Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,224,605 | C→T | 7.0% | E272K (GAA→AAA) | mexT ← | transcriptional regulator MexT |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,224,605 | 0 | C | T | 7.0% | 166.5 / 2.1 | 57 | E272K (GAA→AAA) | mexT | transcriptional regulator MexT |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/29); new base T (2/2); total (26/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATTTGCTCACGAGGTCGTGCGATTTGATCTCAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCGGTGCCTGCCAGCAAGCTCCCCAGCCCGTTGAACTGCGGTACCGCCAGCA > NC_002947/3224461‑3224751 | aTTTGCTCACGAGGTCGTGCGATTTGATCTCAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGaaa > 8:50147/1‑149 (MQ=255) cTCACGAGGTCGTGCGATTTGATCTCAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTgc < 7:50147/148‑1 (MQ=255) tCACGAGGTCGTGCGATTTGATCTCAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTTCGAACTgca > 3:192676/1‑147 (MQ=255) aCGAGGTCGTGCGATTTGATCTCAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTTCGAACTGcaca < 4:192676/148‑1 (MQ=255) gAGGTCGTGCGATTTGATCTCAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACgg < 7:62901/149‑1 (MQ=255) gAGGGCGTGCGATTTGATCTCAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACgg < 2:24588/149‑1 (MQ=255) tCGTGCGATTTGATCTCAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTAt < 3:343063/149‑1 (MQ=255) gTGCGATTTGATCTCAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATc < 4:186648/148‑1 (MQ=255) gATTTGATCTCAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAGAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAg < 5:83235/149‑1 (MQ=255) tttGATCTCAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGt < 2:260622/149‑1 (MQ=255) tctcAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTTCGAACTGcaca < 8:314480/129‑1 (MQ=255) tctcAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTTCGAACTGcaca > 7:314480/1‑129 (MQ=255) ctcAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTgc > 8:272578/1‑125 (MQ=255) ctcAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTgc < 7:272578/125‑1 (MQ=255) aGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGcc < 6:61888/148‑1 (MQ=255) gTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCg > 7:38121/1‑149 (MQ=255) cTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGGTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGt > 5:263/1‑149 (MQ=255) tATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGt > 5:361521/1‑148 (MQ=255) tCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAg > 3:335366/1‑116 (MQ=255) tCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAg < 4:335366/116‑1 (MQ=255) tCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCa < 8:38121/148‑1 (MQ=255) tCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAg > 2:327245/1‑149 (MQ=255) gggATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTg > 2:122668/1‑149 (MQ=255) gggATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTg > 8:337343/1‑149 (MQ=255) ggATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTg > 6:254147/1‑148 (MQ=255) ggATCCCCAAACAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGc < 7:295823/149‑1 (MQ=255) ccAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCTGCAAGCCGCCGGCGGcc > 7:295070/1‑135 (MQ=255) ccAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCTGCAAGCCGCCGGCGGcc < 8:295070/135‑1 (MQ=255) cAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGt > 5:238391/1‑136 (MQ=255) cAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGt < 6:238391/136‑1 (MQ=255) aaCATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTa < 1:344950/149‑1 (MQ=255) tccgagctATCCGCGTCCGCAGCCACCGCTCCGCCGTGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGGCAGGCCATGTGCAGTTCGAATCTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGGCCGCTAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTa < 5:267878/141‑1 (MQ=255) cATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGAGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGt > 1:265910/1‑149 (MQ=255) tATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCt > 1:338219/1‑98 (MQ=255) tATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCt < 2:338219/98‑1 (MQ=255) tCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTAcc > 4:337275/1‑149 (MQ=255) tCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGCCGGCCGTCAGTGCATCCCACGT‑GTAGTCCGGTAcc > 4:342495/1‑149 (MQ=255) ccccGCTCCGCCGGGTCACTGCCCGGGCCCCCGCGCCAGGCCCGCTGCAGGGCGAACCTCCGCACGGGCAGCGGCAGCTCCTCCGCCCCCACGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCACCCGCCGT‑GGAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATc < 6:361521/147‑1 (MQ=255) aCCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATcc < 8:123443/116‑1 (MQ=255) aCCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATcc > 7:123443/1‑116 (MQ=255) cGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCGGt < 1:327245/149‑1 (MQ=255) cTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCGGtgc < 1:122668/149‑1 (MQ=255) cgccgGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCGGtgcc < 5:254147/147‑1 (MQ=255) ggTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCGGTGCCTGCCAGc < 7:337343/149‑1 (MQ=255) ttGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATccgccg > 4:200986/1‑103 (MQ=255) ttGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATccgccg < 3:200986/103‑1 (MQ=255) cTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCGGTGCCTGCCAGCAAGCTCCCCa < 6:263/149‑1 (MQ=255) tgtgCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCGGTGCCTGCCAGCAAGCTcccc > 6:122318/1‑147 (MQ=255) tgtgCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCGGTGCCTGCCAGCAAGCTcccc < 5:122318/147‑1 (MQ=255) cccGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCGGTGCCTGCCAGCAAGCTCCCCAGCCCGt > 2:20019/1‑149 (MQ=255) ccGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCGGTGCCTGCCAGCAAGCTCCCCAGCCCGtt < 1:20019/149‑1 (MQ=255) cgcgCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCTGGGGGGGGGGCGTGGGAATACGGTAACGTAGCCACGATATCGGTGCCTGCCAGCAAGCTCCCCAGCCCgat > 1:297967/1‑147 (MQ=255) cgcgCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCg < 3:278157/119‑1 (MQ=255) cgcgCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCg > 4:278157/1‑119 (MQ=255) cgcgCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCGGTGCCTGCCAGCAAGCTCCCCAGCCCGtt > 7:241138/1‑148 (MQ=255) cAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCGGTGCCTGCCAGCAAGCTCCCCAGCCCGTTGAACTg > 2:22977/1‑149 (MQ=255) ttCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCGGTGCCTGCCAGCAAGCTCCCCAGCCCGTTGAACTGCGGTACCGCCAGca < 2:265910/149‑1 (MQ=255) | ATTTGCTCACGAGGTCGTGCGATTTGATCTCAGTGGAAGCCTGTCACAAGCTATCGGGATCCCCAAAGAACATCTGTATCCGCGACCGCAGCCACCGCTCCGCCGGGTCATTGTCCTGTGCCCCGCGCCAGGCCATGTGCAGTTCGAAACTGCGCACGGGTATCGGCAGGTCCTCGGCCCGCAAGCCGCCGGCGGCCGTCAGTGCATCCGCCGT‑GTAGTCCGGTACCGTAGCCACGATATCGGTGCCTGCCAGCAAGCTCCCCAGCCCGTTGAACTGCGGTACCGCCAGCA > NC_002947/3224461‑3224751 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |