Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,232,966 | A→G | 6.8% | S52G (AGC→GGC) | GbpR → | galactose‑binding protein regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,232,966 | 0 | A | G | 6.8% | 170.8 / 2.2 | 59 | S52G (AGC→GGC) | GbpR | galactose‑binding protein regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/31); new base G (2/2); total (26/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 |
GCTTGCCACCTGACAAGGCTCAGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGTGATGATTCGCTATGCGCAAAACGCATTGCATGAGTTCGATCATGCCCAGGCGC > NC_002947/3232820‑3233110 | gCTTGCCACCTGACAAGGCTCAGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGc > 5:322325/1‑149 (MQ=255) gCTTGCCACCTGACAAGGCTCAGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGc < 2:268196/149‑1 (MQ=255) gCCACCTGACAAGGCTCAGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGt > 7:38846/1‑149 (MQ=255) aCCTGACAAGGCTCAGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGc > 6:189508/1‑149 (MQ=255) aCCTGACAAGGCTCAGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGc > 3:45977/1‑149 (MQ=255) cTGACAATGCTCAGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTa < 3:43985/149‑1 (MQ=255) gACAAGGCTCAGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTa > 1:118022/1‑147 (MQ=255) ggCTCAGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACagcagc < 7:162089/149‑1 (MQ=255) gCTCAGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACAGGCTGGCGGCCGGTTGcgtg < 5:263311/142‑4 (MQ=255) gCTCAGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACAGGCTGGCGGCCGGTTGcgtg > 6:263311/1‑139 (MQ=255) cTCAGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCtt < 8:38846/149‑1 (MQ=255) cTCAGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCtt > 7:293427/1‑149 (MQ=255) aGGCGCCTGCCAGCCTCGGTTCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTga < 7:315487/148‑1 (MQ=255) aGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTga < 8:293427/148‑1 (MQ=255) aGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTg < 2:311902/147‑1 (MQ=255) aGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTg > 1:311902/1‑147 (MQ=255) aGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCATTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTCTTGCTACAGCAGCTGgag > 6:343269/1‑149 (MQ=255) ggCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTgag > 7:57852/1‑148 (MQ=255) gcgcCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTgagga < 1:172291/149‑1 (MQ=255) gcgcCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTgagga < 3:1370/149‑1 (MQ=255) cgcCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTgaggag > 3:183679/1‑149 (MQ=255) cTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAgc < 3:260360/147‑1 (MQ=255) cAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTgg < 5:189508/149‑1 (MQ=255) gCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTgggg < 3:230481/149‑1 (MQ=255) tCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTa > 1:98048/1‑149 (MQ=255) cTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGt > 8:304018/1‑149 (MQ=255) gAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTc > 7:60299/1‑148 (MQ=255) gAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTc < 8:12561/148‑1 (MQ=255) aaGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGa < 8:17673/149‑1 (MQ=255) aaGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGa < 4:45977/149‑1 (MQ=255) aGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGa < 8:57852/148‑1 (MQ=255) aTTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAgcg < 3:315579/149‑1 (MQ=255) tCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCggg < 2:98048/149‑1 (MQ=255) tCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCggg < 7:158094/149‑1 (MQ=255) gATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCGGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTgggg < 8:114742/118‑1 (MQ=255) gATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCGGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTgggg > 7:114742/1‑118 (MQ=255) aCGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGGCGC‑CGGGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCATCCTGTTGCTACAGCATGTTGATGAGCGCCTTGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGc < 6:23383/148‑1 (MQ=255) aCGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGc < 2:334138/148‑1 (MQ=255) cGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTgag < 7:282405/101‑1 (MQ=255) cGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTgag > 8:282405/1‑101 (MQ=255) cAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAAGCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCggggg < 2:68362/136‑1 (MQ=255) cAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGCGCGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGCGGAGCGCCTGGGGGAACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCggggg > 1:68362/1‑137 (MQ=255) gcTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATg > 1:247697/1‑149 (MQ=255) gCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAg > 6:121408/1‑149 (MQ=255) gCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAg < 2:28021/149‑1 (MQ=255) gAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGt > 3:107163/1‑149 (MQ=255) gAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCC‑GGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGtg < 5:323134/149‑1 (MQ=255) aTTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGtga > 3:189053/1‑149 (MQ=255) gCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGTGATGAtt > 8:50384/1‑149 (MQ=255) ccgcgccgcCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGTGATGATTCGCTATgcgc < 4:183679/149‑1 (MQ=255) gcgccgcCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGTGATGATTCGCTATGCGCa > 4:78012/1‑148 (MQ=255) gccgccgc‑cgcGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGTGATGATTCGCTATGCGCaaaa < 7:50384/149‑1 (MQ=255) gc‑cgcGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGTGATGATTCGCTATGCGCAAAACGCAtt < 2:128989/149‑1 (MQ=255) cgATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGTGATGATTCGCTATGCGCAAAACGCATTGCAt < 6:271293/149‑1 (MQ=255) cacaCCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGTGATGATTCGCTATGCGCAAAACGCATTGCATGAGtt > 1:17699/1‑149 (MQ=255) cacaCCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGTGATGATTCGCTATGCGCAAAACGCATTGCATGAGtt < 4:107163/149‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCCGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGTGATGATTCGCTATGCGCAAAACGCATTGCATGAGTTCGATCATGCCCAGgc > 3:352403/1‑149 (MQ=255) cgccAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGTGATGATTCGCTATGCGCAAAACGCATTGCATGAGTTCGATCATGCCCAGgcgc < 4:189053/149‑1 (MQ=255) gccAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGTGATGATTCGCTATGCGCAAAACGCATTGCATGAGTTCGATCATGCCCAGgcgc > 2:268237/1‑148 (MQ=255) | GCTTGCCACCTGACAAGGCTCAGGCGCCTGCCAGCCTCGGTGCCTTGAAGATTTCCAGCCGTCAGATCACGTTGCTCAATGCGCTGGGCGAATTCGGCAACCTGCGCCGCGCCGCCGC‑CGCGATGCACACCACGCAACCGGCCGCCAGCCTGTTGCTACAGCAGCTTGAGGAGCGCCTGGGGGTACGTCTGTTCGAGCGCCTGCCCCGGGGGATGCAAGCGACGCTGTATGGCGAGGTGATGATTCGCTATGCGCAAAACGCATTGCATGAGTTCGATCATGCCCAGGCGC > NC_002947/3232820‑3233110 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |