Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,372,120 | T→C | 9.8% | intergenic (‑48/‑71) | csoR ← / → PP_2970 | copper utilization transcriptional regulator/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,372,120 | 0 | T | C | 9.8% | 162.8 / 6.8 | 61 | intergenic (‑48/‑71) | csoR/PP_2970 | copper utilization transcriptional regulator/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/29); new base C (2/4); total (28/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.10e-01 |
ATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCA > NC_002947/3371975‑3372264 | aTGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTggg < 5:114338/149‑1 (MQ=255) gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGa > 8:95970/1‑149 (MQ=255) cGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGata < 7:95970/149‑1 (MQ=255) gATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGatat > 6:36984/1‑149 (MQ=255) gctgcGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCCCAGGGGGata < 8:193840/145‑1 (MQ=255) gctgcGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCCCAGGGGGata > 7:193840/1‑145 (MQ=255) ctgcGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTc < 2:50810/149‑1 (MQ=255) ctgcGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCCCAGGGGGataggat < 6:67227/148‑5 (MQ=255) ctgcGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCCCAGGGGGataggat < 2:216688/148‑5 (MQ=255) cgcAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCaa < 6:131053/148‑1 (MQ=255) gcAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAAc < 8:1626/149‑1 (MQ=255) gcAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAAc > 4:33747/1‑149 (MQ=255) gCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAc < 3:100025/149‑1 (MQ=255) ccTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAcc > 3:233120/1‑148 (MQ=255) cTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCCCAGGGGGata < 7:79377/130‑1 (MQ=255) cTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCCCAGGGGGata > 8:79377/1‑130 (MQ=255) tCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCATGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCt > 3:292744/1‑149 (MQ=255) gCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTAAGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACAAACTACCCCTTCa > 1:139525/1‑149 (MQ=255) cGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGaa < 6:300767/149‑1 (MQ=255) cAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGCGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGaacaac > 6:9997/1‑148 (MQ=255) aaCCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAAcc < 8:312193/148‑1 (MQ=255) aCCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCAt > 3:89747/1‑149 (MQ=255) ccTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATc < 5:36984/149‑1 (MQ=255) tgatATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAg < 1:254523/148‑1 (MQ=255) accGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCAt > 1:265277/3‑148 (MQ=255) tCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCATGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCa < 4:292744/149‑1 (MQ=255) cTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCaaaa < 2:139525/149‑1 (MQ=255) cTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCaa > 1:63551/1‑147 (MQ=255) tATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAg > 1:310209/1‑149 (MQ=255) aTGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAg > 2:260172/1‑148 (MQ=255) cTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAaca < 4:89747/149‑1 (MQ=255) tttGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGTTCAAACCAACTACCCCTTCTGACAAACCATCCGCTTAGGCTTAAAAAGAAaca > 3:255639/1‑148 (MQ=255) tttGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAacac > 6:47351/1‑149 (MQ=255) gTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGAc < 3:33747/148‑1 (MQ=255) cttaTGGCCGTGTTCGTTATCGCTCATGCCTTGAGGATCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGc < 7:136939/146‑1 (MQ=255) cTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGc < 2:63551/149‑1 (MQ=255) tGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCt > 3:171368/1‑149 (MQ=255) aTGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTc < 5:9997/148‑1 (MQ=255) cGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATTAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGTATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAAc < 1:342167/149‑1 (MQ=255) aTCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGaa > 5:338459/1‑120 (MQ=255) aTCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGaa < 6:338459/120‑1 (MQ=255) gCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACt > 3:275763/1‑148 (MQ=255) aGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGAttttt < 1:260172/148‑1 (MQ=255) aGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTg < 2:310209/149‑1 (MQ=255) tctcATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGcc < 5:47351/149‑1 (MQ=255) attcATGGATGTATTACGCTCGCATCCAATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGccc < 4:255639/143‑1 (MQ=255) aTGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATGCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAg > 1:30174/1‑133 (MQ=255) aTGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAg < 2:30174/133‑1 (MQ=255) cATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGATCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGctc > 4:75320/1‑149 (MQ=255) gATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACACCCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGc > 6:116464/1‑149 (MQ=255) aTTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTgg > 6:164548/1‑143 (MQ=255) aTTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTgg < 5:164548/143‑1 (MQ=255) gCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGccc < 6:246759/125‑1 (MQ=255) gCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGccc > 5:246759/1‑125 (MQ=255) ccTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCACACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGc > 7:3985/1‑149 (MQ=255) ccTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAg < 6:2025/101‑1 (MQ=255) ccTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGc > 1:105810/1‑149 (MQ=255) cTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCATAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGc < 5:226592/148‑1 (MQ=255) tCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCggg < 2:265277/149‑1 (MQ=255) ccacTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATAAAAAGAAACACGACATCCTCAGCAACCCCATCAGAACTAATGTGAATTTTGCCCTTGCTCTGTCCATCTTGATAGCCTGGGCCCGGca > 8:106730/4‑149 (MQ=255) cccTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCACCCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGca > 1:56303/1‑148 (MQ=255) | ATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCA > NC_002947/3371975‑3372264 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |