Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,364,552 | G→A | 15.5% | A225V (GCC→GTC) | PP_2961 ← | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,364,552 | 0 | G | A | 15.5% | 104.8 / 10.7 | 46 | A225V (GCC→GTC) | PP_2961 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/17); new base A (3/4); total (25/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 |
AACACGGCGCTGACCGGCAGCGCGGTCGTCTGGTATTCGTCGAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGTTGTGGCCTGCCAGTTCGGCGGGCTCGCGTGGCTGGCC > NC_002947/3364414‑3364700 | aaCACGGCGCTGACCGGCAGCGCGGTCGTCTGGTATTCGTCGAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGACCTCGCtgt < 3:142749/148‑1 (MQ=255) acacGGCGCTGACCGGCAGCGCGGTCGTCTGGTATTCGTCGAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGACCTCGCtgttg < 6:78291/149‑1 (MQ=255) ggCGCTGACCGGCCGCGCGGTCGTCTGGTATTCGTCGAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGc > 1:27400/1‑149 (MQ=255) cgcTGACCGGCAGCGCGGTCGTCTGGTATTCGTCGAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTg < 6:154796/149‑1 (MQ=255) aCCGGCAGCGCGGTCGTCTGGTATTCGTCGAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGAc > 7:160850/1‑149 (MQ=255) aCCGGCAGCGCGGTCGTCTGGTATTCGTCGAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGAc > 5:94149/1‑149 (MQ=255) cGGCAGCGCGGTCGTCTGGTATTCGTCGAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGt > 8:128687/1‑149 (MQ=255) ggTCGTCTGGTATTCGTCGAGCAGGCTACACACGCCACCCTTCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGa < 6:94149/149‑1 (MQ=255) ggTCGTCTGGTATTCGTCGAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGACCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGa < 7:280178/149‑1 (MQ=255) tcTGGTATTCGTCGAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGAtt < 1:312781/146‑1 (MQ=255) tcTGGTATTCGTCGAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGAtt > 2:312781/1‑146 (MQ=255) tcTGGTATTCGTCGAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGc > 7:22716/1‑148 (MQ=255) tATTCGTCGAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTc < 2:27400/149‑1 (MQ=255) gtcgAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTg > 5:200411/1‑149 (MQ=255) gAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCATGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCtt > 1:307180/1‑149 (MQ=255) acGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCa < 5:69047/141‑1 (MQ=255) acGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCa > 6:69047/1‑141 (MQ=255) acGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGt > 6:135525/1‑149 (MQ=255) ccACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCATGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGaa < 2:307180/149‑1 (MQ=255) cGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAAt < 8:22716/149‑1 (MQ=255) gcagcaAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATg > 8:168802/1‑149 (MQ=255) aaaCAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTc > 1:54926/1‑147 (MQ=255) aaaCAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTc > 3:156897/1‑147 (MQ=255) gCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTcaagcaag < 7:128687/149‑1 (MQ=255) aGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCa < 5:135525/149‑1 (MQ=255) aGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCa < 6:200411/149‑1 (MQ=255) ggAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGt > 3:274734/1‑149 (MQ=255) ggAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGt > 6:289070/1‑149 (MQ=255) ggAGATCCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGCCCTCGATGATCTTGATTGTTACGTTTCATTTGATTTCAACCTCAAGTACATCGCCACGAAGTGTCAATTGCCAGCGGTCTTAATGCTCAAGAAATGTGAATGCGATTCatt > 4:86655/1‑147 (MQ=255) cccAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGACCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGTTGTGGcc > 3:358377/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTcaagcaag < 2:57974/125‑1 (MQ=255) ccAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGTtgt > 1:134277/1‑144 (MQ=255) ccAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGTtgt < 2:134277/144‑1 (MQ=255) ccAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGTTGTGGc > 6:191749/1‑147 (MQ=255) cAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATg > 3:317858/1‑136 (MQ=255) cAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATg < 4:317858/136‑1 (MQ=255) aGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGACCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGTTGTGGCCTGc < 4:358377/149‑1 (MQ=255) cTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGTTGTGGCCTGCCAGt < 3:86655/149‑1 (MQ=255) tCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGa > 6:103773/1‑128 (MQ=255) tCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGa < 5:103773/128‑1 (MQ=255) tctcACGAATGACCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGTTGTGGCCTGCCAGTTCGGCGGGCTcg > 8:208678/1‑149 (MQ=255) aCGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGTTGTGGCCTGCCAGTTCGGCGGGCTCGCGtg > 5:81720/1‑149 (MQ=255) aCGAATGACCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGTTGTGGCCTGCCAGTTCGGCGGGCTCGCGtg > 3:241957/1‑149 (MQ=255) cGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGTTGTGGCCTGCCAGTTCGGCGGGCTCGCGtgg < 7:168802/149‑1 (MQ=255) tGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGTTGTGGCCTGCCAGTTc < 7:22148/130‑1 (MQ=255) tGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGTTGTGGCCTGCCAGTTc > 8:22148/1‑130 (MQ=255) gCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGTTGTGGCCTGCCAGTTCTGCGGGCTCGCGTGGCTGGcc < 4:156897/149‑1 (MQ=255) | AACACGGCGCTGACCGGCAGCGCGGTCGTCTGGTATTCGTCGAGCAGGCTACACACGCCACCCTGCTCGAAGTCCGCAGCAAACAGCCACTGCGGAGACAGGGAGATGCCCAGGCCTCCGAGGACCATCTCACGAATGGCCTCGCTGTTGTTGCTGGTGACGTTGCCTTTGATTGCAACCTCAAGTGCTTCGCCACGATGGGTGAAGTGCCAGCGGTCGTAATGCTCAAGCAAGGTGAAGGCGATGCAGTTGTGGCCTGCCAGTTCGGCGGGCTCGCGTGGCTGGCC > NC_002947/3364414‑3364700 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |