 (MQ=255) cTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGCACCGGtgtggtca < 2:340712/149‑5 (MQ=255) cAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGCACCGGtgtggtcagaa < 2:257085/149‑8 (MQ=255) gACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCAATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAAt < 6:6830/149‑1 (MQ=255) cTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGa < 4:120936/149‑1 (MQ=255) gCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGaa > 8:160827/1‑147 (MQ=255) gCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGaa < 4:180841/147‑1 (MQ=255) gCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGaa > 3:180841/1‑147 (MQ=255) cTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGaaaa < 3:170866/148‑1 (MQ=255) cTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAg < 1:354231/149‑1 (MQ=255) cTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAg < 1:348671/149‑1 (MQ=255) tCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAg > 4:299640/1‑148 (MQ=255) tCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGCACCGGtgtggtca < 5:332700/129‑5 (MQ=255) tCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGCACCGGtgtggtca > 6:332700/1‑125 (MQ=255) gtgtTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATg < 3:309821/120‑1 (MQ=255) gtgtTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATg > 4:309821/1‑120 (MQ=255) tgtTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGGGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTc < 2:24493/148‑1 (MQ=255) ttcttcGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGaa < 7:75549/119‑1 (MQ=255) ttcttcGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGaa > 8:75549/1‑119 (MQ=255) ttcGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGAcc > 8:164725/1‑149 (MQ=255) cGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGAccc < 7:241763/148‑1 (MQ=255) cGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGAcc < 7:160827/147‑1 (MQ=255) aGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCACCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTg > 6:299970/1‑149 (MQ=255) cGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGCACCGGtgtggtca < 5:358209/89‑5 (MQ=255) cGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGCACCGGtgtggtca > 6:358209/1‑85 (MQ=255) ccAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCAct > 4:276188/1‑149 (MQ=255) aGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCActgc < 3:299640/149‑1 (MQ=255) ttCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCActgctg < 3:276188/149‑1 (MQ=255) ggTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGtt > 2:195430/1‑148 (MQ=255) tACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGcgcc > 6:156333/1‑149 (MQ=255) aaCCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCACCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTgcc < 5:299970/149‑1 (MQ=255) cgcgATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTgccgc > 8:340827/1‑148 (MQ=255) cgcgATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTgccgc > 8:19368/1‑148 (MQ=255) aGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCa < 7:19368/148‑1 (MQ=255) cgcTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGaa < 1:195430/149‑1 (MQ=255) gcTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGaaa < 6:55604/149‑1 (MQ=255) cTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCTGAGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAac < 1:95371/149‑1 (MQ=255) cgccgGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAAcacgcac < 7:164725/149‑1 (MQ=255) gccgGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAAcacgcacg > 3:325058/1‑149 (MQ=255) cTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGCcgacga > 3:192972/1‑148 (MQ=255) cTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGCcgacga > 1:83686/1‑148 (MQ=255) gTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGCCGACGAcat > 1:36247/1‑149 (MQ=255) ttCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGCCgacgac < 7:340827/146‑1 (MQ=255) ttCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGCCGACGAcatc < 5:156333/149‑1 (MQ=255) tGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGCCGACGACATCAtt > 6:139707/1‑149 (MQ=255) cacaCCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGCCGACGACATCATTCGcc < 2:83686/149‑1 (MQ=255) cacCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGcgccg < 7:143007/99‑1 (MQ=255) cacCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGcgccg > 8:143007/1‑99 (MQ=255) acCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGCCGACGACATCATTCGCCAgg > 4:136041/1‑149 (MQ=255) | AGGGGATCTTCACCTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGCCGACGACATCATTCGCCAGG > NC_002947/3173640‑3173932 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |