Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,610,980 | G→A | 10.8% | P902S (CCC→TCC) | mcoA ← | Mn(II) copper oxidase A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,610,980 | 0 | G | A | 10.8% | 95.7 / 3.1 | 37 | P902S (CCC→TCC) | mcoA | Mn(II) copper oxidase A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/15); new base A (2/2); total (20/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.25e-01 |
TGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTGGGTGTTGTGGCAGTGCTCCATGTAGGTGCCTGCGAACTCGCGGAAGCGGATGGCCATTTCCACCTCTTCGGACGAA > NC_002947/3610837‑3611122 | tGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTa > 4:274783/1‑149 (MQ=255) gTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTg < 3:274783/149‑1 (MQ=255) tCGGTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGGTTGTTGGCCGGGGCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTgt < 7:164145/149‑2 (MQ=255) gaggCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCTTCGTCGTCATCGGTTATGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCACCCGAGGCCATGTAAAGCACGACATCACATCCGGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTCGAACTg > 8:294120/3‑149 (MQ=255) ggCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTAGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGcc > 4:129532/1‑149 (MQ=255) gcGTTGGCCACGTCAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGGTTTGGTGCGGTACGTTGGCAGGCCAACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCggg < 7:294120/146‑1 (MQ=255) ccACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAgg < 6:21937/149‑1 (MQ=255) gACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTccc < 7:196109/149‑1 (MQ=255) tttGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGTCAGGACTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCACATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTAAAGGTCCCAGCgcag > 5:285278/1‑147 (MQ=255) 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atcgGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCgcagca < 6:132272/122‑1 (MQ=255) atcgGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTGGgtgt > 5:323868/1‑149 (MQ=255) ttttGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTGGGTGTTGTgg > 7:52445/1‑149 (MQ=255) gCGGAACTTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGAAACGCACCCCATACCATCCTGACACCCGCCTCGGCATTACCTGGAACTGCCCCCGCTGTACAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCCAAGAGACCTCGTCCTCCCTGTTGAGGCAGTGCt > 2:118548/1‑149 (MQ=255) cGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGACCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCATCGTGCTGGGTGTTGTGGCAGTGCTGCATGt < 6:323868/149‑1 (MQ=255) 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gCAGCGGGGTGGACATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTGGGTGTTGTGGCAGTGCTCCATGTAGGTGCCTGCGAACTCGCGGaa < 7:241158/124‑1 (MQ=255) gCAGCGGGGTGGACATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTGGGTGTTGTGGCAGTGCTCCATGTAGGTGCCTGCGAACTCGCGGaa < 7:246155/124‑1 (MQ=255) gCAGCGGGGTGGACATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTGGGTGTTGTGGCAGTGCTCCATGTAGGTGCCTGCGAACTCGCGGaa > 8:241158/1‑124 (MQ=255) gCAGCGGGGTGGACATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTGGGTGTTGTGGCAGTGCTCCATGTAGGTGCCTGCGAACTCGCGGaa > 8:246155/1‑124 (MQ=255) gggTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTGGGTGTTGTGGCAGTGCTCCATGTAGGTGCCTGCGAACTCGCGGAAGCGGATGGCCATTTCCACCTCTTCGGACGaa > 1:314325/1‑149 (MQ=255) | TGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTGGGTGTTGTGGCAGTGCTCCATGTAGGTGCCTGCGAACTCGCGGAAGCGGATGGCCATTTCCACCTCTTCGGACGAA > NC_002947/3610837‑3611122 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |