Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 288,319 | A→T | 7.0% | intergenic (‑212/‑263) | tauA ← / → oprE | taurine ABC transporter substrate‑binding protein/outer‑membrane porin E |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 288,319 | 0 | A | T | 7.0% | 169.1 / 2.7 | 57 | intergenic (‑212/‑263) | tauA/oprE | taurine ABC transporter substrate‑binding protein/outer‑membrane porin E |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/22); new base T (2/2); total (33/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 |
AAATAAATAACTTTTTTGCATTAGCTTAGGGGCCAAACGCTTTAAAGCCATGACCCGTGACGAAGCCAGAGGTGCTTGCAAGACCCTATAGAACGATTTGGCATTAGGTTATGAGCAAACGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTAGACCAAAGTCGCGAAACGTTT > NC_002947/288173‑288467 | aaataaatAACTTTTTTGCATTAGCTTAGGGGCCAAACGCTTTAAAGCCATGACCCGTGACGAAGCCAGAGGTGCTTGCAAGACCCTATAGAACGATTTGGCATTAGGTTATGAGCAAACGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAAt < 7:174850/149‑1 (MQ=255) ataaataaCTTTTTTGCATTAGCTTAGGGGCCAAACGCTTTAATGCCATGCCCCGTGACGAAGCCAGAGGTGCTTGCAAGACCGTAGAGATCGATTTGGCATTAGGTGATGAGCAAGCGTTTGCAATTAACCAAAAGGTATTTAAAgct > 4:324016/1‑149 (MQ=255) taaataaCTTTTTTGCATTAGCTTAGGGGCCAAACGCTTTAAAGCCATGACCCGTGACGAAGCCAGAGGTGCTTGCAAGACCCTATAGAACGATTTGGCATTAGGTTATGAGCGAACGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAAtctt > 6:345117/1‑149 (MQ=255) ataaCTTTTTTGCATTAGCTTAGGGGCCAAACGCTTTAAAGCCATGACCCGTGACGAAGCCAGAGGTGCTTGCAAGACCCTATAGAACGATTTGGCATTAGGTTATGAGCAAACGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTtctc < 2:206952/149‑1 (MQ=255) aaCTTTTTTGCATTAGCTTAGGGGCCAAACGCTTTAAAGCCATGACCCGTGACGAAGCCAGAGGTGCTTGCAAGACCCTATAGAACGATTTGGCATTAGGTTATGAGCAAACGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTg > 4:359780/1‑149 (MQ=255) ttttttGCATTAGCTTAGGGGCCAAACGCTTTAAAGCCATGACCCGTGACGAAGCCAGAGGTGCTTGCAAGACCCTATAGAACGATTTGGCATTAGGTTATGAGCAAACGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTa > 5:134971/1‑149 (MQ=255) aGCTTAGGGGCCAAACGCTTTAAAGCCATGACCCGTGACGAAGCCAGAGGTGCTTGCAAGACCCTATAGAACGATTTGGCATTAGGTTATGAGCAAACGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATgg < 6:134971/148‑1 (MQ=255) cAAACGCTTTAAAGCCATGACCCGTGACGAAGCCAGAGGTGCTTGCAAGACCCTATAGAACGATTTGGCATTAGGTTATGAGCAAACGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGttt < 2:301538/149‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccGTGACGAAGCCAGAGGTGCTTGCAAGACCCTATAGAACGATTTGGCATTAGGTTATGAGCAAACGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTc > 6:291507/1‑129 (MQ=255) ccGTGACGAAGCCAGAGGTGCTTGCAAGACCCTATAGAACGATTTGGCATTAGGTTATGAGCAAACGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTc < 5:291507/129‑1 (MQ=255) ccGTGACGAAGCCAGAGGTGCTTGCAAGACCCTATAGAACGATTTGGCATTAGGTTATGAGCAAACGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTc < 4:147178/149‑1 (MQ=255) gAAGCCAGAGGTGCTTGCAAGACCCTATAGAACGATTTGGCATTAGGTTATGAGCAAACGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAg < 5:52465/117‑1 (MQ=255) gAAGCCAGAGGTGCTTGCAAGACCCTATAGAACGATTTGGCATTAGGTTATGAGCAAACGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAg > 6:52465/1‑117 (MQ=255) gTGCTTGCAAGACCCTATAGAACGATTTGGCATTAGGTTATGAGCAAACGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGttt > 4:204232/1‑111 (MQ=255) 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8:17625/1‑149 (MQ=255) aaaCGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGt > 6:62643/1‑149 (MQ=255) cGTTTTCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGc < 6:339933/149‑1 (MQ=255) tttGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGt < 3:359780/149‑1 (MQ=255) gCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTa < 5:204968/133‑1 (MQ=255) gCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTa > 6:204968/1‑133 (MQ=255) 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aaTAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGGTGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTAGa < 2:204866/149‑1 (MQ=255) aaTAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTAGa < 7:17625/149‑1 (MQ=255) ccAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTa > 6:172311/1‑142 (MQ=255) cAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCa < 4:97176/114‑1 (MQ=255) cAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCa > 3:97176/1‑114 (MQ=255) aaaGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTAGACCAAAGTc > 2:81359/1‑149 (MQ=255) aaaGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTAGACCAAAGTc > 7:233201/1‑149 (MQ=255) aaaGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTAGACCAAAGTc < 4:325048/149‑1 (MQ=255) aGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTAGACCAAAGTcgc > 5:302383/1‑149 (MQ=255) tATTAATATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTAGACCaaa > 6:226985/1‑141 (MQ=255) tATTAATATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTAGACCaaa > 6:221795/1‑141 (MQ=255) tATTAATATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTAGACCaaa < 5:226985/141‑1 (MQ=255) tATTAATATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTAGACCaaa < 5:221795/141‑1 (MQ=255) ttAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTAGACCAAAGTCGCGAAAc < 4:11578/149‑1 (MQ=255) aaaaTCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTAGACCAAAGTCGCGAAACGt > 2:216131/1‑149 (MQ=255) aaTCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTAGACCAAAGTCGCGAAACGttt < 2:182955/149‑1 (MQ=255) | AAATAAATAACTTTTTTGCATTAGCTTAGGGGCCAAACGCTTTAAAGCCATGACCCGTGACGAAGCCAGAGGTGCTTGCAAGACCCTATAGAACGATTTGGCATTAGGTTATGAGCAAACGTTTGCAAATAACCAAAAGGTATTAAAATCTTCTCTGCTACAACGGATGGCAGTAAAGGTTTCTAATATATTCCTTAAAAGTCTTACAAATTCATAAAACAGTCATTTTGGATTTATAGGATTGTCATTATCCTGTAGCGCAGGTGGCGTCTTAGACCAAAGTCGCGAAACGTTT > NC_002947/288173‑288467 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |